Basic Information

Symbol
DMBT1
RNA class
mRNA
Alias
Deleted In Malignant Brain Tumors 1 GP340 Salivary Agglutinin Gp-340 Hensin SALSA Scavenger Receptor Cysteine-Rich Domain-Containing Protein DMBT1 Surfactant Pulmonary-Associated D-Binding Protein Salivary Scavenger And Agglutinin Glycoprotein 340 Vomeroglandin Muclin SAG Deleted In Malignant Brain Tumors 1 Protein
Location (GRCh38)
10:122560643-122643740
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001377530.1
Sequence length
7984.0 nt
GC content
0.5641

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3183.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3325.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2261.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((....((((......))))..))))..((((((((...(((((...(((((((((..((((..(((......(((((((((.(((.(((((((((((((.....((((((.(((((((...(((((((.....(((.((..(((...)))..)).))).)))))))...)))))))....))))))...)))))).....((....))....))))))).))).)))).((((((((((.........)))....)))))))(((((.(((((.((.(((((((.((.........))...))))))))).))))).)))))(((((....(((.((((.(((((.(((((((((((((((((((((..((((.((((((((((((..(((((....((((((((((....))).....((..((((.(((((..(((((.((((((.(((((.(((((........(((((.....)))))..)))))..))).)).))))))))))).))))).)))))))))).)))..))))).........(((((........))))).((((((((((..(((((((((((((((((((..((((((....).)))))((((((((((((((((((((((((.(((((((((((....))))))))...((((.(((((..((((....))))..))...)))))))))))))))..)))))))).....((.((((.((((((((((.((((.(((((..(((..((((((..((((...))))..)).)))))))..))))).))...))..)))))))..))).)))).)))))))))))))(((((.(((((((.((((((((..((..(.((...)).)..)).))))(((((((.....)))))))....((((.((.(((((((((....))))).......)))).))...)))).))))))))))).)))))))))))))))))))((.((((((((((((.......(((((((.(((....((((..(((.(.((((.((((((((....(((((.(((.(((((.(..((((.((............)).))))..).))))).))))))))..)))))))).)))).).)))..))))....((((.((((((((((((....((.(((......(((((....)))))..)))))(((((((((((((.((((...)))))))).)))))))))..)))))))))...)))))))..(((((.((((((((((.....)))))))))..).)).)))(((((.....))))).....))).)))))))....(((..((((((((............)))))).)))))..)))))))))))).)).(((((((((((....((((((((((.....)))..(((((((((((..((((((((...(((((.......)))))..(((....)))...((((....)))))))).)))).))))))..)))))((((((.......))))))..((((.((((((((((((.......((..(((((((((((.((....((..(((((((((((((((..(((((...))))).)).)))))))))))))..)).....)))))))))..))))..))(((((((.....))))))).(((((((.(((((...((((..((((((((.((((((........)))))))))..)))))))))......)))))......((.((((((((((((.((.....((((((....((((.(((((((((((.(((.((.(.......).)).))).)))))))))))))))))))))..((((.((((((((((((....((((.(((.(((..(((.(((....)).).))).))).)))))))(((((((((((.(((((...((((((((.(((((((((...(((((((.(((((.(((((((((((.(((.(((((((..............)))))))))).)))))...((((((((((((........))).))))...)))))((((.(((.....(((((((((....).)))))..)))...))))))).......)).)))).)))))(((((.((((((.(((((((....((((..((((.(.(.((((....))))).)))))....))))...))).))))...)))))))))))((((((.......))))))..)))).)))))))))))).