Basic Information

Symbol
CX3CR1
RNA class
mRNA
Alias
C-X3-C Motif Chemokine Receptor 1 V28 CMKBRL1 CMKDR1 CCRL1 GPR13 Chemokine (C-X3-C Motif) Receptor 1 Beta Chemokine Receptor-Like 1 Chemokine (C-X3-C) Receptor 1 G-Protein Coupled Receptor 13 CX3C Chemokine Receptor 1 Fractalkine Receptor C-X3-C CKR-1 CMK-BRL-1 CMK-BRL1 Chemokine (C-C) Receptor-Like 1 GPRV28
Location (GRCh38)
3:39263495-39281735
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001337.4
Sequence length
3106.0 nt
GC content
0.4610

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-886.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -945.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 918.03
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..(((((((.(((....((((.((..(((((((.((((((........((((..(((...((((((.......)))))).....))).)))))))))))))))..)).))..))))..)))..))).))))..)))).((((((((..((...(((((((....(((((((((.(((((.(((...((.....((((((.(((................(((..((((((.(((((((((((((.((((.(((((((...(((((((..(((((.(((((((...)))).....))).)).....))))))).)))......(((((((.(((((...(((((((.....(((.....))).....))..)))))............(((.((((((((((((((...((((((((((..((((((...(((((((...(((((((((((((.....((((((...(((((..(((((...((((((..((((.((.((((...........)))).))..))))(((((((.......(((((((((((..((.(((((....))))).))..))))).((((.(((............))).))))))))))))))))).(((....)))...))))))....))))).)))))...))))))((((.(((......)))..))))..........(((((...))))).((((((.((.(((((((.((((..(.((((..((((.........(((.((.(((((..((.(((.......((((...((((((.(..(((.......((((((((((....................((.(((((.(......)))))).)).(((((.((((((.(((.(((((.(((((((.(.((((((((....((((((((((...))))))))))..)))).....)))).)))))).)).)).))))))..))))))))))))))))))))))))..).)))))).....))))))))).))))).)).)))((((((.....))))))..((((((..........))))))...)))))))))..)))).).)))))))).))))))............))).)))))))))).....))))(((((...)))))...))).))))))((((((((.(((.((((.....)))))))................((((((((.(((.......))).))))))))))))))))...............((((((..((((((........))))))..)...)))))........))))))).)))........((((((((.....)))))))).((((((((.......).))))))).(((.((((..((((((((.((.(((.......))).))))))))))...))))...))).)))))))))).)))).)))...))))))))))))..(((((......)))))....))))))).))))..((((.((((((((((.(((......)))...(((((............))))).........(((((........((((((((.(((......(((((((((.......))).....))))))((((...)))).......(((((((.(.(((((((((.(.......).))))))).)).).)))))))))).)).))))))...)))))..(((((((....((((((((((((...((((......))))))))).(((((....)))))..(((.((((((((((((((((......((((.....................))))....))))...))))).))))))).)))....(((..((.........))..)))..........))))))))))))))......((((.((((........))))..))))..((((....))))....)))))))...)))...))))(((....))).))))))))))))).)))))))))...(((((....)))))......(((((.((..((((.((((((((.......((((((((..(((...((((....(((((((..((((...........))))...............(((.(((...))).))).((((.....(((((((......)))))))..))))..)))))))))))..)))(((.((((....((((.....))))....))))))).))))))))..((((((((((.(.((((((((.(((..((.(((((((.((....(((....)))....(((((.(((((((.((...)).)))))..)).))))).)).)))))))...))..))))))))))).).))....))))).)))..........)))))))).))))..)).))))).....((((((((((.....(((((.((((((..(((.....((......))....((((((.(...(((((((...(((((((((((...))))).(((((((.((((..((((.......))))........((....)).....)))).))...))))).))))))..((((((((((.........((((.((((((....)))))).))))..(((......((....))......))).))))))))))..............(((.......))).......))))))).).)))))).....)))..))))))...(((((.((((..((((.......((.(((((.........)))))))))))....)))).)))))))))).......))))))))))...((((((((((((((.((.((......)).))...))))))))))))))(((((((....((((((((...(((((((((..(((((.......)))))..)))))))))...))))))))..))))))).))))))))))).))))))))...)))))))))..)))))))..))..)))........((((..(((((.......))))).))))..))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,.,,.,,{({({((((,,,(((((.((,((((((((.((((,,((((..,,,|||}.|||,,}||{{{{.}},,..))))))|,}}.}}},,))}}||||,,.|||{,||{||,.|||,..,}},}}}},}}|,|}}}}|||.|||({(,,({...{((((((,,,.{((((((({.(((({.(((...,,.....{{{(({.{((.{,{{....||{{...(((..((((((.(((((((((((((.((((.(((((((...(((((((..((({{.(((((((...))))}},..,,,.,}.....))))))).)))...,,.{((((((.(((({...((((({,..,..(({.....})}.....}}..)))))...,,,..,,..|{{.