Basic Information

Symbol
DAAM1
RNA class
mRNA
Alias
Dishevelled Associated Activator Of Morphogenesis 1 KIAA0666 Disheveled-Associated Activator Of Morphogenesis 1
Location (GRCh38)
14:59188646-59371405
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001270520.2
Sequence length
5890.0 nt
GC content
0.3959

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1522.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1638.80 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1922.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((..(((....(((((((.(((((............(((.((....(((((.....))))))).)))))))).)))).)))))).))))))).))........(((((.......((((((.....(((((((((((((((((.((((((((((....(((((((.((((((((((((.(((((((.......((((.........))))....(((((((.(((.((..((((....((.(((((....(((((............)))))....(((((......(((((.(((..(((((.............)))))..))).)).))).....))))).)))))))))))..)).)))))))))).........(((((((......((((((....(((.((((.((((......((.(((((..((((((.((((..((......)))))).))))))...))))).))......))).).)))))))(((((((((((((((((((((((((((((((((.....((((((((.......((((((((....(((((.....)))))((((((((.((((....(((...((((..........(((..(((((((((....((.((.((..((((((......))))))....(((((((((.((((((((.((......))))))))))...(((((((.((((((((....).))))))).....))))))).(((((((...(((((((...)))))))......))))))).......((((((...((((.((((..((((((...)))))))))).)))).)))))).....(((..(((((......)))))..)))))))))))).....(((((......)))))................(((((.....(((((((((((((...(((((.......)))))...))))))...(((.....))).....)))))))...))))))).))))..))))))))).))).(((((..((((((((((...((((((((((....)))))))))).(((.((((......)))).)))........................((((((((((....)))).))))))......)))))))))))))))....)))).)))...)))))))))).)).....(((.....)))...))))).)))(((.(((((.((((.((..(((((((((((((...........((((((.((((..(((((...(((((.((((..............))))))))).....((((..(((.(((.(((....))).))).)))..))))......(((((.....)))))..((..(((.((((((.(((((((((..((.................(((((((.......((((((((..((((.....(((((.((.((((((((((...((..................))..((((((((((((((((....((((((((......(((...............)))......(((((((((.(((.(((.((((.........................)))).((((.((.......))..))))(((((.((((((((...((((.(.((..(((((...)))))..)).)))))))))))))))))).....((((((((....)))))))).((((.(((((((......)))))))..))))))).)))))).))))))...........(((((((.....))))))).((((((........((((((...........))))))..............((((((..........(((((((....)))).))).((((.((((....))))))))..((((.(((........))).)))).........))))))..(((..((((.(((((((.(((((((.((......)).)..))..)))).)))))))...)))).)))......((((((((.(((...))).))))))))..((......))(((((((.((.....)).))).)))).))))))..((((((((.......((((((((((..(((...(((((..((....))..)))))...)))..).)))))))))((((((((((((.(((((((..(((.......(((((((......((((..((((..((((((((.((..(...(((......))).....)..))))))))))..))))))))....((((.((......)).))))......)))))))........))).)))..))))..)))))(((...((((((((.......((((........)))).......))))))))...))).(((....(((((((((.....)))))..))))....)))(((((.((((((((........(((....)))(((((((.((((((((((((((((((((((((...(((...(.(((((((..(((.((((.((...((((.............(((((((.(((((((((((....(((((.......))))).............(((((..........)))))..........)))).)))))))(((((.((((..(((....)))..............((.(((((((..(((......))).((((.((...(((((((((((((...((((((((.(.(((((((((.(...........(((..((((((.(((((.((.(((((((.((((....(((......)))..(((((.((.......))...)))))..)))).)).))))).))))))).))).)))