(..(((((..((((((.(((((..(((.....((((.(((((......(((((((((((((((((((((((((((((...((((((((((...(((((((((.(((((..(((...((((..(.(((((((...(((.....(((((....)))))....)))((((((((........))).)))))..((((....))))(((.(((....))).))).))))))))..)))).))).))))).)))))).)))..((((.((..(((((((((........((.......))((((((....((((.(((((((((((.(((.((.(.......).)).))).)))))))))))))))))))))..((((.((((((((((((....((.(((......(((((....)))))..)))))(((((((((((((.((((...)))))))).)))))))))..)))))))))...))))))))))))))))..)).)))).)))).)))))).)))))))....))))).))))).))))).........))))))).))))).)))))))...)))))...)))))))))))..)..)))).)))))))))..)))))))))))......(((((.(.(((((((((((..((((.(((.(((((..(((((((((((......((((((((....((((.(((((((((((.(((.((.(.......).)).))).))))))))))))))))))))))).((.((....)).))((((...))))(((((((..(((.(((....)).).))).)))))))))))))))...)))..)))).).))).))))..(((((((((...(((((((((((((.(((((((((((.....))))))..........((((..((((((((..(((((..(((((((((((((........))).)))))..((((....)))).)))))..)))))....)))))..)))..)))).....))))).))))))...........((((((((....(((((.(((.(((((.(..((((..((((((...)))))).))))..).))))).))))))))..))))))))((((((.......))))))..)))).))))))))))))....(((.((..(((((((((.(((....)).).)))..))))))..)).))).)))))))).)))).))))).....)))))))))...))))))).((((((.(((..(((((.(((.(((((((..............)))))))))).)))))...((((((((((((........))).))))...)))))))).))))))....)).)))))))))))).)).((((((((...((((((..(((..(((.(.((((.((((((((....(((((.(((.(((((.(..((((..((((((...)))))).))))..).))))).))))))))..)))))))).)))).).)))..))).(((.((((.((((((((((((....(((.((..(((((((((.(((....)).).)))..))))))..)).)))....(((.(((((...)))))))).)))))))))...))))))).)))(((.((...(((((.(((.(((((((..............)))))))))).)))))..)).)))(((((((.(((((.(((((((...(((((.....((((.((((((....((((.((((((.((.(...((((((.........(((..(((.(.((((.((((((((....(((((.(((.(((((.(..((((..((((((...)))))).))))..).))))).))))))))..)))))))).)))).).)))..)))........)))))).).)))))))))))))))))).)))))))))..))).....)))).)))))......))))))))))))).))))))))))))))))))))))))...)))))))..)))))))(((((((((.....))))))))).....((.((((..(((((....)))))....)))).))(((..(((((.(((((((...(((((.....((((.((((((....((((.((((((.((.(...((((((.........(((..(((.(.((((.((((((((....(((((.(((.(((((.(..((((..((((((...)))))).))))..).))))).))))))))..)))))))).)))).).)))..)))........)))))).).)))))))))))))))))).)))))))))..))).....)))).)))))...)))))))))))))))))))..)))))).)))))))))))))...)))))))((((((((((((((((((.....)))))).((((((...(((((..(((((....)))))...((((((((((((........))).))))...)))))...)))))))))))......(((((((((..(((....(((....)))..)))..)))).)))))...))).)))))))))........((.......))))))))....))))).))))))))))((.(((((..(((.(((((((((((((((..(((.(((..((((((...((((((((((((((((...(((.((....)))))(((....))).........(((((((((((..(((((...))))).)).)))))))))..)))))))))...)))....))))..))))))((((((.....))))))((((((((((((((((.((((((((.((...)).))))((((((((........))).)))))..((((....)))).((((.....)))).((((((((((((((..(((((((((((...(((((.(((..((((((....))))))...............))).)))))((((((...