Basic Information

Symbol
DOCK9
RNA class
mRNA
Alias
Dedicator Of Cytokinesis 9 ZIZ1 KIAA1058 Cdc42 Guanine Nucleotide Exchange Factor Zizimin-1 Dedicator Of Cytokinesis Protein 9 Zizimin1 Zizimin-1
Location (GRCh38)
13:98793429-99086625
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366683.2
Sequence length
7631.0 nt
GC content
0.4554

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2253.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2402.47 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2345.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((.(((((...(((((........)))))..)))))..(((((((((((((((..((((((.((....((((.((((((..(((((.((...((((((((((.(.(((((..(((.(.(((((((..(((((((((((((((.........)))))).)))))))))...)).....))))).))))...))))).).))..)))))))).)))))))))).))))))).((((.((((....((....))....))))))))((((((((((...(((....)))..(((((...)))))...(((((..((((((((...(((((.(...((..((((((((....)))..)))))..))...))))))....)))))))))))))......(((((((((((((..(((((..((((((((........(((((....)))))(((((.((.(((((((.....)))))..((((((...............))))))..((((((((((((((((((.............((((....)))).(((.(((((((...(((((.(((..(((((.....)))))))).))..)))....))))))).)))((((..(.((...((((.(((((((((....(((((((((((......)))))..)))))).(((((.((((.......((((((....(((((...(((((.(((........(((........)))........))))))))...(((((((((.(((((((....(((((((((((....((((((...(((((..............)))))..(((((((((.((((((.((((((((.(((...))).)))..(((..((((((((((....)))..)))))))..)))............((((((((((((..(((((((((.((..((((.....(((((..............)))))))))..)).)))))...))))...))).(((...((......))...)))............((((....((...))....)))).(((((((((.(((....)))...))))))))))))))))))(((.......)))........(((....))).......(((((((.(((((.((((((....))))))...))))).)))))))))))))))..))))))))))))...))))))....)))))))))))...))))))))))))))))(((((((........)))..))))...))))))))))).........(((((((((.((((..(((((((((......................)))))))))..........(((.((....)).)))........))))..(((..((((((.((((((.(((........))).((........)))))))).))))))))).(((((((.....)))))))....)))..))))))....))))))))))))))))))((((.(((((((.((((((((...(((.((.((...(((......))))).)).))).))))))))..(((((((((((.(((.((((.(((((.(((((((((....(((.(((....))).)))....)))))......(((((((((((((((..(((((((((((...(((((.((.((........))))....((((((((.((((((((.(((....((.(((((((.((((((((.(.((....))).))))))))((((.......)))).((.(((.....))).))....)))).))).)))))))).)))))........((((..(((((.(((((.(((((.((.....)).))))).).))))(((((((((....).)))))))).)))))..))))..((((((((.(((.(..............((((....))))...((((.((((...(((((.(((....))).).)))).....(((((...)))))..............((((....((((((((.(((...........(((((((((((((...........(((........))).(((((((.((((........(((.....))).((((((....))))))((.(((.....)))))))))...............)))))))((((((((.((((((((.....))))).((((((((...((((((..((((((..(((........)))..))))).)..)))))).((((((..(((..(((((((((.((((((........)))).......)).)))).)))))))).)))))).)))))))).(((.(((((..(((((...(((((((.(((.....(((((.(((((((((.(((.(((........))).))).)))..).)).))).))).))....))).))))))).)))))))))).)))....))))))))))).))))))))))))).(((......)))...........)))))))))))))))....(((((..((((....(((......)))))))..)))))..))))))))....).))).))))))))...(((((.....((........))..)))))))))))))((((((..((...........))..)))))))))))))))))((((((((((...(((((..((((.((((((...................(.((((..((.(((....)))..))