Basic Information

Symbol
EDN3
RNA class
mRNA
Alias
Endothelin 3 ET3 Preproendothelin-3 Endothelin-3 PPET3 ET-3 HSCR4 WS4B
Location (GRCh38)
20:59300415-59325992
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_207034.3
Sequence length
2452.0 nt
GC content
0.5057

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-814.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -859.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 569.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001302455.2 NCBI
GCGCAGGGAUGGGCAGCGCGCUCUGAAAGUUUAUGACCGCCGCAGCCAA… 2456 nt 0.5057
NM_001302456.2 NCBI
GCGCAGGGAUGGGCAGCGCGCUCUGAAAGUUUAUGACCGCCGCAGCCAA… 2406 nt 0.5075
NM_001424361.1 NCBI
GCGCAGGGAUGGGCAGCGCGCUCUGAAAGUUUAUGACCGCCGCAGCCAA… 2466 nt 0.5065
NM_001424362.1 NCBI
GCGCAGGGAUGGGCAGCGCGCUCUGAAAGUUUAUGACCGCCGCAGCCAA… 2491 nt 0.5066
NM_001424363.1 NCBI
GCGCAGGGAUGGGCAGCGCGCUCUGAAAGUUUAUGACCGCCGCAGCCAA… 2517 nt 0.5070
NM_207032.3 NCBI
GCGCAGGGAUGGGCAGCGCGCUCUGAAAGUUUAUGACCGCCGCAGCCAA… 2487 nt 0.5066
NM_207033.3 NCBI
GCGCAGGGAUGGGCAGCGCGCUCUGAAAGUUUAUGACCGCCGCAGCCAA… 2410 nt 0.5075
NM_207034.3 NCBI
GCGCAGGGAUGGGCAGCGCGCUCUGAAAGUUUAUGACCGCCGCAGCCAA… 2452 nt 0.5057
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the endothelin family. Endothelins are endothelium-derived vasoactive peptides involved in a variety of biological functions. The active form of this protein is a 21 amino acid peptide processed from the precursor protein. The active peptide is a ligand for endothelin receptor type B (EDNRB). The interaction of this endothelin with EDNRB is essential for development of neural crest-derived cell lineages, such as melanocytes and enteric neurons. Mutations in this gene and EDNRB have been associated with Hirschsprung disease (HSCR) and Waardenburg syndrome (WS), which are congenital disorders involving neural crest-derived cells. Altered expression of this gene is implicated in tumorigenesis. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Oct 2014]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.