Basic Information

Symbol
DDX3X
RNA class
mRNA
Alias
DEAD-Box Helicase 3 X-Linked CAP-Rf HLP2 DBX Helicase-Like Protein 2 DDX14 DDX3 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Polypeptide 3, X-Linked DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Helicase 3, X-Linked DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) Box Polypeptide 3 DEAD Box Protein 3, X-Chromosomal ATP-Dependent RNA Helicase DDX3X DEAD Box, X Isoform DEAD/H Box-3 EC 3.6.4.13 EC 3.6.1 MRX102 MRXSSB
Location (GRCh38)
X:41333348-41364472
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001356.5
Sequence length
4635.0 nt
GC content
0.4060

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1298.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1393.12 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1217.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001193416.3 NCBI
AGAGCCGCAGUUCUCCCGUGAGAGGGCCUUCGCGGUGGAACAAACACUC… 6026 nt 0.3981
NM_001193417.3 NCBI
AGAGCCGCAGUUCUCCCGUGAGAGGGCCUUCGCGGUGGAACAAACACUC… 5981 nt 0.3978
NM_001356.5 NCBI
AGAGCCGCAGUUCUCCCGUGAGAGGGCCUUCGCGGUGGAACAAACACUC… 4635 nt 0.4060
NM_001363819.1 NCBI
CCGCAGUUCUCCCGUGAGAGGGCCUUCGCGGUGGAACAAACACUCGCUU… 5986 nt 0.3917
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the large DEAD-box protein family, that is defined by the presence of the conserved Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD) motif, and has ATP-dependent RNA helicase activity. This protein has been reported to display a high level of RNA-independent ATPase activity, and unlike most DEAD-box helicases, the ATPase activity is thought to be stimulated by both RNA and DNA. This protein has multiple conserved domains and is thought to play roles in both the nucleus and cytoplasm. Nuclear roles include transcriptional regulation, mRNP assembly, pre-mRNA splicing, and mRNA export. In the cytoplasm, this protein is thought to be involved in translation, cellular signaling, and viral replication. Misregulation of this gene has been implicated in tumorigenesis. This gene has a paralog located in the nonrecombining region of the Y chromosome. Pseudogenes sharing similarity to both this gene and the DDX3Y paralog are found on chromosome 4 and the X chromosome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2014] CIViC Summary for DDX3X Gene

Forensic Context

A study in cynomolgus monkeys demonstrated that chronic exposure to methamphetamine or heroin downregulated the DDX3X in the hippocampus compared to control and cocaine-treated groups, as confirmed by RNA-Seq and RT-qPCR [Choi et al. DOI:10.30773/pi.2022.0004].