Basic Information

Symbol
DHFR
RNA class
mRNA
Alias
Dihydrofolate Reductase DHFR1 EC 1.5.1.3 DHFRP1 DYR
Location (GRCh38)
5:80626226-80654983
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000791.4
Sequence length
3919.0 nt
GC content
0.4481

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1293.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1364.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.......((((((((..(((....)))(((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((.(((((((...))))))).))))))))))).((((((((((..((..((((....))))..))..))))))))))....(((((........)))))....((.......))((((((.(((..((((((..((((....))))..)))).))))).))))))(((((.(.(.((...((((((((.(((((((((((((((.((.((((.(.(((.....))).))))))).))))..(((((((......((((((((.(.((.(.((((..((((((.(......).))))))..)))))))).))))))))....)))))))(((((((((((((((............))))........((((.(((((....).)))).))))(((((((((((((....(((((.(...(((((((((((......))......((((((.((((.....)))))).)))).....(((((.((......)))).)))((((((((((.(((((...(((.(((((...((......((((((.....)).))))...))...))))).)))..))))).((((.......)))).))))))))))..))))))))).....).))))).........(((((((....)))))))..))).)))))).....))))((((((((......(((((((.((((((.((((........(((......))).....(((((((....(((..((((((((...(((.(((((..((((........))))))))).)))...))))))))))).....)))))))...))))))))).).))))))))))))))).....((((((((((......))))))))))((((.((((((((((((((((....)))))))((((........))))......))))..............))))).))))........(((((((((..........((((((((......(((((((((((((((.....((((.((((.......................(((((((((((((..............((((.....)))).................((((((.................))))))((((((((....((.(((..((((((...(((.(((.(((.(((((((...(((..((((.(((((((((((.....((((((((...(((((....)))))((((..(((...)))))))(((((((.(((((((((((((((((..((.(((((...........))))).))..((((....(((..((((.(((((.............).)))).))))..))))))).))))))))))))))...........)))))))))).............(((....)))))))))))..)))).))).))))))))..))).)))))))(((...((((((((((...(((((....)))))....)))....))))))).)))..............))).))).)))..)))))).....))).))..)))))))).....)))))))))))))((((..(((.((...)).)))..)))).))))))))......)))))....))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))))))..))).)))))))))).).).))))).....)))))).))))).)))).......((((...(((((((...(((((.((((((.(((.......))).)))))).........(((.(..((.((((((((..................)))))))).))..).)))...((((((((.((......))..))).)))))..))))))))))))))))))))))))))....(((((((....((((((((.((.((((..(((((((.((((((((((.(((((((...(((((((((((((((((.....((.(((((.(((((((((((((((..((((((((.(((((((.((((((((.((((........))))))).((..(((.((((((((((((((((((((((((.((..((((((((....((.(((....((((((((.((((.((((........))))..........((((((.((((..(((((((..........))))))).....)))).)))))).......((((((((((..........))))))))))(((((((((((.(((((...((((((((........))).)))))....))))).)))))..((.(((((..(((.(((((((....)))..))))))).))))).)).....)))))).)))).)))))))).........................))).))....))))))))..)).)))))))))))))))))))))))).)))..))..........))))).))))))).))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))))).)))))).(((((((((...((((....)))))))))..))))...((((((......))))))(((.(((((.(....).)))))))).(((((((((....)))))).)))..(((((...))))).....(((.(((........((((..(((((((((((...((((((((((((((((..(((............(((((((..........))))))))))))))))))...))))))))..............((((....))))..((.((((....))))..))((((((((......))))))))..)))))))...........((.....)).))))..)))).......))))))...(((((((....((((....))))(((((((............................)))))))(((((......)))))))))))).)))).)))))))..)))).)).))..)))))))).)))))((((.(((((.((.(((((((((..((.((((.((((((.....)))).......(((((((((....((((((.......))))))....))))).))))...................................))))))))...))))))))).)).....))))).))))..................(((((((((........))))))))).......(((((((.....((((.(((...)))))))))))))).)))))...)))))))).....))))))))..((((((.....((((((((.((((((((...(((.((((....((((((((.((...((((((......(((((...))))).((((((..(((((.(((.((((.................)))).))).....)))))....)))))).)))))).......)).))))))))....)).)).))).....)))))))).)).....................((((((......)))))))))))).................(((....)))......))))))(((((((((...(((.(((((......((((((((..(((.((((((..((.......))...))))))))).))))))))....((((((..(((((....)))))..)).))))....))))).)))....(((((.(((((.........))))).))))))))))).)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((...}}}....(((.((((((.((.(((.(((({,{(((((.,((({{(((((({((((.((,..(((((((((((.(((((((...))))))).))))))))))))).)))).(((((((.{((.(.(((....}}).,,,))),))}.,))))(((((.,....,.)))))..}))))))....}|||||{{|{|,|{(,{{{{..{|||}}}}))))}.}))).)))}.).),}))).))).))..)))))).)))(((((.((((((((,,(((((,(((((((,{((,{{.{(((({((((((((,(((.{,.,,,..}}}.}}}}})|}|}|.{|.|||||{|.||||||.{.|,|}}),|||{||{{||||,|||||||||}|.,...