Basic Information

Symbol
DCAF4
RNA class
mRNA
Alias
DDB1 And CUL4 Associated Factor 4 WDR21A WDR21 DDB1- And CUL4-Associated Factor 4 WD Repeat-Containing Protein 21A WD Repeat Domain 21A DKFZp434K114 WD Repeat Domain 21
Location (GRCh38)
14:72926358-72962098
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015604.4
Sequence length
2474.0 nt
GC content
0.5133

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-832.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -881.17 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 617.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((....((((.((((...........)))).))))....)))).))))))))))...((((((((...(((((...((((((....((((((.......((((..((((....((((..(((((((((((((((..(((...((((((.((...)).))))))...))))))).))..(((((......))))).....(((.((((((..(((..(((((......))))))))...((((((((((..(((....)))))))))))))..((((.(((((.......)))))(((((((..((((((((((((..(((((.((.............................)).)))))..(((((((.((((...(((((((((((((.(((((((((...((.((((....((((.....(((..(((.((.(((..(((...((((.....)))).....)))..))).)).)))..)))...)))).....)).)).))....))).....)))))))))))...((((((((((((.....((((((...........))))))))))(((((((((.(((..((((((((((.((.((((((.(((..((..........)).))).).)))))...)).))).)))))))..)))....(((.((..((.(((..((....))..))).))..))))))).))))))))))))))).....(((.....((((((........))))))...))).(((((((((.......(((((((((..(((((....(((((..((((((.(((((((((((.((..((((((..........((((...))))..((((((....))))))...(((((....((((((...(((.(((...)))))).)))).))))))).)))))))))))))...))))))))).....(((((.....((((...))))....)))))....)))((((((((((.((((...)))))))))))).))))))).....))))))))..)))))).....)))))))))..))))))))....)))))))))))......(((((..((((((.((((..(((((((.(((((((((...)))))..))))))))))).(((((((((.....))))..)))))(((((.((((......))))..))))).......(((((((...((((..(((((((((...((((.((....)).))))((((..(....)..))))......(((..((((((....((((.((........))..)))).(((((((((((.....(((.((((........)))).))))))).))).))))))))))..)))....)))))))))........((.(((((...(((.........(((((((....((((..(.((((((.(((((...)))))))))))...)..)))).))))))))))...))))).))))))..)))))))((((((.((((((........))))....)).))))))..)))).)))))).)))))((((.((....)).)))).....)))))))..)))))..)))))))..(((.(((..(((((((......(((((((...)))).)))......)))))))))).)))(((((((((..((((((((.((.(((.(((((.((((.(((((((((.(((.(((((......))))).))).)))))(((.((((((((...)))))).)).))).)))).(((.....)))((((((((((((((.....(((((((((((((((.........(((((((..(((...((((...(((((............(((((((((((...)))......))))))))))))).......))))....)))...))))))).(((((..((((.(((((........))))))))).))))).....((((.....)))).))))))).))))))))........))))).))))).)))).....((((((..((((((((.....)))))))).))))))........((((((((((((...))).)))))))))......(((((((((...(((((..(.((((.(((((........))))).))))..)..)))))...)))))))))....)))).).))))..))).)).))))))))..)))..))))))....)))).(((((((.....))))))))).)))).)))...))....)))))))..))))))))..))))..)))))).))))))....))))).)))))))).....(((((((((.......))))......((((.((......)).))))((..((((..((((((.........))))))..)))).))..)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((.{.,((((.((((........}..)))).)))).,,.)))),,))))))))).....((((..(.(((.((,,..,,.......((((((.........,.}).)))).{((..{......},.}}},{{{{.,{{{,|.((((((.((...)).))))))..})))))))..))).)..)))).(((((((((((.(((((({,..,|{(,{.(((((......))))).},..,((((((((((..(((....)),)))))))))).,..,{,{((((...