Basic Information

Symbol
DFFA
RNA class
mRNA
Alias
DNA Fragmentation Factor Subunit Alpha DFF-45 DFF45 ICAD DFF1 DNA Fragmentation Factor, 45kDa, Alpha Polypeptide DNA Fragmentation Factor 45 KDa Subunit Inhibitor Of CAD DNA Fragmentation Factor, 45 KD, Alpha Polypeptide DNA Fragmentation Factor, 45 KD, Alpha Subunit
Location (GRCh38)
1:10456522-10472549
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004401.3
Sequence length
6035.0 nt
GC content
0.4810

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2487.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2585.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1351.59
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((.(((((((((((((.....(((((..((((((((.....))))))))..)))))..)))))...)))))).)).)))......(((.(((((......))))).)))...((((((((((((((((.((.......)).)))..))))).)))))))).((((....(((((......)))))....))))((.(((((((((.((((........((((((..(((((.....))))).....))).)))))))((((((((((.((((((((((.....((((((.((((.(((...(((...(((((.(((((((.....))))).(((.((.........)).))).((((((((.((..(((((.....))))).((((((((.(((.......)))..))).))))).((((((((((((((.....((((((((.(((...((.((((((((...((.....(((((((.....))))))).)).))))).))).))...))).))))...(((((((((((.(((.....((..(((((((((((((((...)))).))..))))).))))..))((((((((.(((((((..((((..(((..........)))..))))((((((..((((((..(((((((...((((((....)))))).))))))).)).)).))....)))))))))))))(((((((.((.((.((((((((.((((((((((((.(((.....)))(((.((.(.(((....)))))).)))...)))).(((((((.......(((((((((.((((.((.....))))))..)))))))))((((((((.((.....((((...((..(((....))).))...))))..........(((((...)))))...(((((((((((((....)))))).(((((.(((...))).))))).((((((((.(((....))).))....)))))).)))))))....))))))))))(((..........))).((((((((.(((.(((((.(((..(...((........))...)..))).))))).))).))))..)))).....)))))))..........))).))))).))).))))).)).))))).)))).))))))))))).)))........))))))))........))))))))))..........))))))))..(((((.......((((((((..........(((((.(.((...)).).)))))..((((((((((((((((........((.((((.(((......))))))).))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((.((((((((...(((((((..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.(...(((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((..(((.(((((((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((...))))).(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((.(((..((.(((...)))))..))))))))).)..)).))))))...............(((((.(.(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.((((((((((((((((((((((...(((((((.(((((((((....((((..(.(((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((.(.((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((..(..(((((((((((((((((...((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((.........(((((..((.(((....))).))....)))))...(((((....(((((((((..(((((((((.(((((((.(((((((.(((...)))...)))))))..))).))))....))))))(((((..............((((((((..((..(((....)))..))..))))))))...))))))))..)))(((((((.((.......))..))))))))))))).))))).((((((((.(((((......................))))).))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))...)))))))))))))))))..)..)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).).)))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))).)......)))).))))))))).)))))))...)))))))))))..))))))))))).)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).))).).)))))..........(((((.....)))))....(((.(((..(....)..)))..))).((..((((.................((((.(((((((((((((((.(((.(......(((((((.(.((((..(((.(((.((.....)).))).))))))))))))..)))..).))))))))))))......)))))).))))))))..))....))))))))))))))))))))).....