Basic Information

Symbol
DGCR8
RNA class
mRNA
Alias
DGCR8 Microprocessor Complex Subunit DGCRK6 C22orf12 Pasha Gy1 DiGeorge Syndrome Critical Region Gene 8 Microprocessor Complex Subunit DGCR8 DiGeorge Syndrome Critical Region 8 DGCR8, Microprocessor Complex Subunit Chromosome 22 Open Reading Frame 12
Location (GRCh38)
22:20080035-20111877
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_022720.7
Sequence length
4506.0 nt
GC content
0.5457

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1681.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1763.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1556.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((....))))))))).(((.((....)).)))....((((.(((....((.((((((((.((((((.(((((((.(((((.((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((.(((.(((.....(((((((((...........(((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..))))))))))))))..(((.(((((((((((((..((((.((.(((((((....))))))).)).)))).)))))))...((((((((((.(((((.......(((((.......)))))...))))).)))...))))))).......(((((...)))))(.(.((((((.(((((..((((((((((((.(.(((..(((....((((((((((....((.(((((((((.(.((((((.(((((((......((.((((((((.((.(.....).)).)))))))).))...)))))))..)))).((((..(((((.((((((((....)))))........((((..((.(((.......)))))..)))).....((((.(((..((.((((.......)))))).)))....))))(((...)))((((..(((....)))..)))).(((((((......(((((((...)))))))..((((((.(((...))).)))))).)))))))))))))))..))))......(((.....)))(((((((((((((..(((....)))..))))..)))))))))..((((((((((.(((((((........))))))))))))))).))..)).).)))))))))))..))))))))))...)))......((((((((((.(((((((((..(((((((((((.((((((((...(((((((((...(((((......((((((((....(((((.(((......((((((..((...((((((...((....))...(((((((((((((((.((((((...(((((((((.(((((((....(((.((.((.(((....))).))..)).))).(((((((((.(((((((.(((.(((........((...(((((((....(((((((((..(((.(((((((((...(((.........((.(((((.(((.(((..((.............))..)))...(((((((((((((..(..(((.....)))...)..)))))).)))))))((((((......))))))..)))))))))).........))).)))))))))..))).)))..))))))(((((((....)))))))....((......))....)))))))....)).((((((((((.((((.......))))..)))))).).)))..))).)))......((.((((((((((((((((..(.(.((..(((....(((((...((......))(((((.((....(((...)))....)).).))))..((((....)))))))))...)))..)).).)..))))))))))).)))))))(((((.((...)).))))).(((((..((((((((((((((((.....((((....))))..((((.(((.............))).)))).)))))))))))))).))...))))).((((....))))((((((.(.(((..(.((..((.(((......))).))..)).)...))).).)))))).)))))))..)))).))))).(((.(.((((((.((.((((....(((((...)))))....)))))).)))))).).))).........))))))).)))))...((((.(((((........))))).))))))))...)))))).))))).......))))))))))...))))))...))..))))))(((((....)).)))......(((.((....(((((((.(((..((((((..........))))))........((((.....)))).....((....))...)))..)).)))))....)).)))(((....)))))))))))..)))))))))))))))))............(((((.(((.(((((....))))).))))))))(((((...))))))))))...)))))).)).....(((((.(((((.............((.((((.(((.((((((((..((((((.(.(.(((....((((......))))...........(((((..((((((.(((.((.....((((((((...((......))..(((.(((((.......))))))))...(((((((((.(((.(..((((......)).))..).)))))))))))).))))))))((.(((((((............))))))).)).......((((.((....)).)))).((((((((((((..(((..(((((...........(((.(...((((((((.((((((....))).........))).))))))))...).)))....((....)).((((((........))).)))(((((((..((..(((((((.((((((((((.((.(((.(((((.(......).)))))..))))))))))))))))))).)))))((((((..((..((((((.((((((((((((...(((.....((((((((..........((((..(((((.((((..((....))...)))).))))).)))).....(((...((((((.((((...((..((((.......))))