Basic Information

Symbol
DDX21
RNA class
mRNA
Alias
DExD-Box Helicase 21 Gu-Alpha Nucleolar RNA Helicase 2 RH-II/GU GURDB DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) Box Polypeptide 21 Nucleolar RNA Helicase Gu Nucleolar RNA Helicase II DEAD-Box Helicase 21 DEAD Box Protein 21 RH II/Gu DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Helicase 21 RNA Helicase II/Gu Alpha EC 3.6.4.13 Gu Protein RH-II/GuA EC 3.6.1 II/Gu GUA RH
Location (GRCh38)
10:68956135-68985072
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004728.4
Sequence length
4664.0 nt
GC content
0.3999

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1245.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1334.38 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1213.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001256910.2 NCBI
ACACAGUGCGCAGAGUUGGACCUUCAGUCAGGCUCCACGUUGUUGGCUA… 4623 nt 0.3978
NM_001410932.1 NCBI
CUCUUCCUCUCCACGCGGUUGAGAAGACCGGUCGGCCUGGGCAACCUGC… 4502 nt 0.3980
NM_004728.4 NCBI
CUCUUCCUCUCCACGCGGUUGAGAAGACCGGUCGGCCUGGGCAACCUGC… 4664 nt 0.3999
Summary

DEAD box proteins, characterized by the conserved motif Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), are putative RNA helicases. They are implicated in a number of cellular processes involving alteration of RNA secondary structure such as translation initiation, nuclear and mitochondrial splicing, and ribosome and spliceosome assembly. Based on their distribution patterns, some members of this family are believed to be involved in embryogenesis, spermatogenesis, and cellular growth and division. This gene encodes a DEAD box protein, which is an antigen recognized by autoimmune antibodies from a patient with watermelon stomach disease. This protein unwinds double-stranded RNA, folds single-stranded RNA, and may play important roles in ribosomal RNA biogenesis, RNA editing, RNA transport, and general transcription. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the DDX21 was down-regulated in myocardial infarction cardiac tissues [Wang et al. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171].