(((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((..(((...((((..(((((((((.(((..((((.(((((((((((..(((..(((....)))..)))..).........(((.(((((((((((..(((((...))))).)).))))))))).))))))))))...)))))))..((((((((((((((((.....))))))...((((((((((.(.((((............)))).).)))........(((.((((((((((((((((.((.(((((((((((....)).)))))...(((((...((((((....((((((((((.(((.......(((((((((............(((((((((.............))))))))).............(((((((((.(((((...((((((.....(((.(((((((...............)))))))..)))....((((.....))))((((........))))))))))...((((((.(((((((.((...........)).)))))))))))))(.((((((.((((.(((((((((..((((...(((((....)))))....)))))))))).)))..)))).)))).)).)...........))))).))..((((((...))))))...............)))))))......((((((.(........).)))))))))))))))...(((.(((...........))).)))..(((......)))...))))))).))))))....))))))....(((((.((........)).)))))(((((((((((....)))).))))))))))))..)))).)))))))..))).)))..))))).))).....)))))))..))))))))))(((((((((((((.((.(((((((.(((((((.((((((.((...))..)))))))))(((..(((((((....)))))))..)))..(((....((((.(((((((((.((((((.......................)))))).))...........(((((((.(((((..((((((((..((((((.(((((((.....((((.........)))).......)))).......)))))))))..)))..............)))))...)))).....((((.........))))).)))).))).)))))))..))))..)))......((.((((((...........(((((((...))))))).........)))))).))))))))))).)).))...))))))))))))))))..)))))))))...))))..))))))).))))))))))......((((........))))..(((((.(((((((((((((((...))).)))))).......(((((((......)))..))))(((....((((((........))))))))))))))).)))))........(((......))).(((((...)))))((((....))))..((((((...)))))))))).))))....)))))).))))....)))))......))))))..))))).))).......))).))))))...))))))))...............))))...)))))).))........))))))))....(((((.....)))))((((((............)))))).......))).))).)))))))).))).)))).)))....)))))))...((((....)))).(((((((((((((((((((.......((.(((.((......)).))).))......))))))))..((((((((((((((((((((((((......((((((.((.((((...)))).)))))).))...)))))...(((((((...((((((((((.((.((........)).))..)))..))))))).((((...(((.(((.....))).)))...)))).........((((((((((((.((((((((........(((......)))....)))))))))))))...)))))))((((((((((.........)))))))))).(((..((((((((((((((((((((...(((.(((.((.((((((..............((((..((((((((((((((((..(.((((..((..(((((.((((.....((((((...(.....)....)))))))))))))))..))...)))).)..)))))..........))))))))))))))).)))))))).))))))..((((.(((((...(((....))).)))))))))(((((((((.((....))....)))))))))((((...))))...))))....)).)))...))).))))))))..)))...(((((((.....((((......))))))).))))..)))))))...)))))))))))....))))))))....))))))))))).......))))).)))))))....))).)).....)))))......)))..))))........(((((((((...)))))))))........)))))))))))))))))))..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((..{(((......)))|(((((((((.(((.{((.{((({....,,||}}}.))})))...{(((..(((({{,{{{{({({(,((((((,,..,.,....{(((((.,{((.,,,.}}}||||}|.}}}}|||}||,.|||}}},)),,{{{|{{{||....,.{{{||{,,{{{{{{{,||,...}}}}}},,,..||}}}})}}}.....,)))))..}))),.((((((({((.........}|},,,,|||}}}}.||||||{{{,||(({,{{{...