..))...)))).))))))....)))..)))))))).....))).....)))).))))....)))).))))))..))..))).))))))))))....)))))..))).)))))))).))))..((((((((....)))))))).....)).))).))))))..))))).))).).).))))))..))).....((((((..(((.((((.((((((((.(((((....(((.(((((.(((.((....))))))))))))))))))))))))))(((...))).(((((.((((...))))))).)))))).)))))))))))))).))).)))).))(((((((..((((..........))))..)))))))((((.....(((((..((((........))))..)))))((((((((((...(((((....)))))...)))))))))).........))))(((.((((...))))))))).))).)))))..(((((((....)))))))..)))))))))))..)).))).))))))).......((.....))(((((((((((((...(((..(((((((((...)))...(((((((...)))))))...((((...((.((((...(((.(((.....(((((((......((((((..((((((....)))))).....)))))))))))))....))).))).)))).)).))))((((((((((....))))))))))))))))))))))))).)))))))....)))))))(..((((.((.(((((((.(((((.(((.....)))..))))).))))))).))))))..)))).))))))))))..)))..))))).)))))).).))))))).)))...))).))).))))))))).((((((((....)))).)))).(((..(((..((((((.((((.(((((..(.((((((((((...(((((..((((...))))..)))))...)....))))))))))))))).)))).)))))).))).))).(((......)))..))))))))))))))))).))))..)))....((....)))))))))))).)))))...............((((.......))))..(((((((((....)))))))))...................(((....(((.....((((((...((.........))....)))))).)))..)))..((((((......))))))))))))).))))))((.....))(((((.((((...(((.....(((((((.(((((((........)))))))..)).)))))...))))))).)))))...)))))))).))....))).)))).....)))).))).))))))...((((..((((....((((...(((((((((((((...)))))......))))))))..)))).))))..)))).)))..))))).)))).((((((.(((......))))))))).)))))))........((((.(((............))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((.(((((((({(({(((((((((.(((((((((((((....))))))))).{{(,({.{,,||,|}},,.{((((,(((..,{((,((({(((({((((((.(((((((.(((((.((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((.(((.(((..{{{((,((,((({{{{{{,...{(((((..((((((((..(((.((.((((.,(((((((..........))))))).,)))).)).)))..))))))))..)))))))))),,,|,{((,{(((,,,|||||||.,|,(({(({(,(((((,,{{,|||,,,.,}.,))).))))}}}.......,..(((,(((({.......(((((,,.....}}}))...}}})).))}.,.,,,{{||{{|,,..{{|||..,)))}},(({(,(({{.((((,{{(,{({(((({(({{,(((..,,|}}..{|||||,|||},..||},,||||||,}|}|,||||}||((((({((,..((..(((((((.{({({{{.{|{||{||||||||{||{,,|||||}|.,||||.((((,.{{({({((((({{(,...|||||.,,{({..((,({{{{{{{{{,{{{{...|,{{{(({{{...|{|(({(({{{{{.,,,,..{,,.,||||,|,|((....|||{((({.{|||{({{{,({{.{{{||||{{|||,((((({{..,,,,(((((((...)))))))..{{,,,,.|||}.,.))})))},),),)))))))))),}}..}}}}......{{{||,,.|.,{((((((((|(((,.(((....)))..})))).))))))))).,|{((((((({.(((((((........)))))))}))))))).}},,)),).)))))))})))..))))))))}}.}}}))....}}||||||,,||,||,{{((({,,(((((((,,{(.,{(({((({,{.{{||||||.|...(((((,,....,}.)))))...,|{||{{(((,{....{(((,({,(((((({((({.({,...{{..,((((({(((({((((,(((({(,..((((({{{{.{{{((((,,.,((({,,.,|,|||....,||,||.|.|,|||{(((({{{{{.{{((((({((((,(......}.))}..,||||||,....{{|||||||}.||{,{||((((({(((.{{|||((({,.,(({(((((({(.{({{.......,,,......{|{{,||.,,(({({((((((((,,(,,(((.,,,,|||,,.|,,|||}||,||||}}}{(((({......)))))),.}||||,||||||.|.{,{.}})})}))))))).}}}},}}}.,)))}},(((((((....)))))))....{(,.....},..,,}}))))).,,.}}.|{({((((((.((((.......))))..)))))).}.}},..||}.||...,|.||{,||{{{((((,,,,|||}.}},}||}}|||}}..{{{{({{((({.,{({,{((,{({(({(({({(,..|||.{{{||{|.||||,{{{(({{{{,{{{(((|{{{{,||.,......,.))},,,|||||{||,,.))))}})}}))))))))))||{({{...{(((({(((((((({{(,{...({{{....||||..((((.(((.............))).)))).)))})))))))))).}|,..}}}}}||{{,....,}),((((((.(.(((..{.((..((.(((......))).))..)).,...))).).)))))).}}}}}}}..)))),}}|||,{{{,{.((((((.((.((((....(((((...}))))....)))),).)))))).