Basic Information

Symbol
DSG2
RNA class
mRNA
Alias
Desmoglein 2 CDHF5 Cadherin Family Member 5 Desmoglein-2 HDGC
Location (GRCh38)
18:31497624-31551351
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001943.5
Sequence length
5697.0 nt
GC content
0.4121

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1582.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1691.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1384.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((....)).))))((((((((..(((.(((...))).)))(((.((..((((.((((((.((((((.....(((((..........)))))...))))))..(((((((.(((.(((((((.....(((..((((.....))))..))).....)))))...............(((((((((((.....(((((((((((.(((((....)).))))))))).....((((((........)))).))..)))))((((((((((..((.(((..((((.(((((........)))))))))........))).))................(((((((((((((.............)))))).(((((..(.(((((......((((((((((....(((((((...)))))))...((((((((..........(((((((((......(((.(..((((....))))..).)))...))))))))).((((((.((...)).))))))))))))))..(((.((((.....((.(((....))).)).)))).))).((.((((((((....(((((...((.((((......)))).))....))))).)))))))).))(((((((.......((.((...(((....(((.....))))))....)).)).....)))))))))))))))))....((......)).....))))).)..)))))..)))))))...)))))))))).))))....))))))).......))))).)))))))((((((((((((....(((((((((......)))))((((((..((((((((((((.......(((((((((...((((((((((((((.((((((((......(((((((((((..((((...(((((((((((((.....(((((((((((((....))))..((((((((((((((..(((((((...))))..)))..))))..)))))))))).((((((((......))))))))(((((((.((((..(((............((((((((((.((((...)))).............(((((((((.....(((((((..(((.....((.(((.....))).))....))))))))))(((((((........((((..(((((....(((....(((((..((((......(((((((((((((.....((((.((((((((((((((....((((((..((.(((((((..((((((((((((((((.......(((((....))))))))))))((.((((..((((....))))....((((((..((((.....(((((.((((((((......))))))))...)))))..))))...........)))))).....)))).)))))).)))))..)))))))...(((((.((((..((....))..)))))))))......((((((((..((((...(..((((((((....((((..((((((((((.....)))))...((((((..((.(((((((((((((.(((((.....(..((((.((((...))))))))..)...))))).)))..(((..(((....)))..))).(((...((((((((((((......((.((((((...((((((((..............((((((((.............))))))))((((.....(((((((.....((((((((........((((((((((((((......))))))))........(.((((.....)))).)...(((((((((...)))))))))..(((..(((((((((((.((((..((.....))..)))).(((((.((((((...((((.....)))).(((((((....((((....(((((((...(((((.((.((((..((((.((((...)))))))))))))).))))).((((((....((((((((.((.(((((((..((((.(((((((((...(((((..(.(((((((((.......)))))))))).)))))....)))).))))....).)))).))))...........))).))...)))))))).....)))))).........((..(((((((((((((((((......(((((........)))))..)))))).((((((((((.............)))))))))))))))))))))))......)))))))...))))...)))))))..................)).).))).))))).(((((((((......)))...))))))..)))))))))))))))))))).......))))))))......)))))))......))))((((.......))))..(((....))).....)))).....))))...))))))..))...)).))))))))))..)))......))))))))))))..))))))..)))))))))..))))).)))..).))))..))))))))(((((..................(((((((...((((((((........)))...............(((((((((((..(((((((((((((....(((.((((......)))).)))...)))))).)))......))))...((((((...........))))))((((.((((((.((((.(....