(((((((.(((((...(((((((,(,.,,{,(((((({(((({....,,,...,,...,,.{{{.{,...|,|,||,..,||}}}..||,((((((((,(.,({{,((({((((.(((((({.,((.(.{((,(((.....{.((((((((..(((((((,{(((.((((((((((..{......({{(((((((((........{{........}}........))))),..,))))}...,..)..)))))))).(((......)))......)).)))))))))))....}},)))))).}..))).||{{{{.|{.{{||||.||{..{|..,,,,....}),))),}.|||||...}}.}}}}},{,{((((((((((.(((.((..{{.(({..{(....})..))}.)).,}}}}}.....{(((.{{(......))}.}))}....{(((((........)))))},(({(((({({,((((.(((((..(((((.(((((((....({{{.,...}..{{.,((((((.((((((...((((((((.,.....,(({{...}}},..{(((((,...,}}}}}.....,})},}}).,))))))))....))))))))))))}})}..(((.(((({(((((((......((((((.........{((((......)))))....((({{(((((((.(.(((((((((((.((({...}))))))))))).))).).((((....))))...((((.((((((.(((({(,{{(.((((((((.(((....(({((.,.{{{{{(((,.({.,...}))},...,,,,}}|}}|||,{((,{{{{{|{{,.,|,|(((..(((.(((....)))))))))),})))))|||,|,|(((......)))})}))),,..))).)).))))))...))).,))))..)))))).))))...))).))))))))))))))..)))))))....(((((...(((((...,.((((.((........))..)))).})))))..))))),.)))).))).,}},))))))).))))))))))))))}}.,}.}}.)),)},}....)))))))))))}..{(({(|..|{{{(((.{{{{.{(({((,((({....,,,....{(((((,{((({...})))))))))){((({(((({(({((.{((.(((((......)))))))).))).(((((((.((((((........))))....)).))))))).,(((.((((((.((({{{((((..(((.(((((((...(((,(.(((((((.,.....})))))).).,{....}}(((((((......))))))).,})},..)))))))))).))))))))){,.(((({(({({{((,,.{,(({{.,..||||,.,{|||{{{,,(({{,(({((((,......}}|}|{|||{||,,,(((.((((((({...}))))).)).))),,,}}}|||}},..|,...,,{,{|}|||||.}||}..|||,{|{({{{{{.........|||,|||,||}}}|.,}}|||||,,|||,....,,...,}}||)|}}|}}}.}}.)}}}..}).))))))),.)))})}}}}))).}})..))).)).)).)))||||,.,||||}(((((........))))).,,)})),))}...))))))).)))).{{|||||,,.,||||||,...)))))),..,))))))),||......(((((((,{(((((((.....)))))))))))))))........((((((((((((...))),}))))))))......(((((((((...(((((..{.((((.(((((........))))).))))..}..)))))...))))))))).....{.(((((.({...}).))))).}.))))))))).))))))}}.{((...(((((((.....)))))))..})))..(((((((........)))))))...}}}}..}))}}}))))}..)},,}},}).))))).))))).)))))))}}}}|((({,......,}}},.....{{{{.{(,,,,..}|,||}}....|||,{{|,,,,})).,}),},,,))})})).)))))..))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001163508.2 NCBI
CUUUCCGGGUCCUUGCACGCUUCGCUCCAACUCCUGCAGAGCUGAGCCG… 2456 nt 0.5130
NM_001163509.2 NCBI
CUUUCCGGGUCCUUGCACGCUUCGCUCCAACUCCUGCAGAGCUGAGCCG… 2445 nt 0.5145
NM_001352447.2 NCBI
CUUUCCGGGUCCUUGCACGCUUCGCUCCAACUCCUGCAGAGCUGAGCCG… 2473 nt 0.5131
NM_001352448.3 NCBI
CUUUCCGGGUCCUUGCACGCUUCGCUCCAACUCCUGCAGAGCUGAGCCG… 2883 nt 0.5227
NM_001352449.2 NCBI
CUUUCCGGGUCCUUGCACGCUUCGCUCCAACUCCUGCAGAGCUGAGCCG… 2641 nt 0.5085
NM_015604.4 NCBI
CUUUCCGGGUCCUUGCACGCUUCGCUCCAACUCCUGCAGAGCUGAGCCG… 2474 nt 0.5133
NM_181340.3 NCBI
CUUUCCGGGUCCUUGCACGCUUCGCUCCAACUCCUGCAGAGCUGAGCCG… 2374 nt 0.5147
NM_181341.3 NCBI
CUUUCCGGGUCCUUGCACGCUUCGCUCCAACUCCUGCAGAGCUGAGCCG… 2294 nt 0.5148
Summary

This gene encodes a WD repeat-containing protein that interacts with the Cul4-Ddb1 E3 ligase macromolecular complex. Multiple alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2009]

Forensic Context

A review of multi-omics studies in humans identified the DCAF4 as part of the ubiquitin-associated proteolytic pathway and found it to be an aging-associated transcriptome feature correlated with age in the Framingham Offspring cohort [Solovev et al. DOI:10.1016/j.mad.2019.111192].