|(({{((({{{{((|||,,,,{{,,({,,{({{{(...{|||||{,,,(((((({{{(((({{{{{(((({|.,,(((.,..(((((......}))))|,,{,{({((,{.......|,,.,|,|{{{{.,||{((,.((({,{({.{(((((((((((..((.(((((....))))).))..))))){((((.(((............))}.))))),{((((((.|.....,))))))).{(((((({{{{({{{{..|{|,{{{({...))|||..|,.......||{{{{|,|,.........(((({...}))))..((((,....(((,,((.,,,,}}..|||.......}}},.....,,,,|,}|||||,.({{(({,....,,,{{,.,,||||||.,..((({,,.,{{......))}}},........},,,.)},,,}))}))))}}}}}},.))|||.,((((((({(((((((.(((.((((({(,(((((.(.((((((((....((((((((((...))))))))))..)))).....)))).)))))),)).)}.))))))..))))))))))))))})||||},,,,,,,,},,,}.}.},))},,))))),,)))}),,,||(((((({{{{{|,,||{.{(,((,(({.{{,...,|..,,.},.}}))),))).}),)).))),,)))))},)),,.........,},,))},}})}}))}}}}}),.}||||{(((((((,|{(,,....,|,.,,,}}},,}}}.))))))},.,))))))}},}.),))))))}})},,.((((((((.(((.......))).)))))))),)},,.,..,)))))),......(((((,..((((((......,.))))))..}...))))),,,.....})))))},},.,,......((((((((.....)))))))).(({{{{{{.......}.}))}}}},,{.,((((..,{|||||{.{|,|||,......})}.||||||||}}..,))))...|}}|)))))))))}.}))}.})),..)))))))))))}..(((((......))))}....))))))).))))..((((,,(((((((((.,{...|||||||||.{({,,,..,........,((((,.,.{{,(({,,,,}},,.,,.|||||..,,,,,......{|||||||||.,{....,},,}}}}}}}}}((((...)))).......(((((((.(,(({((((((.{.......}.))))))),)).}.))))))),,||||{|||,.,,{,|||||,.(((((((....(((((({({{{{,,,((({.,.,|.})))}}))).{{{{,....,)))),,{||.|||||||||{{{(({,...,..||,,.............,},,.,,,,,}},,,.,....}}})}}|{||}}||,.,,,...}|||,,||,,}}.,...}}..,,,...,},....}))))))))))))).....,{{{{.|||{,,,,,,..)}},..,)))|,((((....))))....)))))))},..,,...}}}},,,.,||)}},))))))))))))}.))))),)))...(((((....)))))......(((((.((..((((.((((((((.......((((((((...{{,..((.{{..((((((((..{(((...,,,.....}})),..}},.........(((.(((...))).))).,{{{...{.(((((((......))))))).,,}},..)))))))).}).,)}}|||.((((....((((.....))))....))))}},.))))))))..((((((((((.{.((((((((.(((..((.(((((((.((....,{{....,,}....(((((.(((((((.((...)).)))))..}).))))).)).)))))))...))..))))))))))).}.,,.}}.))))).)))..........)))))))).))))..)).))))).....||{{||{(((....,({{(({(((((({,{(,,,{{{{{{.,,{.,|{{{,({(({{,(,..{({,,,,...{{{{{{{||,,..,||((({,,,...|}|||}.,||||,......}}}}........{(....)).....,))))))...))),),))))))..((((((((((.........((((.((((((....)))))).))))..{{{......{{....}}......))}.})))))))))........................)))}}}}.,}))),,)}.},}}}}}},...|||,,..|||{{....,|,,.||||},{{{,..|||,,{{,{({{{{{,,....,||}|||{||||,.,,}||}.,}}}},}|},,,,....}))))))))}...,{{{((((((((((.{{.((......)).))...)))))))))),)}|(((((((....((((((((...(((((((((..(((((.......)))))..)))))))))...))))))))..)))))))}))))))))))),))})})}}...))))))))),.))))))}.,)).,)))...,..,.,(((.{(((((({........,,..)))))))).))}......,,,,,...,,.....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001171171.2 NCBI
GCUUUUGUCCUGUGGCCUUCUGGCCAAAGGCAGGGAAAGGUGGCCAAAC… 3254 nt 0.4680
NM_001171172.2 NCBI
GCACUUUGAGGAGAAGAGCUGUGUGUGCCCCAGUGUGGUCCAGUGAGUA… 3216 nt 0.4677
NM_001171174.1 NCBI
GGGGCGGGCCGUGCUUACCAGGCCGUGGACUUAAACCAGGAUGAGAGAA… 3160 nt 0.4620
NM_001337.4 NCBI
GAAAUACUCGUCUCUGGUAAAGUCUGAGCAGGACAGGGUGGCUGACUGG… 3106 nt 0.4610
Summary

Fractalkine is a transmembrane protein and chemokine involved in the adhesion and migration of leukocytes. The protein encoded by this gene is a receptor for fractalkine. The encoded protein also is a coreceptor for HIV-1, and some variations in this gene lead to increased susceptibility to HIV-1 infection and rapid progression to AIDS. Four transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CX3CR1 mRNA expression increased steadily after closed head injury, peaking with a significant fourfold elevation at one week post-injury compared to sham-operated controls [Rancan et al. DOI:10.01.WCB.0000133470.91843.72]. In a separate study on spinal cord injury in mice, the CX3CR1 was specifically expressed in sorted microglial populations, serving as a validated assay control marker to confirm the purity of fluorescence-activated cell sorting [Stewart et al. DOI:10.1186/s12974-021-02161-8]. A study in mice demonstrated that loss of the CX3CR1 inhibited macrophage recruitment and myofibroblast function in skin wounds, indicating its essential role in the healing process [Kondo et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2010.07.004].