((((((((.........))))))))..).))))..)))...))).)))).((((((((((((((((.(..((((......((.(((((((((.(((.(((.(.((((((((........(((((((.................))))))).(((.......)))........(((((...((((.......)))).)))))))))..)))).).))).))))))))).))))).((((((((....)))))..))).(((((..((...(((((((.((((((((((((...(((.........))).(((((((((((...))))...(((((.(.(((.((((((...)))))).((((((......))))))......))).))))))..)))))))(((((((((((..(((......))))))))))......((..(((((.((((((((((((((......(((((...(((....)))...)))))....(((((((.((((((.((...((....(((((.......)))))....)).)).)))))))))))))....(((((.....)))))((((((((...(((((...((((..................))))..))))).))))))))............)))))).)).))))))...)))))....)).(((((.......)))))...))))........)))))))))............))))))))))...))..)))))))))..)))).......)))))))........)))))).............(((.((.........))))).....))))))))))))))))...)))))))....))))).........))..))))))))))))))))))))..)))))))))))...(((.....))).....(((.((......)).))).(.((((.(((((...))))))))).)........((((..(((((((((..((..(((((((.((...((((((..((((((........))))))..))))))..)).))...............)))))..)))))))))))))))..((((.....)))).)))))).....)))))))))...(((.(((((((.(((.(((((((((....)))))))))..)))......(((.(((((....))))))))(((((..(((((((.........)))))))......)))))..))))))).)))((((((((.(((.....))))))))))).........(((((((((.......)).))))))))))....)))))..))))..(((((....((((((....)))))).....)))))..(((((((((((.(((..(((((((.((((((.(((((....)))))))).....((((.(..((((...........))))..)))))(.(((((((..(((.....((((((....)))))))))((((((.((((..((((((...((((((....((((..(((((((...((....))...)))))))))))..)))))).....))))))..)))))))))).........(((.((((((.....................)))))).)))...))))))).)....))).)).)))))..))))))))))....)))).........(((((((..(((((...)))))...)))))))..((((((((((((..........))))))))))))))))))).....((((((((((((...((((............(((((((.....)))))))...((((.((...(((....)))))))))..(((((((...))))))).............)))).....)))))))))))).......)))))))))..)))))))).)).............))).)))).)))))))........(((((((...........)))))))(((((((.....))))))))))))))))(((((....)))))........................)))))))))))))...)))).....)))))).....)))))....)))))))).......(((((......)))))))))))((((..((((((((..(((..((((((((....))))).)))...)))..))))))))..))))....((((((((.(((..(((((((......((((.((......)))))).)))))))...)))...))))))))....((((((((((...))))))))))..))))))))((((((((((........(((((.(((((((((....)))..)))))).)))))..))))).)))))...)))))))))))))).)))))..(((((((.....)))))))......)).))))))))))....))))))))))))...........(((((.(((...........((((...(((((((((..(((((........(((((....))))).)))))..)))))))))....))))))).)))))...)))))).))))..)).)))((((....)))))))))))).....(((.((((((.(((((..(((((......)))))...))))).)))))))))..............((((((.(((..((((((((....))))).))).))).)))))).(((((((((((((.((...((((..((((((((((.(((((((..(((((((...............)))))))......)))))))..)))))))(((((...))))))))..)))).))))))).))))))))((((((..(((.(((((.......))))).))).))))))..)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({((((((....}}.))))((((((((..(((.(((...))).)))(((.((..((((.((((((,((((((,.,,,(((((..........))))),,.)))))).,{((((((.(((.(((((((.....(((.,((((,...,))))..))).,...)))))...............(((((((((((....,(((((((((((.(((((....)).)))))))))..,{.