Basic Information

Symbol
DLG1
RNA class
mRNA
Alias
Discs Large MAGUK Scaffold Protein 1 SAP-97 SAP97 Synapse-Associated Protein 97 DJ1061C18.1.1 DLGH1 Hdlg Discs Large Homolog 1, Scribble Cell Polarity Complex Component Presynaptic Protein SAP97 Disks Large Homolog 1 Discs, Large Homolog 1 (Drosophila) Discs Large Homolog 1 HDlg
Location (GRCh38)
3:197042560-197299330
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366207.1
Sequence length
4853.0 nt
GC content
0.3804

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1189.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1290.38 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1528.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001098424.1 NCBI
GUUGGAAACGGCACUGCUGAGUGAGGUUGAGGGGUGUCUCGGUAUGUGC… 4968 nt 0.3873
NM_001204386.1 NCBI
GUUGGAAACGGCACUGCUGAGUGAGGUUGAGGGGUGUCUCGGUAUGUGC… 4941 nt 0.3831
NM_001204387.2 NCBI
AUUCACCACUCAGCAGCUGGUAGAGAAGUAAGCCUGCUUGGCAACCACC… 4530 nt 0.3804
NM_001204388.2 NCBI
AUUCACCACUCAGCAGCUGGUAGAGAAGUAAGCCUGCUUGGCAACCACC… 4494 nt 0.3805
NM_001290983.2 NCBI
AGACAGGAUCUCCGGGUUUCCAGUUCUGUCACUCACUCGGGGUAACUUU… 5086 nt 0.3919
NM_001363865.1 NCBI
ACCCCCGGGGUCGCCAGGCGCUGUCUCUGCCGCGGAGUUGGAAACGGCA… 4971 nt 0.3868
NM_001366203.1 NCBI
AGACAGGAUCUCCGGGUUUCCAGUUCUGUCACUCACUCGGGGUAACUUU… 4969 nt 0.3874
NM_001366204.1 NCBI
ACCCCCGGGGUCGCCAGGCGCUGUCUCUGCCGCGGAGUUGGAAACGGCA… 4787 nt 0.3802
NM_001366205.1 NCBI
ACCCCCGGGGUCGCCAGGCGCUGUCUCUGCCGCGGAGUUGGAAACGGCA… 4850 nt 0.3802
NM_001366206.1 NCBI
ACCCCCGGGGUCGCCAGGCGCUGUCUCUGCCGCGGAGUUGGAAACGGCA… 4917 nt 0.3858
Showing 1 to 10 of 27 entries
Summary

This gene encodes a multi-domain scaffolding protein that is required for normal development. This protein may have a role in septate junction formation, signal transduction, cell proliferation, synaptogenesis and lymphocyte activation. A multitude of transcript variants deriving from alternative splicing and the use of multiple alternate promoter have been observed, including some splice variants that may be specific to brain and other tissues. An upstream uORF may regulate translation at some splice variants of this gene. [provided by RefSeq, Sep 2018]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the DLG1 was part of a common cosplicing network of glutamatergic synapse genes in brain reward circuitry, identified through RNA-Seq analysis of selectively bred lines with differential risk for methamphetamine intake [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].