Basic Information

Symbol
DENND4C
RNA class
mRNA
Alias
DENN Domain Containing 4C BA513M16.3 RAB10GEF C9orf55B C9orf55 DENN Domain-Containing Protein 4C DENN/MADD Domain Containing 4C FLJ20686 DENN/MADD Domain Containing 4A Pseudogene Chromosome 9 Open Reading Frame 55B Chromosome 9 Open Reading Frame 55
Location (GRCh38)
9:19230435-19374281
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001330640.2
Sequence length
8143.0 nt
GC content
0.3996

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2181.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2344.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2676.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((((.((((((..((((.((.((.((.........)))).))...)))).)).)))))))))))....(((((.((......)).)).))).(((((.(((((((((((((((((........((.....))........)))).))))))((((..((((......(((((((((.((((((....))))))((((.(((((.....))).)).)))).))))))).))((((((((((..(((..(((.((((((((((((((.....((((.........(((((((.(((.............((((......)))).((....))(((((((((.(...(((((..(((((.((.....((((....))))..))))))).(((((..((((......((((((((((........))))))))))..........)))).)))))......(((((............))))))))))...))))).)))))(((((((.(((.......))).)))))))))).))))))).....((((...))))((((...(((...........)))...))))))))..))))))).)))..((((.(((...((((......((((((((....((((.(((((((..(((((...)))))(((((((..((((((((((((......))))....))))))))))))))).......(((((..((((((....(((((........))))).))))))..))))).....)))))))))))...))))))))..(((((((((..(((.((.............)).)))...)).)))))))(((((((....((((...((((((..(((((((.((((..((....))...)))).......(((((((.....(((.(((.((((((...((((((((..(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))....((((((.(.((((((.........((....))...(((((.((((((......((((((.........))))))......)))))).....((((((.(((((((..((((.(.((((((((((((((((((((((((((....))))).((((......)))).....(..(((((((((((((((((((....(((((......))))).......((((...(((((.((....((((((....(((((..(.(((((((..(((((((((.....)))((((((((...(((..((((((((.............((((((((((((((((...((((((...))))))......)))(.(((((((...(((((.((....(((((((..........)))))))......)).)))))..))))))))((((((((((....)))))))))).(((((...))))).......)))))))).)))))(((.................))).........))))))))..))).)))))))).....(((((((...((((((((.((((((((.(.....((((((..((((...(((...(((((.....)))))....))).......((((((.......((....)).......))))))....(((((...))))).........((((.............))))....((((...(((.(((((((((((((((((((........))))...))))))..)))........(((.((((.((.((((.....(((.((......)).))).......)))).)).))))...)))(((((((....))).)))).(((((((..........((((((.....)))))).....(((((.....((((...........))))....(((((((.(((.....)))((....))............((((((((((.((((........((((.....((((((((..(((((.(..(((((((.((..(((((((((((((((((((.(((..(.....)..))).))))).)))))))))))))).)).)))))))..))))))...)))))))).....))))........))))))))))))))))))))).........))))).((((((((.....((((((.....(((.((.((((((..........((.(((..((..((.((((.(((((((...(((((((.(((...((((((((.......((((((((((((..(((((((((((((((......)).)))))))....((((((((((((((...(((....))).....((((.(((((((.....(((((((.(((((........(((((((.........(((.(((((((((((((.((......((((...(((((....)))))....))))........)).))))..))))))))))))(((((((.((((.((((..(((.((((((((.((......)).)))).)))).)))))))...(((((....)))))......)))).)))))))..((((((..(((((((((.(((.((((.....))))))))))))))...))..)))))).)))))))))))).))))))).))).)))).))))....))))))))))))))..(((((((((.....)))).)))))...))))))))))))))))))...(((.((.(((.(((((.(((.(.((((((((........)))))))).)