Basic Information

Symbol
DLG1
RNA class
mRNA
Alias
Discs Large MAGUK Scaffold Protein 1 SAP-97 SAP97 Synapse-Associated Protein 97 DJ1061C18.1.1 DLGH1 Hdlg Discs Large Homolog 1, Scribble Cell Polarity Complex Component Presynaptic Protein SAP97 Disks Large Homolog 1 Discs, Large Homolog 1 (Drosophila) Discs Large Homolog 1 HDlg
Location (GRCh38)
3:197042560-197299330
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366207.1
Sequence length
4853.0 nt
GC content
0.3804

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1189.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1290.38 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1528.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001366217.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5338 nt 0.4194
NM_001366218.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5401 nt 0.4223
NM_001366219.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5248 nt 0.4192
NM_001366220.1 NCBI
AGCUCGGGGGCCGCCAUCUUGGCGGAAAGUUUCGGGGGAGAGCGGUUGG… 5182 nt 0.4107
NM_001366221.1 NCBI
AUUCACCACUCAGCAGCUGGUAGAGAAGUAAGCCUGCUUGGCAACCACC… 4629 nt 0.3841
NM_001366222.1 NCBI
AUUCACCACUCAGCAGCUGGUAGAGAAGUAAGCCUGCUUGGCAACCACC… 4593 nt 0.3843
NM_004087.2 NCBI
GUUGGAAACGGCACUGCUGAGUGAGGUUGAGGGGUGUCUCGGUAUGUGC… 5034 nt 0.3874
Showing 21 to 27 of 27 entries
Summary

This gene encodes a multi-domain scaffolding protein that is required for normal development. This protein may have a role in septate junction formation, signal transduction, cell proliferation, synaptogenesis and lymphocyte activation. A multitude of transcript variants deriving from alternative splicing and the use of multiple alternate promoter have been observed, including some splice variants that may be specific to brain and other tissues. An upstream uORF may regulate translation at some splice variants of this gene. [provided by RefSeq, Sep 2018]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the DLG1 was part of a common cosplicing network of glutamatergic synapse genes in brain reward circuitry, identified through RNA-Seq analysis of selectively bred lines with differential risk for methamphetamine intake [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].