({((((........)))).))}.)))))|(((((((((..{{.{({..(((,{(((((.{,...,})))))))),........}}}.}}................((((((({(((((,............)))))).((({{..{|((({{....,{((((((((((....(((((({...})))))),{,((((((((..........{((((((((...,,,(({.{.|{{{|...,)}))}}),))}..,))}}}}}},.((((((.((...)).)))))))))))))}.,|||.{((({.{,.((.(((....))).)).}})).)))}|(.((((((((....(((((...{{.((((......)))).}}....))))}.)))))))).)}(((((((......,(,.((,,,(((....{{,.....))}))).,,.}}.)).....)))))))))))))))}|||.,{{......,},,..,))))).)..)}}}}..)))))))...)))))))))}.))))....))))))).......))))).))))))}((((((((((((.,..{((((((((,,....}}}}}|,{{,,..,,{{{{{{{{{{......,(((((((((.,,(({((((({{{({{.((((((((......(((((((((((.(((((...(((((((((((((.,,,,,,{{|{{(({({.....)))}..(((((,((((((,({{((((((....{{|{..,||{{{|},..,))))))}||.((((((((......)))))))),{{((({.,(((,,((({...,.......{({{{{(({{.({({...}}}|,,,,,{{{,,{,,,,..,|{{,...,}|{{{|||,,{{{..|..((.(((.....))).))....)))})}))},,{{(({{{.......{{||,.{{{{{...,{{,....||{{,.,|||{....{{({,,((((((((({....,{{,.((((((((((((((....((((((..{,.(((((((..(((((((({{{,(((({{,....{{{{{....}}}}}}}}}))){{,{((,..((((....)))).,,.((((((...,,{,,..,((((,.((((((((......))))))))...}}}})}|},,},}}}..,,,..)))))}.....,}}}.,,})))}}))))..)))))))...(((((.((((..((....))..))))))))).,,.,.{(((((((..((((...,..((((((((....((((,.{(((((((((.....)))))...{(((((..,(,((((((((({(((.(((((.....{..((((,{(((...))))))))..),,.))))).))).,(((..(((....)))..))),|{{...((((((((((((......{{.((((((...((((((((..............{(((((((.............)))))))|((((.....(((((((.....(((((((({{.({,..,|||,|}|((((((......))))))|{{{(((({.({(,(({..,{|,||.,...(((((((({...})))))))){(((({{({(((((((({.,{,..,|.|,}}.}).|)|)},}||||({{{{{{.||{||{{,...,))||{{,,,.,,((((((((((((((((,(((.(((((.((.((((..((((.((((...)))))))))))))).))))),|||{...(((((,..(((((({,{,.{({((((.{{,,||{{{,|...,,{,|}}|,(((((((((.......)))))))))),}))))}})))))).).,}...))))).}}}||..,.,,.......)))))))))),...))))))||,,||{.,..{{{,.{(..(((((((((((((((((.,{...(((((.{....}.))))),.)))))).((((((((((.............)))))))))))))))))))))}}..,,,.,.}))|||.}})))}}}.))).))}.}}}}}}}})..,....,||,..}}{||{|,,,|||||||.|,|.,.}}}},.,,))||,||||||},}}))))),)))),.......,)))))))...,,.)))))))......))))((((.......))))..(((....))).....)))).....))))...))))))..}....)),})))))))))..}|},...}},)))))))))))}.))))))..}))))))))..))))).)))..}.))))..)))))))}{{{{,.,,,,,,...{{{,....(((((((...((((((((........)))...............(((((((((((..,,,,(((((((((....(((.((((......)))).)))...)))))).)))......||||...,(((((.........,.)))))}(({{.((((((.((({.,....((((((((.........))))))))..,.})))..)))...}}).}))),{{{{(((((((((,,,{({{{{{{.,....((.(((((((((.(((.(((.{.(((((((({.......(((({{{,.....,..........}||||||((((.......,......,,}.|||||}}.{(((,,.....))}).)))))))))..)))).).))).))))))))).))))).({{(((((....)))))..})),{((((..{{...(((((((,{(((((((((((...({({......,{||,.(((((((((({...))))...((((({(.(((.((((((...)))))).((((((......))))))......))).))))))..)))))))|||,{((({{{..||{..,,,,|}}}}})})}......||..(((((.((((((((((((((.,....(((((...(((....)))...)))))....(((((((.((((((.{(...((....(((((.,....,)))))....}}.)).)))))))))))))....(((((.....)))))((((((((...(((((.,.((((.,,..,,....,,..,,.)))).,))))).))))))))...........,)))))).},}))))))...)))))....}}.(((((.......))))),,,))))........)))))))))