..))))))))...))).)))))..(((((((....)))))))..))))))))...))).)))))))))).....................)))))))).))..))..)))))..)))))).))))).....))))))))))))))..)))))))....))))))..)))...)))).))))))))))......).))))))))...........))))))))..)))))))))).)))..))))))).).)))))..)).)))).....)).))))).))))..(((((.((((((((.....)))))).))...))))).........................))))))).))))).((((.(.......).))))................)))))))..)(((((((.((.(((..((........))..))).)).)))))))...........((((((((((((((..(((.(((...........))).).))))))))))))))))....(((.....)))....(((((((((...))))))))))))))).......)))))))))..)))..))).)))))....))))))).)))))).((((((((..((((((((((((((((((((((((..(((..(((((((((...((.((((..(((((..((...(((..((((........))))....)))...))..)))))))))))..)))))))))....))).....)))))..........(((((((.(((((((..(((((.(((..(((.(((((((......)))))))..))).......))).))))).(((((..(((((((((.......((((........))))))))).))))...)))))........(((((((((((.((.((((((((.....((((((...))))))........(((((..(((((.....))))).((((((..(((....(((((((....(((.(((....))))))................(((((((((((..(((...(((((((.(((((((.............(((.....)))....))))))).)))))))....)))((((((......)))))).....(((((((...))))))).((((((((.....)))).))))...............)))))))))))........(((.((..((.((((.(((........))).))))))..)).)))...((((...))))....(((.((((((.....(((((.((((((((((........)))..))))))).)))))(((((.....(((((...)))))...)))))...........))))))))))))))))...))).))))))((.((((........)))))).)))))...((.((((((((........)))))))).))....)))))))).)).)))))).)))))..)))))))))))))).........))))))))))))))..)))))...))))))))))))).)))))).)))))))....)))).))))((..((.((....)).))..)).(((((.((((((((((.((....))..))))))))))((((((((((((((...((((..((..(((((((((((((((((.....((((((......(((((.((.......)).))))).....((..(((.((((.((((......).))).)))).)))..)).....((((((.((((((..((....(((((((((((.....))))))).)))).....))..)))..))).))))))(.(((((((.(((..((.(((((....))))))).((((............))))((.......)).....((((.(((.((((((((.(.(((((((........(((((.(.((((((((((((....((((((((((((((......))))))((.(((((((((((.......(((....))).....)).))))))))).))....((((....)))).....(((((................)))))((((((((((((((.....(((..((((........))))..))).......(((((((...)))))))...............(((..(((....))).)))))))).)))))))))....(((((....(((((............)))))...))))).))))))))..)))))))))))).))))))....(((((((......((.(((((..(((((.((........))..)))))..))).)))).....)))))))........((((.(((((...))))).))))..))))))).))))))))).))).))))...........).)).))))))).).............))))))....))).)))..))))))))))).))..))))...........................(((((((((....((((........)))).(((((((.......)))))))((((((((((.((((((..(((((...............))))).))))....))..))))))))))..(((......)))..((((((.((..(((...((((.(((...))).))))....)))..)).))))))...........))).))))))))))))).))))))).(((((((.((((((.................)))))).))))))).......(((((((.(((.....((((...)))).....))).)))))))........((((....))))..)))))..))))))))).)))....))))))).)))))))))))))...)))).)))))))(((..(((.((((((((.(((.........(((((((..(((((.((((((((((...(((((((((((..(((((..........((((.....))))...(((((.((.(.(((((....))))).).)).))))).((((((((.(((.(((((((((((....((((.((((..((((((((..(((...)))..)))...)))))..))))))))(((.((((((....((((((((.(((((...............))))).))).........((.((((....)))).))))))).....)))))))))....((((((((((....((((..(((((((.............)))))))))))....))))..))))))..((((..((((((......((((...(((..((((((((.((......)).))))))))))).))))....))))))))))..........(((((....)))))..((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))).(((((((.