Basic Information

Symbol
DKK3
RNA class
mRNA
Alias
Dickkopf Wnt Signaling Pathway Inhibitor 3 REIC CRRL RIG Cardiomyocyte Regeneration-Related LncRNA Dickkopf-Related Protein 3 Regulated In Glioma Dickkopf-3 HDkk-3 Dkk-3 Dickkopf (Xenopus Laevis) Homolog 3 Dickkopf 3 Homolog (Xenopus Laevis) Dickkopf 3 Homolog Dickkopf Homolog 3 RIG-Like 5-6 RIG-Like 7-1
Location (GRCh38)
11:11956207-12009948
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001018057.2
Sequence length
2525.0 nt
GC content
0.5200

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-897.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -945.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 589.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001018057.2 NCBI
GCGUUCCGGGACACACAGGCGGCGGCUGCGGGCGCAGAGCGGAGAUGCA… 2525 nt 0.5200
NM_001330220.3 NCBI
GUCUUGCGGGCUCCCUCGGGUACCGGCGCUGCCGCACCCCGCCGCGCUC… 2714 nt 0.5372
NM_013253.5 NCBI
GUCUUGCGGGCUCCCUCGGGUACCGGCGCUGCCGCACCCCGCCGCGCUC… 2672 nt 0.5363
NM_015881.6 NCBI
GACUCUGCUGAGCUCAGCCUCUCUUGGUGGAUGUGGGGCGGGGCGCUCG… 2778 nt 0.5310
Summary

This gene encodes a protein that is a member of the dickkopf family. The secreted protein contains two cysteine rich regions and is involved in embryonic development through its interactions with the Wnt signaling pathway. The expression of this gene is decreased in a variety of cancer cell lines and it may function as a tumor suppressor gene. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding the same protein. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the DKK3 as a gene with low expression in the sepsis group compared to normal controls through RNA sequencing analysis of peripheral blood samples [Leng et al. DOI:10.2147/IDR.S554915]. A review of long noncoding RNAs in cardiovascular diseases notes that the DKK3 regulates cardiomyocyte proliferation by protecting Hopx from miR-199a-3p, as discussed in the context of cardiac regeneration [Chih-Fan Yeh et al. DOI:10.1186/s12929-020-00647-w].