}..,...,,,....)))}}}}.}}|)}}|}((((.(((((.{....|.|}}}}.)))),}))...|||||}.}}||||......||||}}}}}}.},)},,||..|}},|}}},,,|||||||.,}|,((({,,..{|,|||..|||{{{{}||}|,.,}|||},(({((......{||,,..,,.....,|||}}.,,}))}.,}}}|,,..}}}|,,}}},}|,.|{{{|...,}}},..||.)}}))))}}}})..}}},|||||||..{{{.{{{......,{{,,.(((((.(((.(((((....))))).)))))))){{{((..,)})))||||||{{|,|{||.,|||,{{{{(({.{.((..{{....,}..}}}.}}}||||||||||,||||,,||,....}}}.))))}|.((((......))))....,{....,,.|||{{{{(((((|....|}},}.{(((((((,{{{{{,....,}..(((.(((({.......})))))))...{((({,{|||||{}|}|{||||}|,,,})}}}.,,,))})))}))))),)))}))}},,..|}))))))}.}}}.},.}))))))}.}})))}))}||||}||....}}.)))}||.|||||,}}})},,))}........,..)))},})))))...((((((((.((((((....}},........}))).))))))))..||{||||{.,||....||.|||...}}}}}}|||||,(({,{{((((......|||||,{.||||||,|||}||,|||}|||{|,{}}}}}})})}}})}})),)))))))|||||||||{|}||,{,{,{{{.||..,||.|{|},..}}}.,||,||.||||||}}||||||{|,.........||||,.||||{,((((..{{||||}||.,}|||,|.|}},|)})|||,.,||.,,||||{{.{{{{.|,||,,|{||,,,,.,.)))),,))...)))),)))}})}.,,)))}}))}})))..,}}||||,|||,}.|(((({,,||||,}},))})))..}}|||},{{|,|||||.}})}))),}))}}))),,||||}|{|||}}}}||||..{(((..(((((..,,(((((.(((...))).))))).,,..))))).))))||}}},,,,,.|,{||||||((((((.((((((((((.(((((....((,{((((,{(((.((....))))))))))))))))))))))))))}}).,))))}{,(((.((((...))))))),))))}}.}}}},}))))),)}))}|||||||,,.,,{{{{{{|||{{{{{{{......,,,..||}}},.,|{||,,,,,(((,,{,{{|,,{{{{,||||..}})))|(((((((((...(((((....)))))...)))))))))|{|,,|,}}}))})||..{|{|},.},)))))}..}}},}||,,..{((((((....)}))))),.)))}))))))),.}}.}}}}})))}},..,}}}{(({{...|,,{{{{|||||{||,,,|||}}||{{{||||,.,))),..{(((((,...}))))},...||||},|||||||||..{{|,|||,..,,{{((((({,{((,,{,,,,.,{{{,|,|,,|,})}}}.,,{||||.,,))))))),,,,))).},},))))}}),))}.{{((((((((....))))))))),}}||||||||||||}.||||}||,,{,|,}|,||{,,((((,((,((((({{.{{{||,|||....,))),,)}))).)))}})),)))))).,))),.,))))))))),.)))}})))))}},,}))})),)),))),,)}...))).))).))))))))}.,,,,,((({{{{{{,,{||,,.,||}.,||}}||||((.((((.(((((..(.(((((((((,,..(((((.,((({...))))..)))))...,....))))))))))))))).)))).))}}||,|||.||,.,,|}.}}},,))..))))))))))))))))).))))..)))....(,....)})))))))))).)))))...............((((...{{{{|.|{{.,((({{(((....|||||}}}|.......,,.....}},,,......,{,......,(((((........}))}}.))}.,}})))}))))..)))},{((((((......)))))}))))))).)))))))}},...||(((((.((((...{({...,.{|{{{,|||{{{{({.....,,.))))))),,))}))))}...)))))}},))|||,.,|||}}}}}.)),}.,))).}}},.....)))).))).)))))).,.,,,{{{({{{.{{{({((...(((((((({(,((...,,},}.,,.,.))))))))..}))),)))}..)))).))),,})))).}}}}.((((((((((......))))))))).)))))))...,....((((.(((............))).)))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001190326.2 NCBI
CUCCGCUCGCCCGGCGCGGCAGGCGGGUGCCGGCGACCGGAGAGCCUGG… 4407 nt 0.5473
NM_022720.7 NCBI
CUCCGCUCGCCCGGCGCGGCAGGCGGGUGCCGGCGACCGGAGAGCCUGG… 4506 nt 0.5457
Summary

This gene encodes a subunit of the microprocessor complex which mediates the biogenesis of microRNAs from the primary microRNA transcript. The encoded protein is a double-stranded RNA binding protein that functions as the non-catalytic subunit of the microprocessor complex. This protein is required for binding the double-stranded RNA substrate and facilitates cleavage of the RNA by the ribonuclease III protein, Drosha. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jun 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the DGCR8 dimerizes via its haem-binding RHED domain and is a core partner protein of Drosha in the Microprocessor complex, which crops primary microRNAs in the nucleus [Shang et al. DOI:10.1038/s41576-023-00611-y].