Basic Information

Symbol
CXCL6
RNA class
mRNA
Alias
C-X-C Motif Chemokine Ligand 6 GCP-2 CKA-3 Granulocyte Chemotactic Protein 2 SCYB6 Small Inducible Cytokine Subfamily B (Cys-X-Cys), Member 6 (Granulocyte Chemotactic Protein 2) Chemokine (C-X-C Motif) Ligand 6 (Granulocyte Chemotactic Protein 2) Small-Inducible Cytokine B6 C-X-C Motif Chemokine 6 Chemokine Alpha 3 GCP2 Small Inducible Cytokine Subfamily B (Cys-X-Cys), Member B Chemokine (C-X-C Motif) Ligand 6
Location (GRCh38)
4:73836640-73849064
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002993.4
Sequence length
1537.0 nt
GC content
0.3917

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-391.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -421.73 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 383.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002993.4 NCBI
CAAAGUGCUCUGUAUCCUCCAGUCUCCGCGCCUCCACCCAGCUCAGGAA… 1537 nt 0.3917
Summary

The protein encoded by this gene is a member CXC chemokine family. The encoded protein is a chemotactic for neutrophil granulocytes and has antibacterial action against gram-negative and gram-positive bacteria. This gene and other members of the CXC chemokine gene family form a gene cluster in a region of chromosome 4q. [provided by RefSeq, Jun 2020]

Forensic Context

A study in human skin demonstrated that the CXCL6 is significantly up-regulated in thermally injured tissue compared to normal skin, as part of a comprehensive temporal gene expression profile of wound healing [Greco et al. DOI:10.1016/j.burns.2009.06.211].