||,,},)).,)}))))}}}))||}}......}})}))}........((((.(((((....}.}))).)))),)})).))))))),)))))))))))))(((((((((((......))..,...((((((.((((.....)))))).))))..,,.(((((.((......)))).)))((((((((((.,,{{{...{{{.(((((...({......((((((.....))}})))...}}...))))).}))..}}|||..,,,.}}},,,})}}.))))))))))..))))))))).......(((((((....,,.(((((((....))))))).,}.....((((....)))).((((((((......(((((((.((((((.((((........(((......))).....(((((((...{{({.{((((((((.,.(((.(((((..((((.......,))),))))).))).,.))))))))),),....)))))))...))))))))).).))))))))))))))).....((((((((((......)))))))))).......)))))))(((((((....)))))))((((,.....,,))}}(((((.((..((((((((({...(((((((((((..{,..((((....,,.((((((.{((((.((((((.,.((((((((((((((((.........{((((....))))|{((..,..((((((((((,.,{(((((..((....))..)))))},...((((((((((.((.(((.,.(((((((((.,...,........,,.))))),{(((((((.,..{{.{((,,((((((...(((.(((.(((,(((((((...(((..((((.(({{(((((((.....((((((((...{((((....))))}((((..(((...)))))))|((((((.{({((((((((((((((..((.(((((...........))))).))..{{{{....(((..((((.((((,...,{....,,..,.)))).))))..)))}}}}.))))))))))))))...,,,.....))})))))},.,||....}},..(((....)))))))))))..)))).))).}))}))))..))).))))))},|{...((((((((((...(((((....)))))....)))},..,)))))).|||...,}}........})).))).)))..)))))).,.,.}}}.}}..)))))))}..{{...,....,,,,},((((..(({,{{...)).}))..))))(((((((((((((.(((({{....(((((((((...,{.(((.......))).}))))))))).,,{||,|,.(((((((((((((((,.{((((........))))|(((((((((((((...,,(({(((....(((((.....)))))((((({.(((.......))).}))))).,,(((({(((((......)))))))))..,,..,{{{((((((({{.((((((.(((((..(({{(((((((.((((.(..((((.(((({{((.(.((((((((((((.(((..,.(((,...{.(((((..(((((({(,..(((((..(((..(.(((.,.(((.((((((.(((((((.,.(((((((((((((((({....,((.(((((.(((((((((((((((..((((((((.(((((((.(((((({...,({.......,|,|{{{..((..(((.((((((((((((((((((((((((.((..((((((((....((.(((....(((((((({((((,({{,.|....,.}}},,((({,....||||||.{{{{..(((((((..........))))))).....||||.,||||,.......((((((((((..........))))))))))({{{{|||{((.{||,|,......{(((({({{,{{{....,))),}}})))))},},,|,,{{.,{(({..{((.(((((((,,,,|},..,})}))),))}}}.)),,,,.))}})},)))}.)))))))).........................))).))....))))))))..)).)))))))))))))))))))))))).)))..))..)))).}))))))).))))))).))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).,.))))))).))))))...))).,.))).)..)))..)))))..)).})))))..))))).....)))....))).)))))))))))).).))}})))).))))..).)))).)))))))))).))))).)))))).)))))))))}}}}}......(((({...((((({{,,...{(((((((((((((((...,,........,...(((((((..........))))))),}}}}}}}}}}...)))))))}..........{,{.((((....}}||..{{.((((....))))..}}((((((((......))))))))..,,}}})),},......,}}.))),.}}.,.{(.((((........)))).)}....)))}}...})))})))))))))).)))}.......,{{,,,,{,....,,,,....,{,{(((((((...,..(((....)))..,...))))))))|||.,|.{{||{||..,,.,,.,..}}))}||||.{|{|||{{.{((((((((..((.((((.{{((((.....)))).......,,,,{((((.{,.((((((.......))))))..,.))))).}}},........,{....,,...................}}))))))..,))))))))).))...,,.||||.}}}},,,,.}}.,)))))))))))..)))),,,,,.,,}}}},,,})}}......,)))))))))....((((((((....))))))))(((..(((((,.{(({.((..(......)..)).})))))).))..)))..,)))..)))..)).))))))))))..(((((((((((({{.{,||,...,...{(({,...,}}},.,..})}.}||||..,},.,.)))))))....}))))))))).,,.))}..(((((.........,,)))))......,,.))))))).)))((((....))))..))).))).,.))))))))))})))))).,,.....))))...))..))))))).)))}............................|((......)}}.,,,{{{..,,..((((((.....{(...((((((((..(((.((((((..{,.......},...))))))))).))))))))...))....))))))..))).}}},.)))))))))))).))))).,.|,.{((((((.(((((.........))))).))))))).,,..)))))........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000791.4 NCBI
AGUCCCAGACAGAACCUACUAUGUGCGGCGGCAGCUGGGGCGGGAAGGC… 3919 nt 0.4481
NM_001290354.2 NCBI
AGUCCCAGACAGAACCUACUAUGUGCGGCGGCAGCUGGGGCGGGAAGGC… 3869 nt 0.4490
NM_001290357.2 NCBI
AGUCCCAGACAGAACCUACUAUGUGCGGCGGCAGCUGGGGCGGGAAGGC… 3803 nt 0.4502
Summary

Dihydrofolate reductase converts dihydrofolate into tetrahydrofolate, a methyl group shuttle required for the de novo synthesis of purines, thymidylic acid, and certain amino acids. While the functional dihydrofolate reductase gene has been mapped to chromosome 5, multiple intronless processed pseudogenes or dihydrofolate reductase-like genes have been identified on separate chromosomes. Dihydrofolate reductase deficiency has been linked to megaloblastic anemia. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2014]

Forensic Context

A review of long non-coding RNAs in mammals and other eukaryotes, including humans and mice, synthesized findings from numerous studies, noting that a long ncRNA transcribed from an upstream minor promoter of the dihydrofolate reductase (DHFR) locus forms a triplex structure in the major promoter to prevent the binding of the transcriptional co-factor TFIID, thereby silencing DHFR expression [Mercer et al. DOI:10.1038/nrg2521].