Basic Information

Symbol
DAPK1
RNA class
mRNA
Alias
Death Associated Protein Kinase 1 DAPK Death-Associated Protein Kinase 1 DAP Kinase 1 EC 2.7.11.1 EC 2.7.11 ROCO3
Location (GRCh38)
9:87497228-87709073
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004938.4
Sequence length
5912.0 nt
GC content
0.5151

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2049.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2151.30 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1519.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((.(((((((((((((((..(((...((.(((..((..((((((((....))))))))..))...)))))...)))..)))))))(((....)))((((((((((((((..((((((.(((((((((..(((((((.(((..(((.((((((((((((((((((.(.(((((((..((((..((((((.........))))))))))((((....))))))))))).).).))))))))))..)).)).))))))..))).))))))).)).)).))))))))...)))..)))))........(((...)))..(((((((((((((((((.(((((((....((((((((((((((......(((((((.(....((((((((((((((..(((....((((((((...(((.(((((((((((.(((..((((((....((..((((((((.(((((...(((.....)))..((.((((...))))..))))))).))(((((..((((((((...(((.(((((((((((.....((((..((..((((.(.(((..........((((((((((.((((.((......(((....))).......)).)))).)))).))))))))).).)))).))..))))...))))....(((.(((...(((((.(((((....((((((.(((((...(((((((.....(((..((((..((((.(((((...((.(((((......((.(((((....))))).))....))....(((((....))))).....(((((((((((((((((((((..((((....)))).......(((((((((..(((((..........)))))....)))))))))((((........))))))))...))))...)))))))).)))))..))).)).)))))..))))))))..)))......((((.((((((((...))))))))...))))......(((..((.(((((....))))).)).))).........)))))))..)).)))...)))))).......((((.((((((((((.((((....)))).))).)).(((((...((((((((((((.(((....))).((((((((...((((...((((((((((..............(.(((.............((....)).((((((.((((....))))....)))))).))).).....((((((.....)))))).))))))).)))..))))...))))))))..((((.((((((((((((.(((.(((...((((......))))))).)))))))))).))))))))).....((((((.....))))))....(((((((.(((((......(((((((((.((((((.....(((...((((((......))))))....))).(((.........))).................)))))).)))).)))))...((((.....(((((((((((((..((((.(((((((...))).(((((.(((((.(((.(((((...(((((...((((((((((((((((((((((((((.(...........(((((...)))))...........).))))))...........(((((........)))))((((((.....)))))))))))))))).))))))))))...)).))).....)))))....)))..))))).)))))(((.............))).....(((((....)))))((((((......))))))..))))))))))).)).))))))))...)))).....(((..(....(((((........)))))....)..)))((((((.(((.(((((....)))))))).))))))....((((..((((..(((..(((.(((.(((.(((.((....(((((((((((((((((...........)))))))))))..............(((......)))((((((.(((.........)))))))))))))))....)).))).))).))).)))))).))))..))))..))))))))))))..(((((...(((((((((((((((((....)))))...(((.((((....)))).)))(((.(.(.((..((((((((((...(((((.((...((((..((((((((.(((....((((((....)))))).)))))))))))....(((((((.(((((....)))))(((((((..(((((.((.(((((((((...((.(((((((((...(....)....)))))..))))))..(((((((......(((.((((....((.(((..........)))))..)))).)))...(((((...)))))....((((.((((.(((...))))))).))))))))))).((((........(((((((((......))).))))))......)))).((.(((((((((.(((((..((.((......((.(((.......))).))........((((....))))..)).))...))))).))).)))))))).((((((((((((.((((((.((..((...(((....((((.((...(((((((((((........((.((.((((((((((.((((((((.((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((..