((...))...(((((.((((((..((((((....))))))...)))))).)))))...(((((((...((((((..........)).......(((((((.((((((.(((.(((.(((((..(((((((((.((((.((((.(((..........)))......(((((((((......))))))))).)))).)))).).))))))((((.........))))..........)).))))).))).))).)....))))))))))))))))....))))))).........((((((((...((((((.(......((((((...((((.........))))))))))...).))))))...))))))))...((((((.((((((((.((((((((..(((((((((((.((....))..)))))(((........)))..(((((((((.((((((((((((((((......))))))).....)))))))).).).)))...))))).(((((....))))).(((......)))(((.(((.(((((((.((((...........(((.(((.(..((((((((..(((((((((((((.((((((((((((....(((((.((((..(.(((((((.((((((.(((((((((((.(..((((((((((..(((((((((((.((...........((((((((((((((((.(((....))).....((((((....))))))(((((((((((.(((((.(((..((...((((((((..((.((..(.(((((((......((((((((.(.((.(((((..(((..((((....((.((..........)).)).....))))....))).....))))).))).))))))))((((.(((((..((((((....))))))(((((.(((...(((.(((((((....))))....)))..)))))))))))...(((((........))).)).................).)))).))))(((.(((((...((((............((((.((((((......(((((((....(((((((((((((.((((.((......)).))))))))).((((((....))))))..((((((.......))))))..................................)))).))))...((.(((((.((((..........................)))).))))).))..))))))).((((((.......)))))).)))))).)))).))))...))))).)))))))))).).))))..))))))))...))..)))..)))))...)))))))....((((.....))))...))))...(((....)))...)))))))).....(((((((........((((((((.....))).....)))))....(((((....))))).(((......)))))))))).(((((.(((((..((................))...))))).))))).))))))))....))))))).)))))).......((((..((...))..).)))..((((((........((((((((.((....(((......(((((.........))))).....)))....)).)))))))))))))).........))))))))))..).))))))))))).)))))).))))))).)..)))).)))))....)))))))))))).)))))))))))))..))))))))..).))).)))((((........)))).......((((..((((((((..........)))))))).)))).....)))).)))))))))).)))(((((.((........)).))))).....(((.....)))))))))..)))))).))))))))))))))))((.(((((......))))).))((((((.(((((..((((.((..((((((((((..((....))..)))))))))))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).))))))))))).)))..))))))))))))).)).)))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))...).)))).)))))))))).)))))))))))))).))))))))))))))))))))))))..)))))))...)))))))).)))..)))))).))).))))))))))))..)))))))))).))))))).)))))))))..)))))))))........(((((((((..(((.......((..(((((............)))))..))((((....))))................)))..)).))))))).....))))))..))))......))))))...))))))))..((((((..(((((((((.(((.((((......)))).))).)((((....))))....))))))))....)))))).(((((((((................(((.((((..(((((.(((....((((((..((.......))..))))))(((........))).....(((((.....)))))))).)))))..))))..))))))))))))))))).))))))))))..(((((....)))))..)))))))..)))..))).)))).))))))...))))))..))))))))).................((((((.(((.....(((.......)))....)))))))))....((.((((....)))).))(((((.(((((.....))))).))))))))))........))))))))).)).(((((((((((.((((((.......))))))))....((((((((((((((((..((((((.(((((((((....)))..))))))))))))..)))))..(((..(((((.(...................)))))).)))......))))...)))))))((((((........))))))................(((((.(((((............)))))...))))).....(((((((.......)))))))..............)))))))))....))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{{{{{{.(((,(,((((({(({((((((,....(((({..((((((((.....))))))))..)))))..))))),..|||||}.||{|||{.,.,,,{,.|||||,,...})))),.}}}...((((((,(((.(,(((.((.......)).)))..)))))))))))))).||||.||}|||||}.....,,|||{,..}}}|({.(((((((((.((((,,.....{{(((((.{(((((.....)))))..,},)}}.})))))).,...{((((.(({{((((((.....((((((.((((.(((.,.