...)))).)(((((((.....)))))))((((((((...(((.((((((..(((((.((........)))))))..)))))).)))(((((....(((.((((((((((..(((...)))))))))....(((.......)))..)))).))).....)))))......)))))).))........((((.(((..((((..(((.........(((((.((((((((((((.((.....)).))).)))))...........(((((((((((...((((.(...((((.....(((((.(((......))).))))).((((((.........))))))))))...).))))....))))))).))))........)))).))))).)))..)))))))))))...)))))).))))))))).)))))((((((((((((....((....)).((((((..(((((((((((((((((((((((((...(((.(((...))).)))))))))..)))))))..)))).)))(((((((((..((((((((........(((((((((.((....)).)))))))))....)))))))).((..((((..........)))))))))))))))...((((........))))...(((((((....)))))))..........(((((....)))))..)))))..)))))).))))))))))))(((((.((....)).))))).)))))(((.((((....).))).))).....)))))......))))))))...(((((((((.((((((((((.(((....)))........(((((((...(((((((((.(((((((((((((.((....((((((((((.((..(((.(((((...........)))))......((((((.((..(((..(((.((..((((((((((.((((((.(.....).)))))))).))).....)))))..)).)))..))).)))))))))))..)).)))))))))).((((((.(((((.((((((((((...........................))).)))))..((.(((......((((((((((......(((((((((((....(((((((((((......(((((((.(((....(((((((.((((.....(((..(.(((.(((.(((....))))))))))..)))......)))).))))(((((((((....((((...((((((.......))))))....)).))........(((.(((((((((........))))))))).)))..(((((((((.((((..............(((.((.(((.((((.....(((((.....(((...........))).....))))))))).))).)).))).)))))))))).)))....)))))))))((((.(((((((.........)))))))))))..((.((((.....((....))..))))))..)))...)))))))))).....(((.((((..(((..(((((..((((.((((..((..(((.......)))..)).))))))))..)))))....)))....)))).))).......((((.((((....(((((((((.((((((((.((((((....))).))).....((((((((((((..((((((..((((((...(((((((((.....)))))).)))........((((((......(((((.((((((.(((((...((((.....))))(((((((((........)).))))))).((.((....)).))(((..(.((((((..(((....)))..)))))).)..))).((((((((((((.((((((((((((((((((((.....((((....))))(((....((((.((..((.(((...((((.......))))...))).)).)).))))....))).)).))))))(((((..(((((((((.(.((((((((.(((....((((((.((.((((((.(((((......((.((((..(((.((((((.((((((((......)))).(((((......).))))(((......))))))).)).)))))))..)))))).......))))).)))..............))).)))))))))))....((((......))))....(((((..((((((.....(((((.((.(....).)))))))...)).)))).)))))((((.......))))...)))))))).).))))))))))))))......((((..(((((...(((.(..(((((.(((((......)))))........)))))..).)))...)))))..))))...............))))))))))..((((((...(.((......)).)...))))))...........)).)))))))))))))))))))))))...)))))........))))))((((.......))))......))))))...))))))..........)))))))))...)))(((.((((.((((((((((((...((((((((......(((...((.....))...)))......))))))))...)))))...))))))).)))))))...((((((((((((.....))))(((((.(((((((((((...(((((....((((...................))))......)))))....)))).))))))).)))))......)))))))).....))))))))..)))))))))...)))).)))))))))).)))))..))))...)))))))((((((..(((....))).....((((((....))))))((.(((((((((........)))).))))).)).....))))))))))))))))......))).)).))...))))).)))))).)).))).)))))))))).)))))))))..)))))))..((((((((.....(((..............)))...)))))))).)))).......)))))).)))..))))))....)))))))....((((((((((.(((((..(((.........((((..(((((...((.((.(((....))).)).)).))))))))))))..)))))......(((...(((.((((........)))).))))))..))))))))))(((((((....)))))))......(((((((((((................((((...((((........)).))...)))))))))))))))))))))))).))))