||.},}},,.|)}...))))))))}.((((((((((.(((.((.{.......).)).))).)))))))))))))))))))}..((((((((((((({{(({..,({{{{{,.{{.((((((({{{.|{{{{{{{(({,,({{,{,,,({.(((((((((((({(((,,((((((.((((,..(((((.....))))).,}}}|{{{|||.,,,,,,,},,,)))}})},|,,{{{{,{{,{({(((({,,,,..|||,.,|||.|||||.||,..}},,.})))})))))..)))}}((((((((((((((..((((((....),}))))((((((((((((((((((((((((.(({((((((({....})))))))...((((.(((((..((((....))))..))...)))))))}))))))}.,)))))))).....((.((((.((((((((((.((((.(((((..(((.{((((((..((((...))))..))}))),)))..))))).))...))..)))))))..))).)))).)))))))))))))(((((.(((((((.((((((((,,((....(({{.,....,}}.)))),.(((((.((,,(((((((............,,}))))))))).))))).,,||{||.}},,...}}}}}.,)))))))))).)))))))))))))))))))({.((((((((((((.,..{..(((((((.(((....((((..(((.(.((((.((((((((....(((((.(({.(((((.(..((((.((.{{,,....}},)).))))..).))))).})))))))..)))))))).)))).).)))..)))),...((((.((((((((((((...,,{,{{,......(((((....))))).,))}},((((((((((((,{((((...)))))))).)))))))))..)))))))))...))))))).,|((((.{(((((((((.....)))))))))..}.)).))}(((((.....))))).....))).)))))))....{{{..,{((((((............)))))).}})))..)))))))))))).)).|}}}})}}))}.}}(((((((.(,.((((((({,{.((.(.((((..(((((((..((((.((({......,,,((({,,..,}}),..,.((((....)))}((({.(((((((.((..(((.(((((,..{((((((((((((..((((((((.....(((((..{{(((,((.({..{{(((....))).((((((({,((((((((((((((((((((((..,..((((((({...))))))))).....)))))))..((((((.{(,((((((.....))))))|..((((,{,((((((..((((..(((((,,,,((((((.,....,.)))))},))..))))))})}...((((((((((((((.(((({,,{.(((((........((((((,...{(((.(((((((((((.(((.((.,.......}.)).))).))))))))))}))))))))))..((((.((((((((((((...,,{{({({{.{((,,(((,{({....||,|,|||.|||,|}||||,{((((({{{{|,||{{{..,|||||{{{.(((((((((...(((((((.(((((.(((((((((((.((,,(((((((..,.........,,}))))))))).)))))...(((((((,,((({{,....,)),.))),)},}))))((((.(((.,.,.{{,((((((....).)))))..}}}...)))))))...,,..)).)))).)))))(((((.((((((.(((((((....((((..((({,{.,.((((....}))),.,))))....))))...)))},)))...)))))})))))((((((.......))))))..)))).))))))))))))....{{(((,.((((((.(((((.,(((.....((((.(((((...,,,((((({(((((({((((((((((((((((...(((((({(((...(((((((((.((((({{((({..,,,|}}|}|{((((((.,({{.{,..(((((....)))))...,{{(((({{(((.,,.....))}.)))})}.||||,...)))}|||}|||...{|}|{|||,}}}}}}}),.)))).)),.))))).)))))).)))..((((.((..(((((((((........((.......))((((((,...{(((.(((((((((((.(((.((.,.......}.)).))).))))))))))}))))))))))..((((.((((((((((((...,,{.{{,......(((((....)))))..))}},((((((((((((,{((((...)))))))).)))))))))..)))))))))...))))))))))))))))..)).)))).)))}.)))))).)))))))....))))})})))).)))))..,},}}}})}))))}.))))).))))))).,.)))))...))))))})))).,}..}))).)))))))))..))))))))))),,,...(((((.(.(((((((((((.......,............(((((((((.{{{{{((((((((,...{(((.(((((((((((.(((.((.,.......}.)).))).))))))))))})))))))))))).,,..({{,,.|||,(,,({{,|||},,,,|||..|||..|.}},..),,}))..))))),,))))))))))))))))).)))).))))).}...)))))))))...))))))){(((.(((.(((((((((.....))))))).......)).))).)))}))))).})))))...(((((((,,(((.{{.....)),.))),)},})))))))))))))))))),,{{.((.((((((((((((({,.((((....