Basic Information

Symbol
DENND2A
RNA class
mRNA
Alias
DENN Domain Containing 2A KIAA1277 FAM31D DENN Domain-Containing Protein 2A DENN/MADD Domain Containing 2A
Location (GRCh38)
Forensic tag(s)
-

MANE select

Transcript ID
NM_015689.5
Sequence length
3874.0 nt
GC content
0.5787

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1522.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1590.10 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1045.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((.((.((((((.((((((((....((((((((((((((..(.((((.((.(((((((((.(((..((((.((((..(((((.((((((..((((.((((.((.(......).))..)))).))))..(((((((..((((((((((((..((((.(((((.....(((((((..(((((.(((...((.((....)).))))).)))))..))))))).........))))))))).)))))).))))))..))))))).......)))))).).)))))))).).)))..))).)((((((...........))))))....(((((.((...)).)))))....)))))))).)).)))).)..((((((.........))).))).....((((((.....))))))(((((((((....(((((((((...((.(((...)))..))...))))))))))).)))))))(((.((......)))))(((.(((((((((((((.((.((((.....(((((((....((((.(((.(.((((...((((.((((((((...)))))))).))))...))))).))))).)).....((((((((((((.....((..(((((((.((((((...(((((.((((((((.....(((.......)))....((((...........)))).......))).)))))))))).(((..((((((....(((((((.....)))))))((..(((((.((((.......)))))))))..))..((.((((((((((....(((((.((((....))))..)))))...((((.............)))).....(((((.((...(((..(((((((.....((((((((.....(((....)))((((.(((...(((.(((.............)))....)))....))).))))..((((((((((.((((((........))))))..((((.((((((.......(((((((((((.((((...((((((......((((..((((.(((..((((.((((.(((.(((((((....)))))..)).((((........))))....((((((((((....))).)).))))).))).)))).))))..))))))).....))))..(((((........)))))(((((.....))))).))))))....(((..(((((....((((..(((...)))..))))...))))).)))..(((((.(((....))).)))))..((((((.....((((..(((((((((....................)))))))))......)))).....))))))...)).))))))).))))))........)))))).)))).))))))))))................))).)))))....)))))))..)))....))))))).))))))))))))))))))..))).))))))(((((((((((((..(((........))).)).(((((((.((......)).)).)))))........)))))))))))))))))).))....((((((.((((((((.((......(((((((((((((((((.((((((((((..((((.((((....)))).))))...))))...)))))).....(((.....(((.((.(((.(.....).))).))))))))......))))))).(((.(((((..((((((((....(((....((.(((.((.((((((....((((((((.(((..(((((.((((((((........((((.((((.....))))..((((((((......(((.(((((....(((.(((......)))...)))....)))))..)))........)))))))).)))).....((((((((..((((((....))).........)))..))))))))....(((((...((((((((.....))))))))....)).))).......)))))))).)))))...((((((.(((........))).)))..))).)))..))))))...))......)))))).)).))).))...))))))))))).))))).)))..(((((...)))))........))))))))))...))((((((((((((.(((...........)))...((((.((((((..((((((....))))))..)))))).))))((((((....)))))).......)))))))).)))).))))))))...))))))..((((((.(((((((.((((((.....)))))).)))).))).).))))).((.((.......))))....))))))))))))..((((((.(...).))))))...((((...))))(((.(((((...(((........)))....))))).)))...((.(((((....((((((....))))))..))))).)))))))))..))))..)).)))).)))))))))))))).))))).))).))))(((((((((.(((((..((((((...)))))).)))))...........))))))))))))))))).)))))).)).))((((((......))))))..........(((((((((.(((((........))))).))....((((.(((((((((((((((....((((....(((((((..(((((((((((..((((((.....((((((.(((((...............))))).))))))((((......).)))....(((((((.(....).)).))))).....(((((..((((((.......((((((((.....(((((((((.((((.(((((.......)))))...)))).))))))))).........(((((((.((..(((((((((((....)))))).(((((((((((............(((((..(((((.((((((.((((..((((.((((((((..((((...((((((.........)))))).....))))))))))))......((((((..........))))))(((..((((((..((((((....)))))).....))))))..)))......))))))))..)))))).))).))..)))))......(((.((.((........)))).))).(..((((((((((((((((.(...(..(.(((((......))))).)..)).))))))))))..))))))..).)))).)))))))(.(((((((.(...((...((((((....))))))..)).).))))))))((((.((((((........)))))))))).((((((.(((.((....)).)))))))))......))))).)).))))))))))))))).....)))))).)))))..))))))...))))....(((.....)))))))))).).))))))....))))...)))))))))((((((((((((..........((((((.....))))))..............((((...(((.......)))....)))).))))).......)))))))...(((((((...)))))))((.(((((((((.((((.(.(.(((...((((.((((..(((((...)))))..)).)).))))))))).).))).))))))))).)))))))).))))..(((((.....))).))((((((((..(((((((...))))))).....))))...)))).)))))))...(((((((((.(((.........))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,.,,((.