...(((((....))))).....((.....))...((((.........))))..(((((.(((((((((((........((((.((....))...)))).......)))))))).....))).))))).....)))))))))))))).(((((....))))).....)))))))......)))).....)))).)).)..))))..........))))))))))))))).))))))).)))))(((((((.(((...))).)))))))))))))))..)))))...)))))..........))))))))(((((((...........))))))).))).)))))))..)).))))))))))))))).((((((......(((((.........)))))......))))))....(((...((((((((((....))))))))))...))))))))).....((.(((((((((..((((((..(((....)))...))))))...))))...))))).))......((((((((((...(((((.(((((.......((((...........))))))))).).))))...)))))))))))))))...........((((.((((........)))).)))).)))))..........................((((((((((.((((.((((((((((((((((((.((....)).)))))))))..(((((..((.......))..............((((....((((.(.((((((.((..(((((((((((((((...(((((..((((..((((((.(((((((.....(((((((((((...((((.((((.((.(((((....(((.((.(((((((((..(((....)))......((((......)))).((((((....))))))......))))))))).)).)))....))))).)).....(((((.(((((((((............(((((((((((((.....))))))))..)))))......(((((((...))))))).........................((((((((....))))))))..))))))))))))))).))).))))..))))))))))).....)))))))..))))))..))))....)))))..)))).))).)))..))))).)))))))).).))))...))))((((.((.........))))))......(((((((((..........((((....))))........))))))))).)))))........))))))))).))))...))))((((((....(((((((((.(((((((.((((........((......)).......)))))))).))).))))))))).....))))))(((....))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((.(((,({(((,{(({,,..,,.,,||||,||||,..{||||((((((((((..((((((.((.{{.((((.((((((..(((((.((...((((((((((.(.(((((..(({.{.((((((((.(((((((((((((((.........)))))).))))))))).,..,....,))))).))}}...))))).).))..)))))))).)})))))}))},))))))}|(((.((((....((....))....)))))))(((((((((((...(((....)))..{{(((...}}}}}...(((((..((((((((...(((({{(...((..((((((((....)))..)))))..))..,})))))....)))))))))))))...}|,(((((((((,,(({{(((((..((((((((........{((((....))))}(((((.(({(({{{{{,,,..}}}}}..((((((...............)))))).{((((((((((((((((((.....,{,,{{{.{(({.{{.||||{{{{.({{((({,,..,.,|}|||,},,{{({{{..,,,,)))),||{,|}}|,,}}}}||||{|,,,,..))))}}...,,|,.{{{(((((({{{.(((((((((((......)))))..)))))).,((((,(((({{{{...(((((({,..,(((({..{((((.((({{{....}|||,,....,,||,....,,,,}}}}))}}...(((((((((.(((((((....(((((((((((....((((((...{{{{{.....,........))}))..{((((((((.{{((({.,(((({{{{(({{{{,,,.,..,((((,({((((((((((((,.,,.|}}}}.)}},}}}....,..||,..{{((({{({((((.,..((((((.((..((((.....(((((..............)))))))))..)).)))))}..}))))..}}}.|||...||,...,,})||||||{,......,|,,|{,,...{((..{{{{.,{{{||{(((,,,(((.,{{....))},,.)))))))))},)))),,,}}).......,||,....,..,||}...|||,......|{|||,,,|||||.{{{(((,.,.}})))).,,)}}})|))))))}}}}}}}}}.,)))))))))))}...))))))....)))))))))))...))))))))))))))))(((((((........)))..))))...)))))))))))...(((((((((((..,,((.......)).}..})))))))))))..{{{.(((.((({(........}.}}}...))}}}}..(((((.|........))))).{((,.{{{{{{.||||{(.(((........))).,,..{,,,,,||||}|}}.}}}}||||{{((((,..}}}}},)))))|{{{.,||{.{||||{{|..||}}|||,|||,||||||{..{,(((((((,({{{{{({...,{(.{{.{{...{||.,,,,,))))),}}}}}}.}}}}}},|,{((((((((((({(((........|||{(((.(((((....(((.(((....))).)))....))))).||{((((((.,{,,,....((((((((((((.......(((.....))).....)))))...)))))))(((((((((..{((((((..((((((.((((((.(((((((.......(((((({..{{((((.......)))}.||.(((.....}}}.||..,,{{{{,..,{.,...,(((({{((((..{{{{((((..(((((.(((((.(((((.