Basic Information

Symbol
DCN
RNA class
mRNA
Alias
Decorin SLRR1B DSPG2 Bone Proteoglycan II PG40 Dermatan Sulphate Proteoglycans II Small Leucine-Rich Protein 1B Proteoglycan Core Protein Decorin Proteoglycan PG-S2 CSCD PGII PGS2
Location (GRCh38)
12:91140484-91183217
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001920.5
Sequence length
6850.0 nt
GC content
0.3818

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1762.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1896.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1607.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001920.5 NCBI
AACUGUGCUAUGGAGUAGAAGCAGGAGGUUUUCAACCUAGUCACAGAGC… 6850 nt 0.3818
NM_133503.4 NCBI
AAGAGCAACGUGCUUUGGGAGCAGAGAAGAGGGAGAAAGCAGCAUCUUG… 6805 nt 0.3816
NM_133504.3 NCBI
UAAGAAACGACACACAGAUUAGGCAGUGCUACUCUUCUUAAAUCUCUCA… 3643 nt 0.3670
NM_133505.3 NCBI
UAAGAAACGACACACAGAUUAGGCAGUGCUACUCUUCUUAAAUCUCUCA… 3529 nt 0.3633
NM_133506.3 NCBI
UAAGAAACGACACACAGAUUAGGCAGUGCUACUCUUCUUAAAUCUCUCA… 3409 nt 0.3579
NM_133507.3 NCBI
UAAGAAACGACACACAGAUUAGGCAGUGCUACUCUUCUUAAAUCUCUCA… 3296 nt 0.3553
Summary

This gene encodes a member of the small leucine-rich proteoglycan family of proteins. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature protein. This protein plays a role in collagen fibril assembly. Binding of this protein to multiple cell surface receptors mediates its role in tumor suppression, including a stimulatory effect on autophagy and inflammation and an inhibitory effect on angiogenesis and tumorigenesis. This gene and the related gene biglycan are thought to be the result of a gene duplication. Mutations in this gene are associated with congenital stromal corneal dystrophy in human patients. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.