(((((.((.........)).))))).)))))))))))))))))).((((((..(((((.(((((..((..((.......))..))..)))))))))).))))))..............(((......))).......(((((.(((((((((((..((((((((.(((((((.((((...(((((((..........)))))))...)))).))...)))))..)))))....))).))))))))....((((((((((((......................(((.((((((....((((((((((.(.((..(((((..(.((((.........)))).).))))))).).))))))))))(((((........))))).........)))))).)))(((((...(((((((((......................))))(((((((((((((.(((...(((((((..(((.(((((((((..........))))))))).))).....)))))))....)))..))))))...)))))))....))))))))))...))))))))))))...........(((((((((.((.......))..))))))))).....................((((((((((((((................(((((((.(((((.((((((.(((((((.((((((((((.......)))))))))).))))))).)))))).))))).))))))).......(((((.(((......))).)))))((((((((.(((((((((.................((((((.....((((......))))......))))))...((((.....))))..))))))))).))))))))....))))))(((((....))).))...))))))))))))))))..(((((((((((((((((..(((((.............)))))..))))))))).)))))))).((((.(((((.(((((((((((((((.((((...((((((......((((((((..((((((........))))))....)))))))).))))))...((((((.....(((((.(((((((.....)))).))).))))).....)))))))))).))))).))).))))))).))))).))))....))).)))))))))))))...))).)))))))))))))).......(((....)))(((((((((((((((......(((((((((((.....((((.((((((.(.((((((.(((...))).)))))).).)))))).((((..(((..((((....))))......((((((((((((.............((.....))(((((....))))).......))))))))))))))).)))).........)))).....)))).))))))).....)).))))))))))))).....))))...))))).(((((.....))))).((((.((..((((((........))))))..)).))))..(((((((.(((........)))..))).))))..((((...(((((((........((((.(((......))))))))))))))))))................))))))).......)))..))))))))...))).)))....))))....))).))))......)))).)))..)))..))))))))))......))))..))))((((((....))))))........))))))))))))............((((....)))).)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,(((((((.((((((,.((((.((.((.((.........)))).))...)))).}),))))))))))).|..{((((.((...,..}}.}).))).((((||((((((({((((({(((.,......{|.|||,))...,,..,||||.||||||((((.{((.((({{{((,(((((((.((((({....))))))((((.(((((.....))).)).)))).))))))).....,,.....,{{,,,,.|||.,,,.||,...((((......,.)))).,,.{,(,({(({((((,....((((..{{(((((,,,..,{{..,|||.{(({..,}}}}((({{{{{{{.,{{{{{{,||,|,|||{||}....}}),.,,,)))},}||||..,{({...,..((((((((((........))))))))))..........}}}}.,|}|,.,}}}|||{{,..,((({(((((((,..{(,{,.,,||(((((({({{{((((({{(({,..,,,,,,.))}||||({(,....(((((((,{(((....,,}.,.......||{,,,,{,,......{{(({(((,..,,}|.,|||}}.{((((......{{(((((....,{{,{{((({,((({{{.,,,)))}},(((((......)))))......,,{.((((((((((.(((((((......(((({,{{((((((((((((,..,{((((.(.{,{.{(((({.,,.(((.((((...((((....))))...)))).))).,,}))))),.))).})))}|{{{(((..{{{|||.......,,,,{{||,,||{{.},.,}})}.,}}}|,{({{{..,))))),.,{,...,}}})))))))))))........}}}))))).,..)))))))))))))}||}|,...||||||||..||||}},.(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..(((,,{{,...,,}.,,,)))}....((....))..})))),}})))))}(((.((((((((....{(((,.,,,....}}}}......(((((({....})))))).})))).))}.))){{((,,,,||||,...{((((....})}}}.{({,....||}.,,.,,,.|||.,|(({,..,,,,,,||,,.|||,|}},.|||||.|||},,}},,.||,....,,,..}}}|}}|||||,,.....((,{(((....))))))..(((({,,.....|{{({......,}}}}},}}}}|,,|}}||}}|}}.....{{{{...}|||{|(({...((((((...}))))}.|,,.,}}),,(((((((...(((((.((.,..(((((((.{,...,|..)))))))..,...)).)))))..)))))))}||||||,{||,,.,||||||||||.{((({{,,|}}|},|.....|||||,,|,|}}|}||||},,..........}||}||||.}}|.|}},|||||}}.((((...,,)))}.....,{,....,,((((((((({,.((((({{..,,{{{{{,||.,{|.....,,.,,,{{(({{,,{|{|||,.,.