((.....)).))))).),,))){((((((({....}.)))))))}.)))))..)))).....,(((,......,.,,,}........,,,......,,)},,.)))))))}}..{{,{|.|{|,...,}}.||||||,....(((((...))))}..............((((....((((((((.(((....,{,....(((((((((((((.,,,,......(((........))),{{{{{{|,||||........(((....|}}|,((((((....))))))|.,(((,....}))))}|||.....,},}}...,,}})))},(((((({{{(((({(((,....))))}.((((((((...((((((..((((((..(((........)))..))))).)..)))))).((((((..{{,.{(((((((((.{{((((.,....}.)))).......)).)))).))))))}).)))))).)))))))).(((.(((((..(((((...(((((((.(((...,.(((((.(((((,(({.(((,(((........))).))).))}..}.}).))).))).))....))).))))))).)))))))))).)))...,))))))))))).))))))))))))),||{....,,))|,,.........))))))))))))))).|||...,)))|,.,...,|||,,.})))))){(((..{(((..,.....({(((((((({{{{(,{{{..((((((,{.{{,(((((...,,...,,|||.,{,,,{{(((({.....{{.(((({....|,{{{||{{|,||{{.(({(({.{((,,((({{{(({{{{{{.||||,|,,|}................{{(.((((,{{{,(({..,,}}|,.||...}}},{,(((((((.....))))))),||||.|||||,}}})))))}.,))},))},})).}}}})),}))).},,)}}}})}}))).,|.|,.}}))).}),,,.)}}}|||((((((((,(({{,.,,{{,.....,{|((({((((((((({.,,...{{{.{{{{{{..{,,.||{,,,,|....,|{{.{......,,..,.))),,,..,,...|||||..)))))),},}}))}),)})))))}.}},||,.))))))))}||{|||||||{.,{,{{....,}}},|{{{,{||.,.,,,}}}.)}))),{{{{{{..,.,,...))))))))))))..}})))},..)))))))).)}....,,)))).)))}...)))))))..)))))).))))))..)))))......}}..))))))))),..((((....)))),,,))))))){|||{{((((((({,(((((((((((((..,(((.(((...))).)))))))))..))))))).|||||.}}}||||||{{,..,{{(((((,,....,.(((((((((.({....}).)))))))))...,}}}}}}}}.{{,,{{{{..|,},....))}))}))))))}},......{{{{{{{.{{{{({,.(((((((....)))))))...||{{...((({{...,))))}..)))},.{{(({((.{((.,,{||.{}||||{,|{,,,,)).))))),),||||.,},,|}{||{(({,(({{((((,..((((.....)))),,,))}))|(((((((({(((((({{{{.(((....)))..{{....(((((({{,.(((((((({.,((((((((((({.{(....{{{{||||||,||,,,{,||||({{({({{.,,{,|{{|{,{,...((((((.((..(((..(((.((..(((((((({{.((((((.(.....}.)))))))}.))).....)))))..)).)))..))).))))))))))).,)}.}}}}}))))),{,{{(({((((({{{((((((((.{,,.......................))}|)))}}}}|||}....||||({{{|||||{..,{{,(((((((((((,...(({{(((((,,.{(((,,(({,,..,{|}.}}|||||||,.,.||.,,,.,...{,,{{.,,,|{(({,,.||||{{({{{{||{{,.....},}|,|}}|{{((((((,.{(((..,{{.,,,{{|}...}}}),,)))}},.|||||,,,}},,.(((.(((((((((........))))))))).))).}|{{||||||,||||}.,,,,......,,|||}||,|||}{{{|,....|{{{{.}},.|||}}}},}},,,.,,,.}}}.))},})))),))),}},|||,}}}}}}}}}}.}}},...,))))))}}{(((.(((((((,........))))))))))).,((,{{{,....}}}|{||||||||,,|||,|||...,}}}}}}}},.,,..{{({(((,.,(({..((((({,(((((,({{,,((,{((({{,...,|||{,||{,},,}}}}.,|||||{{,.|||....||||,|}}..,,{{{,,{,.,,,,....,{|||||{{.||{{{{{|,|{{{||,.,,))}.|||.....|||(({{{{{{,..,{((((,{(({({{.,,{{{{{{{{{..,,,)))))},))),.......||||||,,...,||{|{.{{(((,,{{{{|{,.({{{.....,}}}(((((((((........)),})))))),{|}}}..,.))})||||}}|}|||,||}},,...,.,},}}))),,}.|{.}}||(({{{{{{||||.{{||||||{{||||||||||....{((((....))))}....,.|{{{.,.,,((.(((...((((.......))))...))).)),)).}})),},})))}))}.,))))||{||}}}||,{(((({,{(({(({,..||,,,,.||||||}||}||||||,|,,{{....{((((....)))))...,{((,{,,.||||....,,}}}|.|||||},...,},})))|||...,...,)))))}))},))))))..,|||.,..)}}..,))))})))}).}}}}.......}}}.},))))))|}},}..}}|)}}}}}}),})}}}.{((((..(((({{.....(((((.((.(....).)))))))...)).)))).))))},,,{{{{,...,)))},.,,,,,,,)})}))))),||||||,|{{,...{{{{..{(({{.{{(|,{(,...||}..}||,{.,{(((({((.........,,.)})},))))),}||||..}})),,.............||||}}|}}}.