Basic Information

Symbol
DERL2
RNA class
mRNA
Alias
Derlin 2 Derlin-2 F-LAN-1 F-LANa CGI-101 FLANa Degradation In Endoplasmic Reticulum Protein 2 Der1-Like Domain Family, Member 2 DERtrin-2 Der1-Like Protein 2 Carcinoma Related FLANA DER2
Location (GRCh38)
17:5471254-5486811
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016041.5
Sequence length
4167.0 nt
GC content
0.3912

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1098.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1180.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 939.99
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((((((....(((((.....((..((((((((....(((.............))))))))))).)).....)).)))....))))))))..))))(((((((((((((((..(......)..)))))))))))).(((....)))(((((((((((..............)))))))))))..((((((.((((.....))))..))))))................((((((((((((((((((((.......)).))).)))))))).........(((((((........)))))))...)))))))......((((((((.(.....((((......)))).((((.((((.((((.......((((((((((((.......((((........))))((((((((((((.....((((....))))...)))))))).))))..((((((((((((..((....(((((((((.(((((((((...)))).(((((((((((..(((((...(((((((((...)))).))))))))))....(((((((((((...)))))))))))))))))).))))((((((...(((((((.((.....................))..)))))))...))))))))))).))))..............(((((.(((...((((....))))...))).)))))))))).)).))))))))))))(((((((..((((..((((((((.....(((((((((...(((((.((((.((((((((.(((.((((((..((((((((((((....)))))))).))))(((((....((((.....(((((((((((..((((((.....(((.......)))....))))))...((((..(((((((...........))))))))))))))))))...)))))))))))))((((.((((((((((((.(((((((((.......(((((((....))))))).......)))...(((((...))))).....((((.(((....))).))))((((.......)))).......(((((((((((((...((((((((((..........((((((...((((((...(((((.((.((((((.......((((((((...((((.....))))..(((((((((((((((((((((.....)))))))))...((((....))))........(((((......)))))....(((((...(((((((.((((..((((((((((.(((((((..((((((((.(((((((..((((....(((((((........)))))))......)))))))))))))))))))..((...(((((((((.......)))......(((.((((((((..((((((((((.(........).))))))))))....((((...))))((((((((.(((((((..(((..(((..((((((......))))))....)))..)))...)))))))))))))))((((((.....(((((((((((.(((((((((((((..............))))))).))))))..))))))))))).....))))))..((((..((...))..))))..((((((((.(.....).)))))..))).)))))))).)))........)))))))))))))))....)))).))))))))))..)))))))...)))))..................((((((..(((((.((((((.....)))))).)))))..))))))))).))))))))).((((.(((((((...)))))))..))))..(((((.(((...(((((((((.((.((((....)).)).)).))))).((((((..(((((((((((....))))))))...((((..((((((..........)))))))))).)))..)))))).(((((........)))))..........((((.((((((((((....))))....))))))...............)))).........)))))))..)))))..(((((((........)).))))).......(((((((...)))))))..((...(((((((((((.((((((.(((....((..((((((.........))).))).)).....))).))))))....(((((((((.......)))))))))............)))))).)))))...)).....))))))))....)))))))).)))))(((((((((.....((((((...(((((.....(((((((.....))))))).......)))))..))))))....(((((((((((..((.(((.(((((((((....(((........)))....))))))))).))))))))))))))))(((((((.........(((((((((...))))))))).....)))))))....)))))..))))..((((((((...((((.....(((((((...........))))))).))))...)))).))))..)))))).)))))).........))))))))))))))))))))))).......