Basic Information

Symbol
DDX39B
RNA class
mRNA
Alias
DExD-Box Helicase 39B D6S81E Uap56 BAT1 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Polypeptide 39B HLA-B-Associated Transcript 1 Protein 56 KDa U2AF65-Associated Protein Spliceosome RNA Helicase DDX39B ATP-Dependent RNA Helicase P47 DEAD-Box Helicase 39B Nuclear RNA Helicase (DEAD Family) HLA-B Associated Transcript 1 Spliceosome RNA Helicase BAT1 U2AF65-Associated Protein 56 DEAD Box Protein UAP56 EC 3.6.4.13 UAP56
Location (GRCh38)
6:31530218-31542451
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004640.7
Sequence length
1681.0 nt
GC content
0.5068

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-554.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -587.90 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 441.17
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004640.7 NCBI
AGAUUUCCCUCCUUCGUCGCUGUUGCUGCCGCCAUACGCGCUCUCCCUG… 1681 nt 0.5068
NM_080598.6 NCBI
AGAUUUCCCUCCUUCGUCGCUGUUGCUGCCGCCAUACGCGCUCUCCCUG… 1551 nt 0.5087
Summary

This gene encodes a member of the DEAD box family of RNA-dependent ATPases that mediate ATP hydrolysis during pre-mRNA splicing. The encoded protein is an essential splicing factor required for association of U2 small nuclear ribonucleoprotein with pre-mRNA, and it also plays an important role in mRNA export from the nucleus to the cytoplasm. This gene belongs to a cluster of genes localized in the vicinity of the genes encoding tumor necrosis factor alpha and tumor necrosis factor beta. These genes are all within the human major histocompatibility complex class III region. Mutations in this gene may be associated with rheumatoid arthritis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Related pseudogenes have been identified on both chromosomes 6 and 11. Read-through transcription also occurs between this gene and the upstream ATP6V1G2 (ATPase, H+ transporting, lysosomal 13kDa, V1 subunit G2) gene. [provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.