{((((((,{{,{(({{,,{,||,|{{,||||||{{..{{,{{{.||,|||}|||||||||}|||||}|||{{{,,,||{.{,....,,))))|,||}}.,,..)))),..{,,}}|}||,..,}||||,{{.......,}}}}}}||,{{||,{(({({((,((((((((((((...((((((((.(,..,(((...((.....))...))).,,}.,))))))))...)))))...))))))),|||||||...((((((((((((.....))))(((((.(((((((((((...(((((...,((((...................)))).,....)))))....)))).))))))).)))))......))))))))......})))))}..,}}|||||,..,)))).))))))}})}.})))),.,)))...|||||||(((,,,..{,{....,,},,.,.((((((....)))))),({(((((((((........)))).))))),)).....,}}))))}}}))))))..,,,.}}}}.},}}}}},,},.,},||||{|,,||,,|||}}}}|||,|||||}}}|,,|||||||..{{(({(({...,,{||.,.,,,,,,},...)))...}}))})))})),,.,}}}.,)),)})}))}.}}||}||,...,}}}}},....{{((((({,{.,{,||,,|}|||,{,,|},||{|,}||||,.,.{|.||,|||}}}}))).))}),.,))))))))..,)})))))})},..,,...}}||,,(({...{{{{{|||},||||||,,|||}||||}}(((((((....)))))))...(((((((((((.{{{{{,.......,...{{{{{...{(((,,......}}.}|.|,|}}}}..,,.,})}}}}}}},.,)))),)))))))))))||},,}}|,,,}||||..,},..,{(((.........})}},.(((((.(((((((((((........((((.{{....}}...)))).......)))))))).....))).))))).,.,})))})))))))))),(((((....))))).....,}))))}.},},))))}...,|}}}},,|||}.}}))..,.,}},,,))))))))))))))).))))})).)))))(((((((.(((...))).)))))))))))))))..))))},..})))}.........)))))))))|(((((,..,........))))))).))).)))))))).)).)))))))))))))))},|||(((((((((.{.....,.})))))))}.....{{{{|||,,,,{{{,}}||||||||||,,,,,}}}}}}}}}..|))).))))).....{{.{((((((((..((((((..(((....}))...))))))...)))}..}))))},||......|||(((((((...(((((.(((((,,.....,{{{...........}}))))))).).))))...)))))))))}))))}...........((((.((((........)))).)))).))))}{{,,,,....{{,,,...,}}}}}},|(((((((((.{(((.((((({(({(((((((((.{{....}}.))))))))),,,,|||.,{|,..{{{.,|{{,{..,,....}}..))))}..})}}|,|||||||.((((((((((,..,(({{({{....|}}}}}}}}}))))})),,||||},.,,|||||||{{|||||||||.,,{,.({,{(((({{..{((,{(.{{{{{{{,,..(((..{{{||({,..{(((({,,{{{||||,{{{{{{...,||||||{....,||||}},,),)).,,)}}..,,,))}))}}}..||||||||{{{,{{|............(((((((((((((.....))))))))..)))))....,,||||||,.,.))))))),}}.,.{,{,.....,}}..,....{(((((((....))))))))..}})))|))}}}}}}},}}||||||,,}}}|}}}}|},.|{{{|||||||.{{,{(({{{,((({(({...,}}}|||}||||.,}||,.,,,,,}})},.})}}|}))}|}|,|||||,|,.,..,},,))}))}}))}}.,,.|{{{|{{{|.,{{||,,,,{{{,,,,,}},,.....,,,)}}}))))},})))},}.,,,,.))))))))).))))...))))((((((.,{.(((((((((.(((((((.((({.,......{{......)}.......,))})))).))).)))))))))..,,.))))))(((....)))))))))..,,.....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001366682.2 NCBI
AGGCUCUGCAGACCCAGCCAGCGGGGCUGACCACUUGUGCCUGGGAAGC… 7667 nt 0.4552
NM_001366683.2 NCBI
AGGCUCUGCAGACCCAGCCAGCGGGGCUGACCACUUGUGCCUGGGAAGC… 7631 nt 0.4554
NM_001366684.2 NCBI
AGGCUCUGCAGACCCAGCCAGCGGGGCUGACCACUUGUGCCUGGGAAGC… 7700 nt 0.4575
NM_015296.3 NCBI
ACCCCGCCCCGAGGAGGCGGCCCGGCGAGUGGUCGCCGAGGGAGGCUGG… 7872 nt 0.4748
Showing 11 to 14 of 14 entries
Summary

Enables cadherin binding activity. Predicted to be involved in positive regulation of GTPase activity and regulation of Rho protein signal transduction. Located in membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the mRNA of the DOCK9 was one of six candidate biomarkers whose expression levels in cardiac tissue showed a significant correlation with the early postmortem interval at both 25°C and 35°C, though with a lower coefficient of determination than the primary marker Cdc25b [Tao et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2018.09.004].