((.(..(((((((.......)))))))..)..))..))))..))))).)))).......)))))))))))(.(((.((((((.(((.....(((((....((((((..(((......)))))))))..)))))....(((.(((.((((((...((.(((((.((((.......(((((((.....))))))).........((.(.((((...((((....))))...)))).).))...)))).))))).))...)))).)).))))))...)))))))))))).)(((.((((......)))).)))(((((.......))))).......)))))))))).....)))))))))).)))))))).(((((((.((((((.((.......(((((((.((((((............).))))).)))))))))))))))....)))))))...(((.((((......)))))))(((.((((....)))).)))....(((......))).(((((((((.((((........)))))))))).)))...(((((...(((((((((((((((((....)))).(((.....)))..((((((.(((..((((((((.(((.....((((.....))))....((((((((.((...)))))))))).(((((((.(((.(.......((((((((...((.(.(((((((((........(((((((((.....((.(((.((........)).)))))......))))))))).(((......))).(((.(((((.(((...))).))))).)))))))))))).).)).))))))))).))))))))))......(((..(((((((((((.((......(((.....)))......))..))))))..((((.((..((((((((((.((((((((.......))))))))))))....))))))..))))))..(((.(((.(((((....)))))))).)))...((((((.(.(((.....))).)...)))))).))))).)))....))))))))))).)))...))))))..))))))))...).))))...))))).)))))..))))))))....))))).))))).)).))((((((((...))))))))..((((((((.(((.(((((.((.((((((((.((((((((((..(((..(((.((..(((.((((.........)))).))))).)))..)))..))).)))).)))...))))))))...)).)))))..))).(((((..((......))...))))).)))).))))((((((((((((((((....(((.(((..(((......)))...)))...)))....)))))).))..)).))))))))))).)))))))).)))))))...))..)).)))))).))))))).)))))...)))))))..(((((......)))))...(((((((....((.((((((((((((.(((((.....)))(((((((....((.(((((((..(((((....)))))..)))))))..)).....)))))))...(((((((((.(((....))).((((((.(((((.......((((.((((...((....))...))))..))))...((((((......))))))....))))).))))))((((((((((((.(((((......(((((.((.((((....((........))....))))((((..((((....))))..))))....(((((....))))).............)).)))))))))).))))))))))))))).)))))).)).)))))).))))))))...)))).)))...((((((((.((((.....))))..)))))))).....((((.((((((........)))))).))))..((((((......)))))))).)))))))..)))))))))))))).)))).....)).))))).))))))))))..)).)).))).))))))))))....))...))))))))))).))))))...)))))...))))).)))).)))))))))).....))).))))))))))...)))..)).))))))..)))))..........))))))...))...)))))).))).)))))))))..)).))).....))))))))......((((((((((((((((((.....))))))))...........))))))))))......))).)))))).)))...((((((......((((((((..((((.(((((.(((....)))((((...........))))...))))).))))..)))))))))))))))))))....).)))))))((.(.((((.....)))).).))(((.(((((.......(((.(((...((...(((((((((((((((...))))..((((((((.............((((((....))))))(((((((((......))).))))))((((((.........))))))))))))))....)))))))))))....))....))))))........))))).)))...))))..))))....))))))....)))))....))...))))))))))))))))).)))))))))((((((((((((((..((((.....(((((..........)))))........((((.......)))).....(((((((....((.((........)).))...)))))))((((((...((((....(((.(((....(((((........)))))...))).)))....))))))))))..(((((((((.((.(.(((((((((....)))..)))))).).)).))))))))).)))).....))))))).)))))))(((((.........)))))((((.(((((((((((((((.......))))))))))))))))))).......((((....)))).....(((((((....(..(((((........)))))..)...)))))))......))))).))).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((((.(((((((((((((((..(((...({{(((..((..((((((((....))))))))..))...))))}.,.)))..)))))))(((....)))((((((((((((((.,(({(((.