(((((((((((((.((((((.(((((.((.((((((((((.((((((((..(((((.....(((.(((.(((((..(((..((............))..)))..)))))..))).)))...))))).))))))..................)).))))))))))))))))).))))))........))))))))))))).......)))))).)))).)))))))).))))..)))))).))).))))))))(((((....))))).)))).)))))...(((((((..((((((((.((.(((((((((((..(((((((((((((....((..........((((((..((((((((........)))))........))).))))))...((((((....)))))).............................(((((...)))))..................))...))))))))...)))))..))))...)))))))..(((((..............((((((.....((((((((....((((......((((((((.((((((((.....((...(((((.((((......((((((..((((((....((((..(((((((((....)))))))))(((.(((.((.((((((...)))))).)).))).)))........)))).....))))))..))))))...)))))))))...)).......))))))))..)))))))).......))))....)))))))).......))))))))))).....(((((((((..(((.....(((..((((.((((...((((((...))))))........(((((.(.(((..(((((((...(((.(((((((.(((((((..(.((((((.((((.((.......)).)))))))))).)..))..))))).)))...))))))).)))))))))).).)))))..)))).)))).))).....)))..))))))))).(((....))).((((..(((.(((...((((..(((((......)))))..))))...))).)))...))))...)).)))))))).....))))))).)))))))))......)).))))))..))))..)))))))..............((((..............))))....((((.(((...))).))))....)))))))))))).....))))...))))..))))...(((..((((......))))..))).(((((((...((((....(((((((((.(((...((((......................)))).((((((((.((.....)).))).))))).))).))))((((......))))....))))).....)))))))))))...............).))))))))(((((((.((((...)))).))))).)))))((((((((((((....)))))))...)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((..((((((((....((((,....,,(,.,(((((((,...{((.{...........))))))))))),}}.....,,,)))....))))))))..)))){((((((((((((((..{......,..)))))))))))).,,,....|||{((((((((((..............))))))))))),,((((((.(({{.....))))..))))))................,{{{{{{{{(((((({{(((.......))}})).))))))||{{{,{..,,(({{{{|,,,.,,..)})))}}...,,,,}},,,,...{(((((((.,..,,.((((......)))).,{{{.((((.((((.......((((((((((((.......,,{{........|||,((((((((((((.....((((....))))...))))))))).,,,..((((((((((((......,,(((((((((.(((((((({...)))}.(((((((((((,..,,...{{(((({((((...)))).}))))))}}}....{((((((((({...}))))))))))))))))).))))((((((...(((((((.((..,,...........,,,...}}..)))))))...))))))))))).))))..............(((((.(((...((((....))))...))).)))))))))).)).))))))))))))(((((((..((((..((((((((..,..(((((((((...(((((.((((.((((((((.(((.((((((..((((((((((((....)))))))).))))(((((....,{{,..,,.{({{(((((((..((((((.....(((.......)))....))))))...((((..(((((((...........))))))))))))))))))...)))),,}}))))){(((.((((((((((((.(((((({(({,...,,(((((((....))))))).......,))}..(((((...))))).....((((.(((....))).))))((((.......)))).......{(((((((((({,.,(((((((((((..........((((((...((((((...{((((.{{(((((((,,,,{.{((((((((..,((((.....|||||.{((((((((((((((((((((.....)))))))))...((((....))))........(((((......))))),...{((({...(((((((.((((..((((((((((.((((({,..((((((({,(((((((..((((....(((((((........)))))))......)))))))))))))))))))..,.....,,{{|{{{.......}},......(((.((((((((.,((((((((((.{........}.)))))))))}....{(((...|}}}((((((((.{{{{{{,.||{{,.{{|,.((((((......)))))).,,,|||..|||,|,|||}}||||}}}}}}{{{{{{.....(((((((((((.(((((((((((((..............))))))))))}))}..)))))))))))...,,|||||,,{({,,..||,,})),,))))..||||||||,.....})})))}...,)).)))))))).))).