|({{{{{{,.||{{||..,},}.{{...,||...,,,,|}}}}|....(((((,,.}}}}}....,,{..((((.,,.......,,.)))),,,...,,..}|}|}||}..((((,((((,((((........)))).}})),)))},,}}|||||}..,}}}}|))))}},|{{,{,,,{{{.{{|,,...}},|||,|,,,,,}|||{|||||||...|||{{{{(({....}}}|||}}.})},,|||}},,|||,,(({(((,,,..}}}}}|{,{,,.,{{{,,,{.((((...........))))....|||{|||||{,,,|||}}}{(..,.}}|{{{{,.....|{{{{{((({{.((({...,....{{{|.,..,{|||{(((..{{({(.,..(((((((.,(,.(((((((((((((((((((.(((..(.....)..))).))))).)))))))))))))).,),))))))).,})))))...))))))))...,,}}}}....,...}}}|}}}}}}}}}}},,|}}}|||{{,||{{{{{|,{(({((({.,.,,((((((.....(((.((,({{(({.,.,....|||{||{(..{(,,(({,((((((,(((,..((((((((.(((...((((((((.......((((((((((((..(((((({((((((((......,}})))))))....((((((((((((((...(((....))).....((((.(((({((.....(((((((.(((({,......,(((((((.........{((,({(((((((((((,((,{,...,.{{,..{((((....))))}....,}}},||,...,}}.})}}..))))})})))),,||||||,|||{.|||..|{||.||||{{{{,(({,{{,,{{,||||,||||,|}}}}||.,.{{{{{,.|,|||}}..,}}|)}}}.}||}}}},,{{{{||,.|{{|||{{{,|({.{({{.....))))))}))))))).,,)),,)))))}.)))))))))))).})))))),}},.}))).))))....))))))))))))))..{{{{(((((.....))))},})))...))))))))))))))))))...{{{(((.(((.((({({(((.{.((((((((........)))))))).}..))))))))...))).))),)..(((((((....)))))))..))))))))...))).)))))))).,}),.})))))...........,,,,,)))}))..,}}.}))}),|}}}}}}.}||}}..,..)))))}}|||}}}}.,|}{|||,.{..,{|{{|||,,..,{|{{{{{{{{{{||{|..{{{.{(((,({((,...,,.....,}}}}.}}}.,.}}||||||.,,))))}}|||||.,{|||||{{(,,,,..}}}.,,{{{(({,.,((({,{{(((.((((((((.....)))))}.)).,.}}}}}.............,,,{{{{.....({.,((((,({{{{||||,||{{{,.,|||}}}......))))))}}).,)}..((((.(((((((.((.(((..((........))..))).)).)))))))..)))).||||((((((((((((((..{{(.(((...........))).).)})))))))))))))),{{(((,.(({.....,.,{{{{{{{||...))))))))),,,,}|((({.(((.....}}}.}))}}...}}}.,}}},,.,}}}....})))))|((((((((..{{({((((((((((((((((((((..{{({,(((((((((...{.,((({..(((((..((...(((..((((........))))..,.)))...))..)))))))))))..))))))))}....}})},,..)))))..........((((((,,(((((((..(((((.(((..(((.(((((({......}))))))..)))....,..))).))))).(((((..(((((((({......,(({{.,,,,.},))))))))}.}))}...))))).......{(((((((((((.((.((((((((.....{(((((...}|||||((.{......{{||||}||...|{,|}}},...,,.,|||,|{.,,|)))}},,...{,|,||{....|,}|||,.{,...,{{{{(((.(((((((((((.,{{({,.{((((((,(((((((.,,{{{,,,,,,,{{{,.,,||}}|||,|}}}}}|.}}}}})),,,,,,.((((((......)))))),,,}.{{{{{{|...})))))).|{||{{{{.....}},,.})))}}},.....}}}...))))))))))},,......{((.(({|(,,(,,,.,||}}}},...))).}},}...{||{||....{{{,.{{{|,,....))}),|||,......,((((.((((((((((........)))..))))))).))))}{{{{{.....(((((...)))))...||||,....,,,,,,,||}|||((((((..............))))))|||,,..,,}}......,)))))){{{({,,,,,,||,.}}}}.}))))))),),}}..,.)))))))).,)})))))).))))),.)))))))))))))).........))))))))))))))}.}}}}}...)))))))|{{.,..,,{{{{{|||,,|,.}}}}|||||,......,},|{{{{{|||,|{{,,...,,.|||{|{|||||,||.,,,)),,||||||}||||{||..{|.((({{,..{{..,.{,{||||{,{||,},,}|||||||,|{({{{{,,,...{((((.((.......)).))))}.....((..(((.((((.((({......).})).)))).)))..))..,,||||||}|}}|.}|}}|.}},}(((((((((((.....))))))}.))),,|,||||{||||,{||||||,...{||,||,,{{|{|,|||,|{(((....})))},,,||||||}}}|{{{{{{.||||{{|||||.}},,,..,.})),.})))),,))),,)}}}})}.||}||.{{(((((.(.((((((((((((....(((((((({(((((...,...{{{{{((.(((((((((((.,.{,..(({....))).,.}.))}})))))))).))....((({....})))...,{(({,,...,,,.......,,,|}}}}((((((((((((({.....(((..((((.,......))))..))).......{(((((,...|)))))},,.....,...,,.{(((.,({,....))).)))))))).)))))))))....,||||....,{,(({.....}}}...)))))....)))))))))))))..)))))))))))).)))))