((((({(((..(((((((.(((..(((.((((((((((((((((((.(.(((((((..((((..((((((.........))))))))))|(((,...,)))))))))).).).))))))))))..)).)).))})))..))).))))))).,).)).))))))))...)))..))))),,,.,,{.,{,...}))},{((((((((((((((((.,.{{{((...,((({({((({(({{.{{,{.(((((((.{.{,.((((((((((((((..(((....((((((((.,.(((.({(((((((((.(((..((((((....((..((((((((.(((((...{((.....))}..((.((((...))))..))))))).)}(((((..((((((((.,.(((.(((((((((((.....((((..((..((((.........{{.{{{,((((((((((.{(({.((,,.,{.(((,...}}).,..},.)),)))}.)))),})))))))).)})))).))..))))...))))}...(((.(((...(((({{(((((....((((((.((({{...(((((((.....(((..((((,.(({(.(((((..,((,({{,,....,,||.(((((....))))).}|...,||.,..(((((....))))).....((((((((((((((((((((({.((((....|}}}.......(((((((((..,,{{{.,,.......}}))},...))))))))){(((,{....}.}}}))))),..})))...))))))))},)))),,}}}.)),)))))..})))))))..)))......((((.((((((((...))))))))...))))......(((..((.(((((....))))).)).))),,.......)))))))..}}.)))...)))))).......((((.((((({,{((.,{((....}}}}.}}),}},(((((...((((((((((((.(({....,},.((((((((...((((...(({(((((((................{{{.,,.....,....{{....||.((((((.((((....))))....)))))).)),.......((((((.....)))))).))))))).})}..))))...))))))))..((((.((((((((((({{(((.(((...({((......})))))).)))))))))).)))))))))....,({((((,....,,))))},,.((((((,,(((((..,{{{(((((((((.((((((.....(((...((((((......))))))....}}}.|||.........|||.....,,,.........)))))).)))).))))},}}}|,,.....(((((((((((((..((((.(((((((...})),(((((.(((((.(((.(((((...(((((...((((((((((((((((((((((((((.{...........(((((...)))))...........}.))))))...,,....,,|((((.,......))))}((((((.....)))))))))))))))).))))))))))...}).))).....)))))....)))..))))).))))){((..,..........))).....(((((....)))))((((((......))))))..}))))))))))}})},)))))))...|||...,,.,,,..,....(((((.,......)))))....,..||,((((((.(((.(((((....)))))))).)))))).}},((((,,((((..(({..(((.(((.{{{.{((,((,...(((((((((((((((((,,,...,,,,.}))))))))))},,,..........(((......)))((((((.(((.........))))))))))))}}}....},.))),))),|||,||,,,}.,}}}.,)))),,))))))))))))..(((((...{{((((((((({{((((....))))}...(((.((((....)))).))){{{.,,{{((..((((((((((...(((((.((...(((,..((((((((.(((....((((((....)))))).))))))))))).,{.(((((((.(((((....)))))(((((((..(((((.{{.,((((((,{{{{{||..,.,{({,..,|},..,....}}}||,.,||,,..,(((((((((,{.{((({,{{{..{{((({((({,,.....{{{....)))}||||||..{(((({.,|||||....((((.((((.(((...))))))).))))|||||||{(,(({{{{{{{,{{{{(((((,,,,,,|}|,||||||{{{...,(((((((,,,((((,,.......{((((((,...,{{,{,{.,.,,..||{{{{{{{,....,(((,...}}}|{||{{,|..{||,,}|,}|.}},,))))}||,}|}}})))}}))})))..........)))}})))))}|((({.,(((((((((,........((.({.(((({(((((.{({{{{({.{{,,,{((((.{((.(((((((((((((((((((((((((,{((((((((((((((.((((..((.,..,((((((,....}.))))))}..}..})..)))}..))))).))}}.......)}}}}|}}}|},.{{{(((((((.(((..,,.(((((..,.({({((,,(((,...,,||}||||||..||}}}....,||.|||,||{|||}..{|,(((({.({{{.|||,,.(((((((.....))))))).........,,.{.((((...((((....))))...)))).}.))...)))).))}}}.))}}}))))})).}}))))}.,))))}})))}}}.|(((.((((......)))).))),|||,,|,,...}}}})},.,,.,)))))))))).....)))))))))).)))))))}.{((((({.((((((.((.,.....(((((((.((((((............),})))).)))))))))))))))....))))}}}...(((,((((......)))))))|{{,((((,,..}})).})),,..,||,}.,...{(((((..(((.(((((,..({......)),.}.))))))))})))))..,,,,,{|||||||{{({.,..}}}}.((({...|||,.,((((({.{{{..((({{(((.(({....,||{|,,...))),....