Basic Information

Symbol
EDA
RNA class
mRNA
Alias
Ectodysplasin A ED1-A1 ED1-A2 EDA-A1 EDA-A2 XLHED EDA1 XHED EDA2 HED ED1 Ectodysplasin-A Oligodontia 1 ODT1 X-Linked Anhidroitic Ectodermal Dysplasia Protein Ectodermal Dysplasia 1, Anhidrotic Tumor Necrosis Factor Ligand 7C Ectodermal Dysplasia Protein EDA Protein STHAGX1 TNLG7C ECTD1 HED1
Location (GRCh38)
X:69616067-70039472
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001399.5
Sequence length
5235.0 nt
GC content
0.5247

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1985.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2065.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1024.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001005609.2 NCBI
CCCUUUCCCACCCCUCGGAGUAGAGCUGCACAUGCGGCUGCUCCCUGCU… 5229 nt 0.5250
NM_001005610.4 NCBI
CCCUUUCCCACCCCUCGGAGUAGAGCUGCACAUGCGGCUGCUCCCUGCU… 853 nt 0.6049
NM_001005612.3 NCBI
CCCUUUCCCACCCCUCGGAGUAGAGCUGCACAUGCGGCUGCUCCCUGCU… 5220 nt 0.5253
NM_001005613.4 NCBI
CCCUUUCCCACCCCUCGGAGUAGAGCUGCACAUGCGGCUGCUCCCUGCU… 937 nt 0.5827
NM_001399.5 NCBI
CCCUUUCCCACCCCUCGGAGUAGAGCUGCACAUGCGGCUGCUCCCUGCU… 5235 nt 0.5247
Summary

The protein encoded by this gene is a type II membrane protein that can be cleaved by furin to produce a secreted form. The encoded protein, which belongs to the tumor necrosis factor family, acts as a homotrimer and may be involved in cell-cell signaling during the development of ectodermal organs. Defects in this gene are a cause of ectodermal dysplasia, anhidrotic, which is also known as X-linked hypohidrotic ectodermal dysplasia. Several transcript variants encoding many different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the EDA is a marker for microglia/macrophages, with its expression used to identify these cells co-expressing VEGF in the perilesional area of a brain contusion, showing a delayed maximum level [Sköld et al. DOI:10.089/neu.2005.22.353]. In a spinal cord contusion model, upregulation of Flt-1 and Flk-1 mRNA was induced in ED1-positive microglia/macrophages infiltrating the lesion by day 3 post-injury [Choi et al. DOI:10.1369/jhc.6A7139.2007].