((.((((((.((((((((..,{({{{{{||{((((({.(,((((.((.((((((((,.(((..((((.((((..(((((.((((((,,((((.((((.((.(......).))..)))).)))),.(((((((..((((((((((((..((((,(((((.....(((((((..(((((.(((...((,{{...,)).),))).)))))..))))))).......}})))}})))).))))))})}))))..)))))))......,)))))).).)))))))).)},))..))),,((((((...........)))))).,.,(((((.({...,}.))))),.}.)))))))).)).)))),}..((((((..,......||},|||......|||||.,,..||||,|{((((((((....(((((((((...({.(({...}))..))...))))))))))).)))))}||||.{{..,,..})}}}|||,{((((((((((((.((.((((.....(((((((....{{{,.(((.(.((((...((((.((((((({...}))))))).))))...))))},)))||{,,..,,.{(((((((((((.....((.,(((((((,{(((((...(((((.((((((((.....(((.......)))....((((...........)))).......))),,))))))))).,{{..((((((,...(((((((.....))))))).|,,(({((,({((,,.....}))})))))}}}}..((.((((((((((.((((.(.(((((,{{{..|{{.,{(|.{...{(((......,,..}..)))).,...|,|||.,,.,,(((..(((((((.....{(({((((.....(((,,,,}}}{(({,(((,.,(({{(((..,.,,...||{.,||,,..}|||...}}}.))))..((((((((((,((((({.{{{,...})))))..((({.((((((.......(((((((((((.(({(((((.{,((.,{...}},}}.)..))))|,{(((..,((({,,({(((((((..,,}}}}},.{{,(((({{{{{,,{{{{|.,{.((((((((((....))).)).))))),}|{,..((((((.,.....,.)))))).})))}}|||{...,,}}}.,|{.{{(((,,,..}}))))).))))}..}||{||{||||..,}||||..|{|,|.}}),,))))...)))}}.}}}..,,||)}))).}}}),|.,)))}.,((((((.....((((,{{{({((({{..,,,.....,,,,,,....})}))))))......)))).....))))))......))))))),,)))))........)))))).)))).))))))))}}................)))}})))),}}.)))))))..)))))))).).))))))))))))))}))}))))..))).)))))){(((((((((({{..(((........))).}}.(((((((.((......)).)).)))))........))))))))))))))))}}.}}.}}.((((((.((((((((.,,.,.,,.(((((((((({{(((((.(((((({(({,,((((.((((....)))).))))...)))},}.)))))),....,{(|,...(((.({.(((.(.....}.))).}))))|}}.,,|..}}))})).|{{.{((((..((((((({...,(((....((.(((.((.((((((....{,((((((.(((..(((((.((((((((,.......,|,{{(((({,...|,{{{.((((((((.....,(({.(((((....(((.((,......},)}..)))....)))))..}}),,......))))))))..))}.,...||||||||..,(((,(.{{{{||..,,..{{{,||..}},}},,..,,,{{{,..,.{|||||{{.....)}})))),,}}.)).))))).)}}.)))))))).))))),..({{(((.(((........))).)))..))).)))..))))))...))......)))))).)).))).))...))))))))))).))))}.}}||.(((((...)))))...,})),))))))))))..,}}((((((((((((.(((...........))).,,,(((.((((((..((((((....))))))..)))))).))))|{((((....))))}}...,,,.)))))))).)))).))))))))...))))))..((((({.(((((((.((((((.....)))))).)))).))).),))))).((.((.......))))..,,)))))))))))}..((((((.{...},))))))..,{{{{,,.})}}(((.(((((,{.(((........))).}}.))))).))}...((.(((((....((((((....))))))..))))).)))))))))..))))..)).))))}})))))))}}}}}}.,}))),)))})))){((((((((.(((((..((((((...)))))).)))))...........))))))))))))))))).)))))).)).)){({(((...,..))}))|.,{{{{...,((({{,{{{|||{{,..,,,,,,||,||..|....{({(.{{{{{((((((((((....{{(({,..(((((({..(((((((((((..((((((.{{,,((((((.(((((...............))))).)))))){{{,......},)))....(((((((.(....).)).))))).....(((((..((((((.......((((((((,....(((((((((.((((.(({((.......}}})),,.)))).))))))))).........{((((((.((..(((((({(((,....}}}}}),(((((((((((,,..,,.,,,..((((((,,({(,,({{({,((((...({({.|,}))}{({{(((((..(,((((({,...,,,|}}|||,,|,.||||,,{((((((.,.{{((((((,,.....,..)))))}|||..((((((,.((((((....)))))).....))))))..,,)))))}),,))))},}})))))},}}}},))))))}}}}}}.})))}))}}}}),}..}}).,)})))},..((((((((((((((((.{...{..(.(((((......))))).)..}).))))))))),},))))))..}.))))}}})))))|.{((((((.{...{{{,.((((((....))))))..,),},))))))),,{({{((((((........})))))}}}}..,||||}|{{.{{.,,.})}))))))),}}}}.}.))))).)).))))))))))))))).....)))))).)))))..))))))...))))....(((.....)))))))))).}.)))))),,,,}})}...))))))))){||||||{||{.......,|,.{(((({.....)))))}....,,,.}}}}..,((({....}}}}},,{{|.(({,|,...}}}.........)))))))},.(((((((...}))))))((.(((((((((.((((.(.{.(((...((((.((((..(((({...)))))..)).)).))))))))}.}.))).))))))))).)))))))).)))),|{((((,,,..})},||{{{.,,,,..(((((((...)))))))...,))))),}})))).)))))))}},{(((((((({,((........,},)))))))))}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
GCAGAUCGUCGCGGAGCCACGGCAGGAGGAGGCAGGGGCCGCGGGCGAG… 3772 nt 0.5793
GGCAUUUCCCUGCGGACUUCUGCUGUGCAGCCUGUGUUCCUUGACGGUG… 3679 nt 0.5401
GAGUUCCCGCCUGGUCCCGGGACUGUGCAGAGCGCGAUCCAGGCGUUCC… 3688 nt 0.5613
GCAGAUCGUCGCGGAGCCACGGCAGGAGGAGGCAGGGGCCGCGGGCGAG… 3874 nt 0.5787
Summary

Enables guanyl-nucleotide exchange factor activity. Involved in retrograde transport, endosome to Golgi. Located in actin cytoskeleton. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.