Basic Information

Symbol
DCAF6
RNA class
mRNA
Alias
DDB1 And CUL4 Associated Factor 6 PC326 IQWD1 Androgen Receptor Complex-Associated Protein IQ Motif And WD Repeat-Containing Protein 1 Nuclear Receptor Interaction Protein DDB1- And CUL4-Associated Factor 6 IQ Motif And WD Repeats 1 ARCAP NRIP 1200006M05Rik MSTP055
Location (GRCh38)
1:167935783-168076223
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001198956.2
Sequence length
3486.0 nt
GC content
0.4426

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-995.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1061.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1034.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((...((.(((.......))).))...((.(..((((((((((((.(.(((((((....((((((((.((((((...(((((.((((.((((...(((.(((((..((....))))))))))...)))).)))))))))...)))))).....)))...)))))..)))(((((.(.(((((.(((.((((..........(((((((((((.....)))))........))))))..........))))))).).)))).).)))))...)))))))))))))))))..))).((((((..(((....)))..)).)))).....)))))..))))...........((((((((((((...((((((((.(((((..((((((...(((....)))...)))))).(((((((((...(((((((...)))))))...............(((((.((((((((((((((((.((((((.((((.((((((((((((............(((((.((((((.((....)).)))))))))))..........((((((.(((((....(.(((.((((....)))).))).)...))))).)))))).....((((((((..((((..(((((.((((....((((...((.(((.((((.....(((((..(((((((..(((((.((((((...(((((................(((.(((((((((......))).)))))).)))))))).)))))).)))))((.((((......)))).)).(((((.(((.......(((((.(((...(((((........((((((((...((((((((.....))))))))...))).....)))))...(((....))))))))....))).))))).......))).)))))((((((.(((((((((....)))))).....(((.(((((((........(((((....)).)))((((((.((...((.......))..))))))))((((((...(((((((((((((.......)))).(((((((........(((.((.((((((..((((((.(((((((....)))).))).........(((..(((........))).))).))))))..)))))).))))))))))))....((.((........)))))))))))))))))))..))))))).)))))))))))).....))))))).))))).....)))).))).))....((((((((..((((.((..(((((((((((.....))))(((((((.(.((((((((((......)))))((((...(((.....))).))))..(((((((..((((..(((((..(((......)))..))).))..))))....))))).))........((((((.......))))))))))).).)))))))..((((((((....))).....)))))..(((.....)))....)))))))...)).)))))))))))).)))))))))))))....))))))))))))..)).)))))))((((((((((((.....(((((((((((.((((((.........((((........))))((((.((.....))))))...((((((((((....((((((..(.(((.(((.((((........))))...)))))))..)))))).))))))))))((((((((.((((...)))))))))))).((((...(((((((((...((((((........(((((................)))))......................((((((((((......)))....(((((.((((((((....(((...........................)))...))))))))...)))))...........(((((...((.((.((((((...)))))).)).)).)))))...((((.(((.(.(((((...)))))).))).)))))))))))..)))))).)))))))))...))))......)))))).))))))..))))).))))))......((((((..((((((((((((......(((((((.((((((((.(((.(((((.............(((((.((((((.(((((...((((...((((((...((.......))...))))))..(((((((((((((((..((((..((((.(((..((.....)).....))).))))..))))...(((...(((((((...)))))))....)))................))))))))(((((........(((....)))(((((.....))))).......(((((((...(((((((.(((((((....((.(......).))......))))))).....(((((...)))))))))))).)))))))...(((.....)))...))))).......((((((((......(((...)))..))))))))......)))))))(((((....))))).......))))...))))).....))))...)).)))))....((.((((....(((((.....)))))...)))).))(((.((((((((....................))))))))))).....))))).)))))))))))))))).))((.((........)))).((((((...)))))))))...))))))))).....))))))....))))))...((.((..((((((((..(((((.(.(((((.((((((((((((..((((((((.(......).))))).(((((((((((..((((...((........))....)))).)))))(((((((...(((((...(((.....(((((((......................)))))))....)))...))))).....)))))))...........(((((.(.....).))))).)))))).(((((((....)))))))............))).))))))))......(((((((....(.(((((.(((((((((.(((((.((((((.((((.................))))))))))..))))).)))..))))))))).)).)....))))))).((((.......))))....)))).)))))..).)))))..)))).)).)).....)).)).((((.....))))........))))))).))))))))))))))..)))..))))).))))).....((((...)))))))))))))........(((.((((((((.((((((((((...........((((((((....)))))))))))))))))).....)))))))).))))))))))))))))......(((((......)))))..))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((...{{.(((.....,,}}}.},...((.(..((((((((((((.(.((((((({{,..{{|||||.((((((...(((({,((((,((((...{{(,(((({,,((...,))))))))))...)))).)))))))))