Basic Information

Symbol
DENND2D
RNA class
mRNA
Alias
DENN Domain Containing 2D RP5-1180E21.2 DENN Domain-Containing Protein 2D DENN/MADD Domain Containing 2D FLJ22457
Location (GRCh38)
1:111185969-111204535
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024901.5
Sequence length
3239.0 nt
GC content
0.4727

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1043.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1104.18 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 849.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001271833.2 NCBI
GCCCUCUUCCACCCCACGCUGCCCUGCCCAGGGCGAGGGCAGAGCGGGC… 3268 nt 0.4896
NM_024901.5 NCBI
ACAUCCUUCUUGCUCAACCACUGGGUGCACAGGAUGGAAACUUCUAUUC… 3239 nt 0.4727
Summary

Enables guanyl-nucleotide exchange factor activity. Located in cytosol and nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans identified the DENND2D as an important gene for age estimation, where it was among the top 10 genes in at least one of four lasso models from a previous RNA-Seq study and was selected as a candidate marker with decreasing expression associated with age in blood [Dørum et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102976]. In a subsequent targeted MPS assay for forensic age prediction, the DENND2D was incorporated into a panel of 441 age-associated mRNA markers, and the best-performing model using elastic net regression on dSVA-normalized data achieved a mean absolute error of 9.29 years [Hänggi et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103282].