Basic Information

Symbol
DDX6
RNA class
mRNA
Alias
DEAD-Box Helicase 6 RCK Rck/P54 HLR2 DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) Box Polypeptide 6 (RNA Helicase, 54kD) DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Polypeptide 6 Probable ATP-Dependent RNA Helicase DDX6 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) Box Helicase 6 ATP-Dependent RNA Helicase P54 DEAD Box Protein 6 Oncogene RCK Putative ATP-Dependent RNA Helicase DDX6 EC 3.6.4.13 DEAD Box-6 EC 3.6.1 IDDILF P54
Location (GRCh38)
11:118747763-118791226
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004397.6
Sequence length
6128.0 nt
GC content
0.3998

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1764.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1885.37 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1498.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001257191.3 NCBI
GGAGCUUCGAGUCAACAAUAAAGGACCGAGGGUGCCGAGCGGGAGUGGC… 6149 nt 0.3999
NM_001425145.1 NCBI
GGAGCUUCGAGUCAACAAUAAAGGACCGAGGGUGCCGAGCGGGAGUGGC… 6117 nt 0.3982
NM_001425146.1 NCBI
AGACGCGCGCCCGGCGUCUCCGGGUCGCUAGUUCCGCGCCUUCCUGCAU… 6186 nt 0.4032
NM_001425147.1 NCBI
AGAGGAGCCGAGUUAGCUCAGCCAGGCGGCGACUUCGGCGGCGCCACGA… 6125 nt 0.3997
NM_001425148.1 NCBI
GGAGCUUCGAGUCAACAAUAAAGGACCGAGGGUGCCGAGCGGGAGUGGC… 6114 nt 0.3981
NM_001425154.1 NCBI
AGAGGAGCCGAGUUAGCUCAGCCAGGCGGCGACUUCGGCGGCGCCACGA… 5661 nt 0.3983
NM_004397.6 NCBI
AGAGGAGCCGAGUUAGCUCAGCCAGGCGGCGACUUCGGCGGCGCCACGA… 6128 nt 0.3998
Summary

This gene encodes a member of the DEAD box protein family. The protein is an RNA helicase found in P-bodies and stress granules, and functions in translation suppression and mRNA degradation. It is required for microRNA-induced gene silencing. Multiple alternatively spliced variants, encoding the same protein, have been identified. [provided by RefSeq, Mar 2012]

Forensic Context

A study in human patients with dilated cardiomyopathy demonstrated that the mRNA for the DDX6 was significantly upregulated in ischemic cardiomyopathy (ICM) compared to volume overload cardiomyopathy (VCM) [Bonet et al. DOI:10.3390/biom14050524].