............}}})))))))...,,..))))}))))..,))),}}}..}}}}},}}........)}))))..........|||||,.||}........,}))),....))))))))))))))))...)))))))..,})))},..,,,,,..})..))))))))))))))))))))..,}}))))))))},.{||..,..})).....,||,||......,,.|||.{.{{({|{((({...))))))))).).,,},.}}}|||..,||||{,||}}|,,}||||,|,,|},..((((((..((((((........))))))..)))))).....|,...,,,,,,,....,)))))|,,,|||||,|||{||...,((({{{{{||}|.,,,|||,.,..|||}|||{|,{{,{{{,,{{{{{{((,.(((((((((....)))))))))...........{{{.(((({....})))}}}}||||{.{{{|||,..,|}},.,,}))))},.,,|||||||}|..((((((...{((((((((.(((.....)))))))))))).)))))).||{||||||}}.....}|,||}||||.||{{.,||||,.{|||,..(((((....((((({....}))))).....)))))..(((((((((((.{((..(((((((.((((({,(((((....)))))))}.....(({({(..((({...........))))..))))),,(((((((..(((,....{(((({....}))))))))((((((.((((..((((((...((((((...,((((..(((((((.{,{{....})}..)))))))))))..)))))).....))))))..)))))))))).........(((.((((((.......,,....,.,.....)))))).)))...))))))).,....))).)).)))))..)),)))))))...,)))}.........{(({{((.,{{{{,....}})},|.))}}})},.((((((((((((..........)))))))))))).,.,||,.....((((((((((((...((((............(((((((.....)))))))..,((({,{{...(((....)))))))))..(((((({...})))))).............)))).....)))))))))))),{{{{.....)))))}}}))},,,,,})),...,,,,,....)))}}})),),}))))...,....(((((((..,,...,,..))))))).(((((...))))))))))))))),,,,|||||,..,)))),....,,,.................}))))))))))))...))})..}}.)))))).....)))))....))))))))...,,,{(((((......)))))))})))|{{{,.{{{{{{{{..|||,.((((((({....||}}}.|||,,.}}|..}}}}))))..)))),...{(((((((.(((.,(((((((......(({((((......))))}}.)))))))...)))...)))))))}....((((((((({...})))))))))..)))))))){(((((((((........(((((.(((((((((....}))..)))))).)))))..))))).)))))...)))))))))))))),)))))..(((((((.....)))))))......|,.,}|,,},}}},,,.)))))))))))),..,.....,,|||{{.{{{,.,,{{{{,..{{((...(((((((((..(((((...,....{{{{{....,}))}.)))))..))))))))),}}}},}}))),)))}},,,)))))).))))..)).))){{((....))}})))))))).....{{{.((((((.(((((..{((((......)))))...))))).))))))}||,.......,,},..{({{((,{{({.(({{((((....}}))).))).)),.))))}}.{(((((({(((({.{{{..((({..((((((((((.(((((((..(((((({.,..,,.....},..})))))),)}...}))))))..)))))))(((((...))))))))..}))).))))))).}))))))}((((((..(((.(((((.......))))).))).))))))..,))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001943.5 NCBI
GAGGAGCCGAGUGCGCGCUCGGGGCAGGCGGCGGCGCGGAGCGGUGCGG… 5697 nt 0.4121
Summary

This gene encodes a member of the desmoglein family and cadherin cell adhesion molecule superfamily of proteins. Desmogleins are calcium-binding transmembrane glycoprotein components of desmosomes, cell-cell junctions between epithelial, myocardial, and other cell types. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate the mature glycoprotein. This gene is present in a gene cluster with other desmoglein gene family members on chromosome 18. Mutations in this gene have been associated with arrhythmogenic right ventricular dysplasia, familial, 10. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the rs397729601 deletion allele in the DSG2 3' UTR is significantly associated with an increased risk of sudden cardiac death (SCD) in a Han Chinese population, with an odds ratio of 1.51 [Zou et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2019.06.008].