{{{{{.....)),))))))))),,,,}}}|,,}))))))))..)))))))...}}}},.......,......,...((((((,{(((((.((((({.....)))))}}))))),,))))))))).))))))))}.{{{{.|{(((((...))}||||,,}},}.,||||||{({,||{{{{(((((.{{.(({(....}}.)).},.))))).{(((((..({{{(((((({....})))))))...(({{{.((((({..........}))))))))).)))..)))))},(((((........))))),.....,,.,{(((.((((((,{{({,..,}}),...))))))...............}}}}.........}}}},}}||}}}}}..,|||||,.,||,,,{,,,|||},..,},..(((((((...)))))))..,,...{((((((((((,({((((.(((,...,{..(({(((.......,.))).))}.}),....))}.}}})))..,,|(({(({{{|,....,))))))))),,.,,}}},,,.)))))).)))))...)},}}}}))}))))}.,,,)}))))}},))}}}{({{{((((,...,(((,{((((....}))}..,{{{({{.,,,,}}}}}},|||||,.,,}}},.,}}}}},,..(((((((((((..((.(((.((((((((((,,{,..,....,}..)),.})))))))))).)))))))))))))))),{|{{||,,.,,,,..{((((((((...))))))))).....}))))})}}.,)))))})))}}.,||{,{|||,..,,{{.....{{(((((...........))))))},|||}...,}}},))))..)))))).)))))).,.......))))))))))))))))))))))).......,((((((((((((.((((((.(((((.((.((((((((((.({((((({,.(((((.....(((.(((.(((((..(((..((............))..)))..)))))..))).)))...))))).))))))..................)).))))))))))))))))).))))))........))))))))))))),......)))))).)))).)))))))).)))}..)))))).))).))))))))(((((....))))).)))).)))))...(((((((..((((((((.((.,{(((((((((..(((((((((((((,...((..........((((((..((((((((........)))))........))).))))))...{(((((....}))))).,,,.,,......................(((((...)))))..................}}...})))))))..,)))))..))))...))))))}..(((((.............,((((((.....((((((((....((((......((((((((.((((((((,,,..({,..{{{{{.||||},,,..|||{{{..((((((.{{,((({..(((((((((....)))))))))|||,{((.((.((((((...)))))).)).))}..,,.,......||||},...}}}}}},.))|)),....,..,,,,,............})))))))).)))))))).......))))....)))))))).......)))))))},}|,||,.(((((((((..{{{|..||({|,.((({.{(((..,(({(((...))))))..,,,...,,,,{||,(((..{((((((,,{(((.{{{{|{|,||},||||.|,((((((.((((.((.......)).)))))))))}.}..},})))|,,.,.}},}))}))))}))}}}))}}},},}}},},,)))}.}))).|)),..,,}}...))))))))).|||,,,,))|{||||.,.,,{{{|.{,||||{|||,||,{{{{|..,,))))},..||||,..,,.}}))},...)).)))))))).....))))))).)))))))))..,...)).))))))..))))..)))))))..............||||,,...........||||||...,,,,.|||,,,)),.,}},....)))))))))))).,...))))...))))..}},,...(((..{{({|.....}}}}..))).(((((((...((((.,,,((((({{.{,(,....|||{....,,.........,,.,,,,,|.,.((((((((.{{.....)),))).))))).,}},.,}}{{{{.....,)))).}}.)))))..,},)))))))))))...............}.)))))))}{{(((((.((({...}))).))))).})))}((((((((((((....)))))))...)))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001304777.2 NCBI
AGGCGACGGUGGGGAAGAUGGCGUACCAGAGCUUGCGGCUGGAGUACCU… 4164 nt 0.3910
NM_001304779.2 NCBI
AGGCGACGGUGGGGAAGAUGGCGUACCAGAGCUUGCGGCUGGAGUACCU… 3803 nt 0.3876
NM_016041.5 NCBI
AGGCGACGGUGGGGAAGAUGGCGUACCAGAGCUUGCGGCUGGAGUACCU… 4167 nt 0.3912
Summary

Proteins that are unfolded or misfolded in the endoplasmic reticulum (ER) must be refolded or degraded to maintain the homeostasis of the ER. DERL2 is involved in the degradation of misfolded glycoproteins in the ER (Oda et al., 2006 [PubMed 16449189]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulated the DERL2 in microglia, where it was identified as part of the protein processing of endoplasmic reticulum pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].