Basic Information

Symbol
AFAP1L1
RNA class
mRNA
Alias
Actin Filament Associated Protein 1 Like 1 Actin Filament-Associated Protein 1-Like 1 AFAP1-Like Protein 1 FLJ36748 Actin Filament Associated Protein 1-Like 1
Location (GRCh38)
5:149271823-149343637
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152406.4
Sequence length
6024.0 nt
GC content
0.4962

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2052.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2159.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1430.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001146337.3 NCBI
AGAGAGCGCCGGCCGCUGGGCUGGCCUGAGAGCGCAGCGCGCCGGCCGC… 5895 nt 0.4957
NM_001323062.2 NCBI
AGAGAGCGCCGGCCGCUGGGCUGGCCUGAGAGCGCAGCGCGCCGGCCGC… 5925 nt 0.4949
NM_001323063.2 NCBI
AGAGAGCGCCGGCCGCUGGGCUGGCCUGAGAGCGCAGCGCGCCGGCCGC… 1301 nt 0.6126
NM_152406.4 NCBI
AGAGAGCGCCGGCCGCUGGGCUGGCCUGAGAGCGCAGCGCGCCGGCCGC… 6024 nt 0.4962
Summary

Predicted to be located in several cellular components, including actin cytoskeleton; anchoring junction; and cell projection. Predicted to be active in cytosol. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human cardiac tissue demonstrated that the AFAP1L1 gene, involved in actin stress fiber formation, was increased in EC-angiogenic and EC-general capillary endothelial cell populations in ischemic cardiomyopathy (ICM) compared to non-failing controls [Simonson et al. DOI:10.1016/j.celrep.2023.112086].