..))))))))))).(((((((((((.(((...)))..)).)).)))))))..)).).))))))))...)))))........))))))))....)).)))).......(((..(((((((((((((..(((((((((.(((....))).)).)))))))))))))..............................((.(........).)))))))))..))).((((...((((.......((((........))))....))))...))))...))))))).)).....((((..(((((.((.(((...))))))))))..))))...)))))))))........)))))))......(((.(((..........))).))))))))))))).)))..))))))).)...)))....)))))...................))).)))))))))))))(((((..((((....).)))..)))))..))))))))))))))))))...)))))))))))).....)))))))).))))))))....)))))..(((((((((((.(((...............((((.((((((((((....)))))))))).))))..(((.(((...(((((.(.(((((((.....((((....)))).....))))))).)))))).)))))).))).)))))))))))......)))))))))))))))))))....))))..))))).))))..))).))))).((((((......))))))...)))))))...((((((((((.....................((((.((((....((((..(((((...((((((.(((((((((((.(..(((.((((...........)))).)))..).))))..)))))))..))))))...........)))))..))))....))))..))))(((((...)))))..............))))))))))....))..)))))))))...)))..(((((((((((.....)))))).)))))...........((((((((.(((((...(((.((((.........)))).))))))))...((((((((...(((((.(..((((((((...((.....))....))))))))..).)))))...))))))))...))))))))..(((((.....((((....))))......)))))(((((((.((((((((((.(((.(((((.(((.((((.......(((((((((.....(((((....(((.....)))...((((....)))).........................................)))))...))))))))).)))).)))..))))).))))))))))))))))....))))........))))))..))..)))))))))...))))))..((((((.((((((((((((..((...(((((.((((((....)))))).)))))..))..)))))).....)))))).))))))...)))))))))))))....)).)))).......))))).))).......)))))))).(((((.(((..(((..........................)))..)))))).)).................((((((((((...((((((...)))))).))))).)))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))).....)))))))..((((((((.....((((.((((((((((((((.((.((((.......))))..))..))))))))))..((((((...((((.(((.(((........(((((......)))))..))))))))))..))))))............((((((((((.....))))))))))(((((....)).))))))).)))).....))))))))((((......))))...))))))).)))))))))))).))))))).((.(((((((.((.((((((....((((.........((((((((...........((.(((((((((((......))))))))))).))(((((.((((((((...(((((..((....)).)))))....)))))))).)))))......))))))))(((((..........))))).((((((((..((((((............)))))).........(((((((..((...((.(((.....(((.....((((((((.......((((........)))).......))))))))))).....((((...(((.(((((.((((((((..............(((((((((((((.((((((.(((.(((.((.((((((...(((....))).)))))).)).)))...))).)...)))))(((((((...((((......))))...))))))))))))))))))))((((((((((.(((.(((((((........))))))).))).)))))).))))..)))))))).))))).))).....))))....))).))))..))))))).))))))))...))))....)).))))...)).))))))).)).((.(((.((((((.(.((((((((...........................))))))))).))))))))).))......)))))))))).)))))))((((((((((...((((((..((.((........)).)).))))))))))))))))..........(((((.(((.(((((.(((((.....(((.(((.((....)).))).)))....))))).)))))))).)))))...(((((...........)))))..)))))).).)))....))))))..........(((...)))........((((....)))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..({,{(,...||}}..}},(({({(..(({..({(,.....|||.}}},.,{{((({,,,,||{{.((((.((((((.{{...}).)))))).)))).))||||..,,.,.....,.....}}}},|{{|||{{{,,,,}}(((((((.((((((((((.,(((((..{(((((((((,((((({{,..{{({.,,..((({,.....|..,}}}.,}.||||.,|||,,.(({.{(({....|||||||}|((.(((((..(((((.((..(((({.....,)))).,)}))))).}.})))).})|}}}},..)))))))))),...))))),||{{{{{(({,{({(({{,.{{{{{,((,{,{(((({{{,{{{.{,,{{(({{,,,..