{{((((((,({.,,||}}}}||}}.{{{|||||||{.|,.....,|{||||||,..((,({(((((((((.....}}}||||||{,|}....||.,||}||}}}}.,},))})))})),},..}}}}}})))),}|,,}}}.)),.{{|,|||||}||{,,{|||,|||}}.}}}}}}})))}}})})).))))))})},)))}}))})).|||,||||{|,{|||{,(((({{.......{{(.....}}},..,,,||{{|||||}..((((.((..((((((((((.((((((((,.....,))))))))))))....))))))..))))))},||({(((..,,..,}}}}.))}}|}|}}}..,((((((.(,(({...,,))}.)...)))))),)))),..},))}},))))))}))),}}}..,))))))..}}))))))...)})))},,})))))})))||{,}||||||,....,)))),))))).}|,||({((((((.,,||||||||{,(({{(,,{.{{{.(((((.((.((((((((.{{((((((({..{{(,.,{{{{...{{{.((({......|.,)}}}{|||||,,,,..|||..})}}}))).))),,,))))))))...)).)))))..}||.{{{{|,.{(......}},,,}||||,}}},}})))|||{((({{{((((((....(((.|,{,.((..,....}})},})}).,,)))....)))))).)),.}}.)))))}})))}.}}}}}}}}}}}}.}}}.}})}}}.}},,,,((((((....))))))....)}})))..||{((......}))))...|||||||}}}}||}|(((((((((((,({{{{.,,,.}))(((((((....{{.(((((((..(((((....)))))..)))))))..)).....)))))))...(((((((((.(((....))).((((((.(((((...,{,,((((.((((...((....))...))))..))))..}||((({......})}}}...,,))))).))))))((((((((((((.(((((......({(((,{({({{{..,}|{,,,.....}}....}}}}((((..((((....))))..)))),,..(((((....))))).............}).}}))}))))).))))))))))))))).)))))).)).)))))).))))))}}.,}),,|,|}}..,|{((((((.((((.....)))).,))))))))|||..((((.((((((........)))))).)))).,((((((......)))))))),)))))))..))))))))))))))})))).....)).))))).))))))))))..)},},.))),))))))))))....)),,,}})}})))))).))))))...)))))...))))).)))).)))))))))).....))).))),))))))...))).,)).))))))..))))).........,))))))...))...)))))).))).)))))))))..)).))).....))))))))..{{,.((((((((((((((((((.....)))))))}..........,)))))))))).,}}..))).)))))).)))...((((({.....,((((((((..((((.(((((.(((....)))((((.,.........))))...))))).))))..)))))))))))))))))))}}..}.)))))))((.{.((({.,,{,||}},}.|,.{{|{,|||},.,}}.,||}||||,.{{...(((((((((({{(((.,.||||..{({((((|.,,..,,......|{((((....})))}}{{{{|||||......}))}}))}}}{{(({{.,,,,..,,))}))}))))))))....})))))))))}....})....|||{||...,})))),,,},),,.,,}}}}..})}).,,,|))})}..,,))))).....,...))))))))))))))))}.)))))))))((((((((((((((,,((((,{{{{(((((({{,,,...,}},,}|...,...{(((.......)))).},..({{{{({.,,,,,.||..,,,,,,))})}...)))))))((((((...((((....(((.(((....(((((........)))))...))).)))....))))))))))..((((((((({((,({(({(((((,....,,)},)),))),).)).))))))))).))))...,.))))))).))))))){((((...||}},.,||||{{{{.(((((((((((((((.......)))))))))))))))})}},}}},..((((....)))}.....{((((({....{..(((((........}))))..,...))))))).,,...))))).))).))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001288729.2 NCBI
AGUGAGGCGCGUACCGUCUGGGCGAGGGCUUCAUUCUUCCGCGGCGUCC… 5726 nt 0.5072
NM_001288730.2 NCBI
GCAGAACCCGCAGCGCCGGCCUGGCAGGGCAGCUCGGAGGACUGGAGAC… 5710 nt 0.5074
NM_001288731.2 NCBI
CUUCAGAUUGCAAACCUUCUUGCCUUCAAGCCUCGGCUCCAACACCAGU… 5746 nt 0.5059
NM_004938.4 NCBI
GCUUCGGAGUGUGAGGAGGACAGCCGGACCGAGCCAACGCCGGGGACUU… 5912 nt 0.5151
Summary

Death-associated protein kinase 1 is a positive mediator of gamma-interferon induced programmed cell death. DAPK1 encodes a structurally unique 160-kD calmodulin dependent serine-threonine kinase that carries 8 ankyrin repeats and 2 putative P-loop consensus sites. It is a tumor suppressor candidate. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2013]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.