{{(.,{(((,((((.,.,((({{{,,.,{(((,.(((,..............,,(((((((((((((.(({(({.,,,.)})))){{(((((({{.{{{..{{(..{{(,((({{({({{{,,{{{{{{(.{{,(((..{((,.((((..(({...})).,,))))....(((((((.....))))))),}}}}}.}},)}|,}|||},|,}}}})))}.,..}||,.||},,..}}}}||}}||(((({(({,{{||.,,))||{||..||||,.,|||...,.(((.,,,.))),..|.}|||,.}|||..}}},,...|||{.}}))||||||}}||||||,.(((((((...((((((....)))))).))))))).|||,|.|},,..||}|||||}}||{{((({(({((.,{.{(((((((.((((((({(({(.(((.....}}}(((.({,{,{{{...,}))}}}.)))...}}}}.(((((((,,.,{{.(((({{{{{,{|{,|||.....}}}}||,,|||}}}||,(((((((,,((.....((((...((..(((....))).))...))))..........(((((...))))),..(((((((((((((....)))))).(((((.(((...))).))))).((((((({.(((....))).))....)))))).))))))).,..)))))))))),||.|,,,,}}..}},.((((((((.(((.(((((.(((..(...((.,....,.))...}..))).))))).))).)))}..)))).,...)))))))..,,......))).))))).))).)))))))))).))),)),,}),)))})))}}.|||..,|}.,,)))}})))),......})}}},}},),,,})}}},,,}}}}}}},,},,)))},||||{{{((((({{{{{{{{,{(({((.{.{{...,,.,.}}}}}..,,,,,,,,...,,{,...,||}}},,.|,}})))}....}}))))))).,...(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((.((((((((.,.(((((((..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.{...(((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((..(((.(((((((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.....((((((((,((((,,(((({,{{{{{{.,,(((((((.(,...,,.|)))))))...(((((((((((((((...{(((.|{.,.{((((((((((((({{,,.(((((.(.(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.((((((((((((((((((((((.,.(((((((.(((((((((....{((({{(.(((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((.(.((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((..{..(((((((((((((((((.,.((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((,.......(((((..((.(((....))).))....)))))...{{((({.{{{((,,,((({{,{,((((((.(((((((.(((((((.(((...)))...)))))))..))),})))....)))))),,,,...............((((((((.,{,..(((....)))..,..,)))))))).}}))),,,))}})))||{{|{{.((((.{{{.{|{.,,,))).)))))))}||||.,(({((({.,,,||,.,}..},,.............}}))),})))),))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))))))))))))).,.)))))))))))))))))..}..)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).).)))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))).},}}},.}},,.))))))))).))))))).,.)))))))))))..))))))))))).)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).))).).)))))..........(((((.....)))))..{{(((.,,...}))},...||,.{{{{...)))}||,................((({.(((((((((((((((.(((.{......(((((((.{,(({{.{{({.{{{.{{.....}).}||,|||}}}}}}))),,)))..}.))))))))))))......)))))).})))|{((({......)))))).}))))))))))))))}....}}..))))...)))){{{{{{..((((((....))))))...||||||,.,,,.{(((((..(......)..)))))}...{((({{{(((.(((((.{..,((((((((((....}))))).})))}.))))).)))))))}}.......,,,})},,.....(((((((((......))))))))){{|{(((({,({.((.{||((((..,,,((({{,,,...{{,....,.,{{{.|,{|,.,||||.,,,,|.,.{{(|.,|,}}||.{{|||,,}}},,,,,..,(((({{,..},||||||}|......|||{{|,,.||{|,,,,,.,,,)))))))))},|.|.}}})))}}})))))))}|..((((((.((((((({,((((((({..((((((,,(((,,,,,{{||{{|}}}|{{{.....,..}}}..{{|||||||,|(((((((((((((((......))))))).....)))))))).,{|.|||,..}||},.,((((,,,,}}}}}.{((......}}}(((.{{{.{{{{{{{.((({,{{,,......(((.(((.(..((((((((..(((((((((((((.((((((((((((....(((((.((((..(.(((((((.((((((.(((((((((((.(..((((((((((..(((((((((((.((...........(((((((((((((((({(((....{{{,....((((({....})))))|||,(((((((.{((({.(((.,({...((((((((..((.((.,(.(((((((......((((((((.(,((.(((((..,,,..((({,,,..,,||.},,......,,..|,.,,,|},,..,,)}),....))))).))).))))))))((((.(((((..((((({....})))))((((,,(((...(((.(((((((....))))....)))..)))))))))))...