...))))),.....{||...,,}},}})}}{(({{.{.{{{({{(((.(((({.........{{{{{{(((((.....)))))..,,..,,)))})),......,,,)})),},}),)))}.}.))))}...))))))))))))))))),.))).((((((..(((....)))..}),)))).....))))}.,))))...........((((((((((((...{(((((((.((((({.((((((...((,....}))...)))))).(((((((((...(((((((...)))))))..............,(((({.((((((({(((((((((((((((.((({,((((((((,.(({(,|,|{{,.,,{{{({.((((((.((....)).))))))}}}},.........,((((((.(((((..,.(.(((.((((....)))).))).).,.))))).)))))){{(((((,..{{{..((((({.....,.(((((,.,((.,,,{,(((({....}}}}}.,}},,}|}}}}}}(((((..,((((((((((({.(({.{{(((({{.{(({{(({(((((({,({{.,{{|||,...}||{||,,|||..,{{,,{{{{{.,,,||{,,.,,,,..,,..{{,(((((.(((.......(((((.(((.,,((((((,{{,,..(({,,,,,..,((((||((,,,,.}}}))))),,})}),|,..,,,,,.,.|{{....)})))))).,..))).))))).......))).)))||{||{....((((((((....)))))))).}}}}}}{|||{{|.,|..|,,{,,,{((((((......))))))}}}},.,}.}})}))},|....,,,(((((({..(((((((((.,........,(((((((,.....})))))}|{|.((.((((((..((((((.(((((((....)))).))).......,.||{({,,{,,,.....))}..)).})))))..)))))).)),,,((((,,...{{(,.,,}}}.....)))))))))))))}},,,))))))}{(((((((((((((((...((((({{{({||{{{{....,||||{|,,{,.|||{{{{({(((({{,,,|||{,,(((((((((.....))}...{.((((((((((((,{((..,,..}}))|{|{{...(((.....))).,}))...))))))).},})))|.{{...((((((.((((((.,.,,,...,,|.{{{(((..(((((((((((.((((((.......))))))..,,{(((((((((...((((((((....))).....))}}}...,,....{{({..{,(((({....((({((((({{,{((,{,,,|}}.}),,,.}}}})),))).,|.))}))}.}))}{,,................}}}||{,{{{{{.{(({((.,||,|...(({{.{{,,...))))((((.{{.....}}))))...((((((((((.{{{,(((((..{.(((.(((.((((........))))...))))))},.))}))).))))))))))((((((((.(((,...}))))))))))).{{((,..{((((((((...((((({..,.....(((((,,{{{.{{{..,,,..,)))}.,}}}}}}..............{||||||(((......))).,.,({{{{,{{((({{{.||||{,.,,.,,},...,.||,.....,,....}}....})}}))))...)))})...,,..,,,.(({{{...||.{{.|{{(({...)))))},)).)).}}}}}...((((.(((.(.(((({...))))}).))).))))}}))))),.}))))).)))))))))...))},......))))))}}})},}}},.))))))))))...............)))))))))))..........((((.((((..((((...............)))).)))).))))....})))))..}))))).))))))....,,...})))))},}))))}}.||{(({.({(,.,,}}},|}|}.{{{(,{||.,{({..........,}}}.)}},..}})))})))},,.(((((((...))))))).}}}}}}...............||.(((.((((,,{.....,..|..}))))))(((((.....))))).......}}}..)))))))))))))))),,,|.{,,,.|}}|}}|.}|,|..,,,{((|((({(({{{(((({,,{|||||,||||||||{|,,{((((.......))))).,||..{,,{{.{{((((,{{,......|,,.}})})}}})))))}),{{{{{{,,..|((((((....,,,,,..................}}}}}}))})))))|||,.......||.(((({{.{((,,..,{{{|||,,..,))))}).((,{((((((((...{{...........,,..)))))))))))..{{{{......))))}}}}}},})))})))).,,,},,)))))))}}||||{,.,,})}}||{|||,.,}))))}}}),.}}))),,....}))))|)}}}}))))})))),,,}}))}}}}}.}})}},.....(((......))).{(((((.{......,.}))))}((((((,{{{{..((({...({.,......}}....}))).))}}|(((((((,..(((((...(((.....(((((((.....,.,..............)))))))....)))...)))))..,,.))))))),..........(((((.(.....).))))).)))))).(((((((....))))))),))))}..)}}}}})})}.,|||,.........}}}...}))))}.(((((,(((.(((((((((...((((((........))))))...}})}.,,.))))))))))))))....,,,,}))}.}))))}}|||.|||..((((.......)))).}}}}}},.,,,}))}}},.,)).}))})))).))}}}.{{|.,,.{(((.....)))}..}}.,,,))))))).))))))))))))))..))}..})))).)))))}....((({...}))))))))))))........,,,.((((((((.(((((((((({{{,,..,...,{{(((({....}))))))))))))))))).....}))))))).}})))))))))))))).{{,.,((({,....,,)),})}.))))))))))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001349780.2 NCBI
GGAUGUUCUGGUUAGUCUAAGAAGGAGAGUAUGAGGCGAGCUCCGGCCC… 3151 nt 0.4424
NM_001393650.1 NCBI
GGAUGUUCUGGUUAGUCUAAGAAGGAGAGUAUGAGGCGAGCUCCGGCCC… 3255 nt 0.4384
NM_001393651.1 NCBI
GGAUGUUCUGGUUAGUCUAAGAAGGAGAGUAUGAGGCGAGCUCCGGCCC… 3315 nt 0.4389
NM_018442.4 NCBI
GGAUGUUCUGGUUAGUCUAAGAAGGAGAGUAUGAGGCGAGCUCCGGCCC… 3273 nt 0.4409
Showing 11 to 14 of 14 entries
Summary

The protein encoded by this gene is a ligand-dependent coactivator of nuclear receptors, including nuclear receptor subfamily 3 group C member 1 (NR3C1), glucocorticoid receptor (GR), and androgen receptor (AR). The encoded protein and DNA damage binding protein 2 (DDB2) may act as tumor promoters and tumor suppressors, respectively, by regulating the level of androgen receptor in prostate tissues. In addition, this protein can act with glucocorticoid receptor to promote human papillomavirus gene expression. [provided by RefSeq, Mar 2017]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.