Basic Information

Symbol
EDA2R
RNA class
mRNA
Alias
Ectodysplasin A2 Receptor TNFRSF27 XEDAR EDA-A2R EDAA2R Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 27 X-Linked Ectodysplasin-A2 Receptor X-Linked EDA Receptor EDA-A2 Receptor Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member XEDAR
Location (GRCh38)
X:66594384-66639298
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021783.5
Sequence length
3455.0 nt
GC content
0.4547

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1053.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1118.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 916.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199687.3 NCBI
GCUGUUGUUGCUACACGUGGAUGUGAAAUGAGUCAAGCGGAACUUUGAU… 3440 nt 0.4506
NM_001242310.1 NCBI
CCUUCCCACCAUGGAUUGCCAAGAAAAUGAGUACUGGGACCAAUGGGGA… 3434 nt 0.4508
NM_001324199.2 NCBI
GGGUGAGAUGUGUGCUCUGCGCUGAGGUGGAUUUGUACCGGAGUCCCAU… 3099 nt 0.4437
NM_001324201.2 NCBI
GCUGUUGUUGCUACACGUGGAUGUGAAAUGAGUCAAGCGGAACUUUGAU… 3360 nt 0.4476
NM_001324204.2 NCBI
GGGUGAGAUGUGUGCUCUGCGCUGAGGUGGAUUUGUACCGGAGUCCCAU… 2901 nt 0.4364
NM_001324205.2 NCBI
GGGUGAGAUGUGUGCUCUGCGCUGAGGUGGAUUUGUACCGGAGUCCCAU… 2895 nt 0.4363
NM_001324206.2 NCBI
GGGUGAGAUGUGUGCUCUGCGCUGAGGUGGAUUUGUACCGGAGUCCCAU… 3461 nt 0.4548
NM_021783.5 NCBI
GGGUGAGAUGUGUGCUCUGCGCUGAGGUGGAUUUGUACCGGAGUCCCAU… 3455 nt 0.4547
Summary

The protein encoded by this gene is a type III transmembrane protein of the TNFR (tumor necrosis factor receptor) superfamily, and contains cysteine-rich repeats and a single transmembrane domain. This protein binds to the EDA-A2 isoform of ectodysplasin, which plays an important role in maintenance of hair and teeth. Alternatively spliced transcript variants encodes distinct protein isoforms. [provided by RefSeq, Apr 2016]

Forensic Context

A study in humans identified the EDA2R as a protein-coding gene whose expression increases with age across multiple tissues [Ren & Kuan DOI:10.1371/journal.pone.0237006]. Further analysis of human transcriptome variation confirmed that the expression of the EDA2R increases with age, and its ligand, EDA, has been associated with age-related phenotypes [Melé et al. DOI:10.1126/science.aaa0355].