Basic Information

Symbol
DLG1
RNA class
mRNA
Alias
Discs Large MAGUK Scaffold Protein 1 SAP-97 SAP97 Synapse-Associated Protein 97 DJ1061C18.1.1 DLGH1 Hdlg Discs Large Homolog 1, Scribble Cell Polarity Complex Component Presynaptic Protein SAP97 Disks Large Homolog 1 Discs, Large Homolog 1 (Drosophila) Discs Large Homolog 1 HDlg
Location (GRCh38)
3:197042560-197299330
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366207.1
Sequence length
4853.0 nt
GC content
0.3804

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1189.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1290.38 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1528.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001366207.1 NCBI
ACCCCCGGGGUCGCCAGGCGCUGUCUCUGCCGCGGAGUUGGAAACGGCA… 4853 nt 0.3804
NM_001366208.1 NCBI
ACCCCCGGGGUCGCCAGGCGCUGUCUCUGCCGCGGAGUUGGAAACGGCA… 4905 nt 0.3867
NM_001366209.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5173 nt 0.4118
NM_001366210.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5239 nt 0.4115
NM_001366211.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5209 nt 0.4114
NM_001366212.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5302 nt 0.4198
NM_001366213.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5236 nt 0.4114
NM_001366214.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5335 nt 0.4141
NM_001366215.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5368 nt 0.4195
NM_001366216.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5119 nt 0.4110
Showing 11 to 20 of 27 entries
Summary

This gene encodes a multi-domain scaffolding protein that is required for normal development. This protein may have a role in septate junction formation, signal transduction, cell proliferation, synaptogenesis and lymphocyte activation. A multitude of transcript variants deriving from alternative splicing and the use of multiple alternate promoter have been observed, including some splice variants that may be specific to brain and other tissues. An upstream uORF may regulate translation at some splice variants of this gene. [provided by RefSeq, Sep 2018]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the DLG1 was part of a common cosplicing network of glutamatergic synapse genes in brain reward circuitry, identified through RNA-Seq analysis of selectively bred lines with differential risk for methamphetamine intake [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].