(((((..(((.((((.((((,.((((((((....(((((.(({.(((((.(..((((..((((({...)))))).))))..).))))).}))))))),.))))))))(((((((((((((((((({..((((.((((((((((((.,{{(((.((..(((((((((.{{,....}}.},))}..))))))..)).))},||||({,((((((.(({{{{{,,.|||||||{{...|||||||.((((((.(((,.(((((.((,,(((((((.....((((((...{(((((((((.(((({...{((((((,,(((.{{,...,)),.))),)},))))}(((.((((({.......{{.((((({({{..,,|},}}||,,,..,}}..,,|{{,,||{.{,||{{.((((((((....(((((.(({.(((((.(..((((..(((({{...)))))).))))..).))))).})))))))..)))))))),||||,}.}}}..))),,,..((((.((((((((((((.{{{(((.((..(((((((((.{({....,).).))}..))))))..)).))).,,}|{{,((((({.{||||||,|.|||||||||...|||||||.{(((((.(({,.(((((.((,{(((((({.....||||||...}}|||||}}}.))))}...{((((((,,(((.{{,...,)),.))),)},}))))|}}.|||}||.......{{.((((({({{..,,|},}}||,,,..,}}..,,|{{,,||{.{,||{{.((((((((....(((((.(({.(((((.(..((((..(((({{...)))))).))))..).))))).})))))))..)))))))),||||,}.}}}..))),,,..||||.||||||||||||.{{{(((.((..(((((((((.{({....,).).))}..))))))..)).))).,,})||,|||||}.})))))),,.)))))))))...))))))).}))|||.||},.|||||.||,||||||||.....}}}}}}...}))))))))).)))))...{((((((,,(((.{{,...,)),.))),}},}))))})).)))))}.......{{.((((((({{..,,|}.,}||,,,..,}}..,,|{{,,||{.{,||{{.((((((((....(((((.(({.(((((.(..((((..((((({...)))))).))))..).))))).}))))))),.)))))))),||||,}.}}}..))),,,..})}).))))})}))))).{||{((.((..(((((({((.{{,....,}.},))}..))))))..)).))),}}))}},)})))).))))))),,.)))))))))...))))))),||||||{|||{{|||||.,,..))))))},{{{{|,||||.,,,}|||||,,,.)))))...{({(((({{(((.,,.....))}.)))})}.||}|}...))))}}}}}}}......(((((((((..(((....(({....)))..)))..))))}}})))...}}}.))))))))}......,{{{.......}})))))),...}))))}}}))))))).))))))))..))).)).)))((((((((.((((((((((.(({{{{...{{,{(({(((((((((...(((,{(....}}|}}(((.,,.},,.,}.,.,},(((((((((((..(((((...))))).)).)))))))))..)))))))))...))){,,,}|||{{||||||((((((.....))))))|(({{((.{{{({,..,|{{{{,,,.)))},...{(((((({,(((.{,.....)),.)))})}.}}))}.,,}))))))}}}}...(((((((,.((((...(((.(((((.(((((((,.(((((.(((,.((((({....})))))...............))).))))).,..))).))))...))))).))).{(((.,..((((((((((.((((..(((...((((..(((((((((.(((.......(((((,((({{..(((..(((....)))..)))..}.))}..)}.)))...,,,(((((({((((((({(((,,|.,({{{|||..,,.))))}})),....)))))))..,|||,((({,{({(((,,,.,|||}|}{.(((((.,(((.,,...(((..{(((.({..(((((((.,......)))),.,))..)))))})))....,.))),,)}})}|,|.||||,||},}}}.,|,}|}}.((((((....((((((((((.(((.,.....(((((((((,,,,,....,,,{{((((((({,...........|||||||||,,,,,........((({{(((({.....}}}{(((((.....(((.(((((((....,,....,}...)))))))..)))....((((.....))))((((........)))))))))}((((....))))|,{{||||||.,,,||}||,},}})),,}),..|}||}}((((.((((.(((((((((,.,{{(...(((((....)))))....)))))))))).)))..)))).)))).,,,..||........}}},|,....((((({...})))))..,|,}}}}}}},..})))))}......((((((.{........}.))))))))))))))).,,{{|.{{{,..........}}}.|||.,(((,.....}))},,)))))))},,))))....)))))).,.||||||,||,,..,...)).)}))}|(({{{(((((....))))},)))))))))))){((((((((..{{{.(((((.{((((,...,))))}.))))).))...)))))))))(((((((((((((.((.(((((((.(((((((.((((((.({...,}.,)))))))))(((..(((((({....}))))))..))).,{{({,,,{{{,,{((((,.