},)).)},,.,......}}},)))}|}}||||||,,,,..,.,{|,..,,})))}}}}|{,,..,,,||||....,,}}{{{{((,({(,(((....||||{||,,|{|||||||,,},,,}})}},,}.,))))})}...))).))))))})).,))),})}}....}},,|||||||,{|,.|||||{||..}}))))))))},))),}}}...}))),}.,,}}},,.,}}}}}})}))))},|,{||{{|||,|},,},,,|,.(((((((.......))))))){(((((((((.(((({|.,(((((........,,.....))))).,}}}.,.,)}..))))))))))}.{((.,,,,.}}}..{(((((.((..(((...((((.(({...})).))))....)))..)).)))))}....,,|||||||||||||,|,{{{{{{{(,({....(((((((.((((((.................)))))).))))))).......(((((((.(((.....((((...)))).....))).)))))))........{(((....)))}........,..}}.}))))))}......,{{{{|,||||,,.,||,{{,,{{{,.,||{{{{{,.,,.,({(.,....|||{{{{{,.....,,..,{{..{{{{{..,....}}}}},,||{{{{|{|{{|,{{{{{,.|,.,..,.{(((.....))}},..(((((.((.{.(((((....))))).}.)).))))).{||||{|{,{{{,{{|||{{{{({,,..{{{|.||||,,{(((({{(|{{||,.,}}}},}}),.,))}})..})))}})){{{.{{{{((,...{({{{{|{,||||{,,|||,,,,})),,,))))),})).......,,||,||{|....}}}),)))))))....,)))}})))),|||{||,|}))))}},.,.,||}|}|||}}|||,||{..{|..,,)),,)}}|}|},,,||}.,}},{((((,((({{((((((...,..((((...{{{..((((((({.((......)).})))))))})}.))))..,.)))))))))).))}}}....{((((....})))}.,(({(({.{(.((((((((....)))))))).}}.)))))).{((((((.{((((.((.........)).))))}.))))))})),}})))))).|,((({,{(((((((.((({.({{.,,..{((({.((...(((((({...)))))))....}).}}}},}...,},,.,...)))).)))),..}},|||,{|||({{{.,||||((((,{{(({,,..(((({,,...|||}}}}}}}}}}),||||||,||}}}|}},},}||||{{{,|||...,})..|)))))))....((((((((((({|{|{,,.,,.............||{,{{||||.,.,((((((((((.(.((..(((((..{.((((.,.....,,)))).}.))))))).).)))))))))){|||(.{.,,,|.|}}}}|,.....,.))}))),))}{{(({.,{(((((((((......................)))}(((((((((((({,{{({,.{((((((,.(((.(((((((((..........))))))))).})}.,...))))))),.,})},,.)))}})...}))))))...,))))))))))...})))))))))))...........(((((((((.((.......))..)))))))))..,.,,,......,,,|,,..{{{|||{{{{{{|{..,.............(((((((.(((((.((((((.(((((((.((((((((((.......)))))))))).))))))).)))))).))))).))))))).....,,(({((.(((......))).})}}}{(((((((.(((((((((..,........,,....((((((.,.,,((,,......,)),,,,,..))))))...||||.....,,,}..))))))))).))))))))....)))))},{|||....,}}|)),,.}}}}}}}}|,|}}}}},.(((((((((((((((((,.(((((...{,......,.))))),.))))))))).)))))))).{{{{.{{{{{.{{{(((({(({({{,.,(((({.((((((......((((((((..((((((........))))))....)))))))).))))))..}}}}|,{,{||.{{{{,,((((({{....,||||{|}},}}})),....,}},}}},})})})}},))),))))))),})}}}.}}||,,,.,}}.}})})}},}}}}).},)}},)))))}}},,,.,.......,|||..})))}|||{{{{,{{|||.{,||..||||||((((({,...|||||,|{||||}|,|||{||,|},...,}},}}))))}).}}}},,.,|||||||,,,{|||...,))))......((((((((((((.............{(.....)}(((({....})))).......)))))))))))),,...}}},}.,,|||||||||.}.}))))),}})))),..,,||,|||}|}}|||}}|||,.,}|,,.{{{{{{,..,,{{{{{{.......)),))}}}})))))),,,}})},.,))))},}}})))},.(((((((.(((........)))..))),})))..{|||.,{{{|||||.,.,,,,.||||,{{{..,.,,|}}}}))}})),,,,,}}||}},.......,,,||||||}||,..||||||{,||}}}}}))))}}}}},.,}}.})))}),})},.}}))),,,...}}}},,..,}},.,}))))}}}})},,,,,}}},,,}}},{(((((....))))))........)))))))))))),,..........((((....)))).}},..........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_017925.7 NCBI
AGACCGGACUGAGGCGGCGGCGGCCGCUGGAGCUAGUCCCCCGCCCUGC… 7996 nt 0.3984
Showing 21 to 21 of 21 entries
Summary

Enables guanyl-nucleotide exchange factor activity. Predicted to be involved in cellular response to insulin stimulus; protein localization to plasma membrane; and regulation of Rab protein signal transduction. Located in Golgi apparatus and cytosol. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.