(((((........))).)).................),}))).))))(((.(((((.{{(((.,{{{{..{{{{{((({.(((((({{,.{{(..((({{,{,{((((({.(((((.((((.({....,,,}.})))))))).||||}.})})))}}|}}},,|||{.,}}..}))))))}}.................,....,,......,}}))).))}),..|.}}|||,}||||....,,........{{{,,.......,)))})}}}}}},.}}},,,,,.{((((({{{,{{,,.,})}.}},))).,))),)),,...))))).)))))))))),).))))..))))))))...))..)))..}))))...)))))))....,,{{.....}}}},,.|||,...|||....,))}},}))))))).....(((((((..,,,,..(((((,{({....,,}.,,..)))))....(((({....}))))..,....,.,)}}))))))).(((((.(((((..({.....,....|.....)),},))))).))))).))))))))..,,,,))))).))))))..,{,..(({,..,,...|,.,|,,||{,((((((.,....,,(({{{{||,|{...,{{{..|,,.{{{({.........}))))...,.)))..},}}.)))))))))))))}.........))))))))))..).))))))))))).)))))).))))))).)..)))).)))))....)))))))))))).)))))))))))))..))))))))..).))).))){(((........))))|......{({(..((((((({..{.....,})))))))).)))),.,}})))),)})))})))),}))(((((.{(........)).))))).....{{{...,}))}))))))..}))))).)))))))))))))))){{.{{{{{,,,,,.))}}),)).,|||}.}}}))))}},|)))))))))){{,,{...,..,,,,..,.}}},.)))),.)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).))))))))))).)))..))))))))))))).)).)))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))...,.))))))})))))))),}))))))))))))).))))))))))))))))))))))))..))))))).,.)))))))).)))..)))))).))).)))))))))))),.,))))))))).))))))),}))))))))..))))))))).....,,,||.||,,,|..,{{.,,,..,|..,||((({...{{{{...{((((((({.((((....)))).................((((((((((((((.(((((....((((.{....,.)))).....)))))....((((((((((((,..,..}}})},||||.,,...}}}}))))))))))))))))))}),...,(((((.......((((((...)))))).........))))){((.{(((,.(((((.(((.,..((((((..,{.......,},.)))))){{{.,.....,))}.....|{(({|...}})))}))).)))))..))))..))}})))))))))))),,,}}|||,.....||||{....))))).,},,}}||}}}},.,)}}.)))).))))))...)))))}.}))))))))}...{{{{.,,.,.{{{{((((({{(((.....(((.......}}}....))))))))}....((.((((....)))).)){((((.(((((.....))))).)))))))))),},,}...))))))))).}}.(((((((((((.((((((.......))))))))....{{{{(({{{{{(((((..((((((.(((((((((....)))..))))))))))))..)))))..(((..(((((.{...................}))))).)))....,,||||...}}}}))}||||||.,,,...{||||.{{{..{{{{,.....,.(((((.(((((............)))))...))))).....}}}}|,,}}}.}}})}..,||{{,,.....,}},,)))))))))....}))}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004401.3 NCBI
GUCGAGUAGAAGGACCGCCGCUCCGGCCUCCCGCGACUUCUCGAAGGUG… 6035 nt 0.4810
NM_213566.2 NCBI
GUCGAGUAGAAGGACCGCCGCUCCGGCCUCCCGCGACUUCUCGAAGGUG… 3381 nt 0.5235
Summary

Apoptosis is a cell death process that removes toxic and/or useless cells during mammalian development. The apoptotic process is accompanied by shrinkage and fragmentation of the cells and nuclei and degradation of the chromosomal DNA into nucleosomal units. DNA fragmentation factor (DFF) is a heterodimeric protein of 40-kD (DFFB) and 45-kD (DFFA) subunits. DFFA is the substrate for caspase-3 and triggers DNA fragmentation during apoptosis. DFF becomes activated when DFFA is cleaved by caspase-3. The cleaved fragments of DFFA dissociate from DFFB, the active component of DFF. DFFB has been found to trigger both DNA fragmentation and chromatin condensation during apoptosis. Two alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human cadavers demonstrated that the DFFA was down-regulated (-1,487,312.782 fold) in decaying liver tissues compared to a 6-hour control as part of the apoptotic thanatotranscriptome, where mRNA remained stable for analysis up to 48 hours postmortem and pro-apoptotic genes were up-regulated while anti-apoptotic genes were down-regulated over time [Javan et al. DOI:10.1007/S12024-015-9704-6].