((.((((((.........{{...,........)))))).))..}}}}.|,,.{{{{{,,..({({..(((({(((..((((((.(((((((.....((((........,)))}.......)))).......)))))))))..))).............,)})))}).))}}.,{|{((,,{{.....{{....,,)),...|)},|))))},.}))}},}||||,,,,{{.|||{|{..,.,,|,,,.{((((({...,)))))||......,,))))}}..,))))))))).)).))...))))))))))))))))..))))))))),..))))..))))))).))))))))))...))))))))..))))))).{,,(((((,(((((((((((((((...)))}}))))).......(((((({......))},,})))(((....((((((........))))))))))))))).))))}..,}}}}}(((......))),(((((...)))))|(((....)))|{(((((.(((.((.|(((((..........))))},,)).))).)))))}.....}})))))).)))).))))))))..)))).))))))...)))))))).)).}}..,,....,,,,,...))))))}}}|,}.,,,{(({{{{...,{,((((({{{{.|||,|{{{{{({{(((((,{{(,,.,{({(((.....((((((((.{......{({.,{,{{,.||||,,........}||||,...,.}}.,.}))))))).,,,|||||.......,|}|,..|}}}}}}))}.,,..,,......|},,,,,}........,}},{{{{(.{,.{{{((((.........)))).,|||..|)))),...})))),,,}))}))...}}}}}),,)})))}))))}.)))))).})))))))))}.,,,))))))))))).((((...(((.(((.....))).)))...)))).........(((((((.(.(((,{((.......)))))).}.,),)))))..)),,))}}.,))))))))))))))}})))..)))))),,))))))))))))))...)).))))))).})))}))}..))))..)))))))..)))).).)).,)}}((((((((,{,{.{{{(({,.|||.}}},)}.,.)),.))))))))...))))),,,.)))))))..,}}))).)))}))}}))))))))},}}})))))),}},.,,,)}}}},......)))))))))))))((.((((.......))))))...((((.(((((...(((....))).))))))))){(((((((((..((((((.((((,..{(({.,((((,,{|{|,,{,.{,,,,,|||{{{.|,||{{...,{({{..((((({....))))))..|,||||.((((((({...}).)))))).)))|},},,))})))))|||||}}||....))))),,))))))))))).)))...)))))))))}........)))))).{{..(({{{(....,{{{.........(((((((((...))))))))).....,.}))),,,...)))))),,)}......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001320644.2 NCBI
GAGAAGAACCCAGCAAAAUGGGGAUCUCCACAGUCAUCCUUGAAAUGUG… 7594 nt 0.5627
NM_001377530.1 NCBI
GAGAAGAACCCAGCAAAAUGGGGAUCUCCACAGUCAUCCUUGAAAUGUG… 7984 nt 0.5641
NM_004406.3 NCBI
GAGAAGAACCCAGCAAAAUGGGGAUCUCCACAGUCAUCCUUGAAAUGUG… 5713 nt 0.5517
NM_007329.3 NCBI
GAGAAGAACCCAGCAAAAUGGGGAUCUCCACAGUCAUCCUUGAAAUGUG… 7597 nt 0.5627
NM_017579.3 NCBI
GAGAAGAACCCAGCAAAAUGGGGAUCUCCACAGUCAUCCUUGAAAUGUG… 7567 nt 0.5622
Summary

Loss of sequences from human chromosome 10q has been associated with the progression of human cancers. This gene was originally isolated based on its deletion in a medulloblastoma cell line. This gene is expressed with transcripts of 6.0, 7.5, and 8.0 kb in fetal lung and with one transcript of 8.0 kb in adult lung, although the 7.5 kb transcript has not been characterized. The encoded protein precursor is a glycoprotein containing multiple scavenger receptor cysteine-rich (SRCR) domains separated by SRCR-interspersed domains (SID). Transcript variant 2 (8.0 kb) has been shown to bind surfactant protein D independently of carbohydrate recognition. This indicates that DMBT1 may not be a classical tumor suppressor gene, but rather play a role in the interaction of tumor cells and the immune system. [provided by RefSeq, Mar 2016]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.