{{,,,,{,{|...,{((,(((({((((...,.,((,(((({..{(((((.((((..((......)))))).}))))}...})|||,||..,...|||,|,}||||||(({{{{{{{{,{{,{{{{{{{{,{{,{{{{{{,,|,||||||{{||..||,||||,{({{({(({(((((.....)))))}}..,|||,{{({{(.,,,.{|||||,,,{||.,|{,{||,,,,||||||,.||.,,,{|}}...((((((......))))))....(({{(((({,{((((((({(,......||||||||||,..(((((((.((((((((....).))))))).....))))))).(((((((..{(((((((...)))))))...,..))))))).......((((((.,.((((.((((..((((((...)))))))))).)))).))))))..,..(((,,((({(,..,,,||}}}..}}},},))))))}},}}{,,||,.,,.|))||},..{{,..........,{{{{.,..,|||{{{{((((((...(((((.......)))))...))))))...|||,..,})))}}}}}),,)},,}}})))}(((((((({.(((({({{{(({,,{{{{{.,{(((((((({...{({{{{((((,,,,|}}||}|||,.(((.((((......)))),))}.....,,...,}},,,,,,,},..((((((({((....,))})))))))......})))))}||||||||{{{{.,,,,.}}}}},...||||||||,.,,,,((,....,||,|,}|||,,.|||}}}|},|}}}}}|,..,{((({..{{{...))}.))}}}..,,}|,,,},.}.)))))))))))))..,.,((({{,..((({{....{|(|((({,{{,|,||{{{,.{{{{{{{|,{{{,{{.,{{|,...||}.,,|,}},}}}}|,,}|}}..,..((((((...(((.......)))...))))))...{{{(({{.,,{{{|.,,,|||,...,,,})}}},))}})}....}}}}))}..,|,((((({{(.,.,,{{,,....{{(((({{{{{(,{,...,.{((({(({(((...,{{({{{.{{{{{,..{{{{{{{{{,||{{,,{{||||.,.(,(((((((((.(((.(((.{{((.............,.....{||...,}}}.((({.{{..,,....}}.)))},{({({(({(,((({{.((((.(.((..(((((...)))))..)).)))))}))))))})))),.....((((((({....}))))))).((((.(((((((......)))))))..))))))).))))))}}))))),,..{{,,,,.(((((((.....})))))).{|||||,..,|||||,||,,{{{,(,,.,,,(({.((((((...........)))))),|||,,..,||||(({....}))|{{{....))}||,|,,.,((((...,..((((.(((........))).))))..,......))}}{{{.,,,.,|||,.(((((((.(((({((.{{......}).}..))..)))).)))))))...}}|}.}|}......((((((((.{((...}}}.)))))))),}|||,,|,..{(({(((((,,.,,...},.,))))}.,)}}).,,.{(((((((,{..{,,(,{((((((,.,(((...||||,..||}}}}}}.})}))),,,)))..|{|||||},},,(({((((((((,({{,(((..((((......,.||}}..}}}..,,,,..((((,.{((({{(..((..{...|||..,,,.,))}}}.,),.}})))))})).,))))))},....{(((,((......}).)}}}....)})),,)))))).......,.,,,.,))))..)))})|((...((((((((,......({{{.,.....,)))}.......))))))))...))}|{{{,.,,(((((((((.....)))))..)))),}}},}}||{{{.(((({{{(,......}|||,,..}}}(((((((.{{{,{{(((({(((({(({|{({(|.,(((..,(.(((((((..(((.{||||((,,,{(((........{{{,..{(((((,(((((((((((....(((((.......))))}.............(((((..........)))))..........)))).))))))),((((,((((.,(((....))),..........,,,{({{,{(((({,{{{...,{,||,.((((.((...(((((((((((((...((((((((.{.{((((((((.{...........(((..((((((.(((({,((.{((((((,((((.,..(((,.....)))..{||{|.{|.......}}...)}}}}..}))),)},))))).))))))).))).)))..)))}))))))}}|((((({({{{.{,,,,,},,,,}},||,}}}))))..}}.,.))))))))...)))))........))))))))....)).)))).......,,{,,|{,(((({(((((,{,(((((,,,.,,,,.|,,}}.|},}}}}}|||||||,.,,|,,,..........,,,,,,,,,.,,,((.(,,,,,,,.|,|}||||||,..,,).||||,.}|{||..,,,,.((((........))))....})))...}}}}...})}}}))}))..,.|((({.,{{||||{,,|||,},,,))))||}},.|}}|,.,||||||}|{{{,....,}}||||||......)}}|,|}....,,,,,)}},}}.))}})))))).)))..))))))).}.,,)}},.},.}},,..........,.......,))).)))))))))))}|(((((..((({....}.)))..))))),.}))))))))))})))))}.,,}}}}},||}},,.,...)))))))}.,}}}}}}},|}|}}}}},,}||||||||||.||||}}||||}...,,}}{{((.((((((((((....)))))))))).))))}}|||}}}}}}}|{{||,|,|{{{{((,.{{,(((....,||||{,{,,|||||||,||}}}}..,,,,,.,))}}}}))})|||},,||||}}}}})})}|||||,.{{{{{..{(({{{.,..|||||{{{|,,.......((((((......)))))),|.{,...,|.,,.{((((((((,{...................,{({.((((....((((..(((((,{,((((((.(((((((((((.(..(((.((((...........)))).)))..).)))),.}))))))..)))))}......,,,..)))))