Basic Information

Symbol
CXCL9
RNA class
mRNA
Alias
C-X-C Motif Chemokine Ligand 9 SCYB9 Crg-10 Humig CMK MIG Monokine Induced By Gamma Interferon Monokine Induced By Interferon-Gamma Gamma-Interferon-Induced Monokine Chemokine (C-X-C Motif) Ligand 9 Small-Inducible Cytokine B9 C-X-C Motif Chemokine 9 HuMIG
Location (GRCh38)
4:76001275-76007509
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002416.3
Sequence length
2761.0 nt
GC content
0.4002

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-689.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -744.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 777.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002416.3 NCBI
AAAGAAUUUCUCAGGCUCAAAAUCCAAUACAGGAGUGACUUGGAACUCC… 2761 nt 0.4002
Summary

This antimicrobial gene is part of a chemokine superfamily that encodes secreted proteins involved in immunoregulatory and inflammatory processes. The protein encoded is thought to be involved in T cell trafficking. The encoded protein binds to C-X-C motif chemokine 3 and is a chemoattractant for lymphocytes but not for neutrophils. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CXCL9 mRNA increased slightly only at 6 hours post-skeletal muscle contusion, with a tendency to decline at other time points, suggesting its potential role in the chemotaxis of immune cells during the early inflammatory response [Xiao et al. DOI:10.1016/j.jshs.2016.01.017].