..))))....))))..)))|(((((...}))))},,..........})))))))))))))}}),))))))))))),,|,{{,|||{((((((({{{{{,,,,,},|||||{||{{{{{,,.{{{{{{{{.{{{{{...{({.{{((|{......})))},))})}))),..|{((((((...(((({.{..((((((((...((.....))....))))))))..}.)))))...)))))))}...}}}}}}}}..((({{...||{{((,...}}||,.,,..|}}||.,..|||.(((((((((,,(({.(((((.(({.{(({.......{((((((({.....({(((....{{{..,{{|,...,}}}}}.,})}||{..,,....||.........................,..,,)))})...})))))))},)})}.}}}..))))).}))))))))))))|||{{{{{{(({{..{{{(({{,{..,||....{{||||{,,}}}}|}}}.((((((.(((((({(((((..((,,.(((((.((((((....)))))).)))))..))..))}))),,...)))))).)))))).,})))))))))}}},..,,,,,}|||,,......}}).............,,||{{|.,}))),}.,|,......)))}))))})})}}}},.,..,}))})))}}},,.,},))}},,.,,...{{{{(,((((((,,...,,,,|.}}})),,,)}))))),,))),,,,}))),))))))))))))))))))))))))))))),)}},))}})))),,))},))))))))))..)))))))))))}}||||||||,.{,,,|}}}}}}}}}),}|,{{{{{|||}||}|||{{||||||,{|{{(({(({|{.||,....,,|{{{{....,,|||}}..,,,||}}}}},.,.............,,..((((((((((.....))))))))))|||(((.(((((..(........((((((..(((((.((({......})))..)))))......)))))).....}..))))).)))},|},|,,|}||||}|.,,,{{,,.,.......,,.,,|||,..........((.(((((((((((,....,))))))))))).)){{{{{.((((((((...(((((..((....)).)))))....)))))))),))))),,}}}|},......|||}|.}}}}}}}}.,,,,,.,{||{{{{..((((((............))))))...,,,..,||||{{|,,||,}}||,{,....,,((({,...((((((((.......((((........)))).......))))))))}}}...,,)))))))})|,(((((.((((((({..........,...(((((((((((((((({{{{.(((,(((.{{,(({{{{...{||..,|}}}.)))||,.,}.}))},,})),}},.,,}}}|((((((...,{{{......}}},...))))))))))))))))))))((((((((((.(((.(((((((........))))))).))).))))))},)))..)))))))).))))).,,},,},.))))}}}}}))}}))}.,))))))).}))))}}},}}))))}}}}}},,}}}..,|},}}|}|||}|}.,},||,}||||||}|}||{{{{{{...........................})))))}},,)))))))))}))}..,.})))))))))).))))))){(((((((({...{{(((({{(|.{,........}}.}|,)))))))))))))))}...{{,,,....,.,||||.{{{{{{{{,{,{,{,.,(({((({,|,..,{|,|,.,{||||{.,,,,}.)))))))},))),...},))))))}...,....,|||||,|,|}}}}))),}}}},|||||||||....||,|||.,,})}..,.,,,,,,))}}))).,)))))}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270520.2 NCBI
GCGAGUUAGUAACCUACGAGCGGCUGUGAAGGAAACUGUUUAACCGGAU… 5890 nt 0.3959
NM_014992.2 NCBI
CGUUUAGUCACAUCAAGAAAUAGAACAGAAUUCAGCCAUGGCCCCAAGA… 5820 nt 0.3931
Summary

Cell motility, adhesion, cytokinesis, and other functions of the cell cortex are mediated by reorganization of the actin cytoskeleton and several formin homology (FH) proteins have been associated with these processes. The protein encoded by this gene contains two FH domains and belongs to a novel FH protein subfamily implicated in cell polarity. A key regulator of cytoskeletal architecture, the small GTPase Rho, is activated during development by Wnt/Fz signaling to control cell polarity and movement. The protein encoded by this gene is thought to function as a scaffolding protein for the Wnt-induced assembly of a disheveled (Dvl)-Rho complex. This protein also promotes the nucleation and elongation of new actin filaments and regulates cell growth through the stabilization of microtubules. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct proteins. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

A study in zebrafish demonstrated that the DAAM1 transcript, a disheveled-associated activator of morphogenesis 1 involved in notochord development, increased in relative abundance within 0.1 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].