Basic Information

Symbol
EFL1
RNA class
mRNA
Alias
Elongation Factor Like GTPase 1 FAM42A HsT19294 EFTUD1 RIA1 Elongation Factor Tu GTP-Binding Domain-Containing Protein 1 Elongation Factor Tu GTP Binding Domain Containing 1 Elongation Factor-Like GTPase 1 Elongation Factor-Like 1 FLJ13119 Ribosome Assembly 1 Homolog (Yeast) Ribosome Assembly 1 Homolog Protein FAM42A EC 3.6.5.- SDS2
Location (GRCh38)
15:82130206-82262773
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024580.6
Sequence length
3643.0 nt
GC content
0.4494

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1071.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1139.30 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 950.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((..((.((..((.((..((((((((.((((((((((((.((((....)))).)))))....))))))).))))((.......))....((((((((.((((((((((((((....((((..........((((((...((((((.((((((...((....))...))))))........(((((...((.((....)).))..)))))...)))))))))))).........)))).(((.((((((..((((((((..((((......))))(((........)))..))).)))))...))))))))).((.(((((((((((((...))))).....................(((((.((((((.......)))))).(((((((((((((......((((((((.((((((((.((((((..((((((...((((((.(((((.....((((((.....))))))......))))).))))))...).)))))...))))))...(((..(((((.(.((((((.(((((((.........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))).......(((((.(((((..((((((..((((((.((((((.......))))))....................(((((((((.((((((...((((((......))))))))))))(((((((((..(((........)))((((....)))).......(((((.(((((((((((((((((((((((...((((((...((.(((...))).))....))))))))))....((((.(((.((((.......(((((((((((.((((((((((.......)))).).)))))...)))))..(((((....)))))......((((...(((....)))..))))((((........))))...........((((.....((((((.....)))))).))))(((((.......)))))..)))))).(((((((.((((........((.(((((.(((....((((((.....))))))....................(((.((((((..((.((........)).)).)))))))))..))).))))))).....)))))))))))((((((.......))))))))))))).))))....((((((((((.((..(((((((..(((....)))....)))))))..))....(((((((.(((((..((((.(.....).))))....))))).)))))))(((((.........((((..........)))).........))))))))))))))).))))))))))).))))))))))))).......((((((((((.((..((((((((.((.......)).))))))))..((((((.((.(..((((((((((.((.(((((((((((...((((((.((........(((.(.(.((((((((...((((((((((((..((.......(((((.....)))))......(.(((....))).)))..))))).))))..........(((.(......).))))))...)))))))).).).)))........))...))))))..))))))..))))).)).....(((.((.(((((.((((.((((......)))).)))).)))))))..))).....(((((.((.(((((((((....((....))))))((((((..(((.((((.(((((......((((......((.....((((((((((....(((...(((((((((((((((((..(((((...))))).((((....)))).....(((.(((..((((((((..((((((.((((((((..(((..(((........((((((.((((.....((((.....(((((((((.(((((((...(((.(((((......).)))).)))(((((..((...(((....)))...))..)))))........(((((((....((((..((((((((.(((((((.(((.((.......)).))).))))).)).)).............((.((((........)))).))...)))))).)))).........((((((....((((.(((....))).)))))))))).))))))).............................)))))))..))))..)))))......))))(((........))))))).).)))))........)))...)))..))))))))..))))))..))).........(((((((((.............................))).)).))))))))).))))))..))))))).(((.(((((((((((...)))).........)))))))..)))....(((((((..(((..(((((((.......)))))))..))).))).))))...))))))))))(((((........))))).......)))....))))))).))))).....))))......)))))..))))..((((((....))))))...((((((........))))))...(((((((((.....(((((....)))))....))).))))))....)))..))))))....(((((....)))))..))))).)))))))))))))))))..).)).)))))))).).))))).)))))))))))))..)))...))))))..))))))..)))).))..))))))))))...))))).))))............((((..(..((((((.((.(((((((.......(((((((............)))))))((((..........))))...)))...)))).))))))))..).))))(((((((.(..(((..(((..(((((........))).))..)))..)))..).)))))))))).........))))..........))).))))))...).)))))..)))..(((...(.((((((((...((.(((....)))))..))))).))))...)))..)))))).))..)))))))).((.((((....)))).))..)))))))))))))................)))))......)))))))).))..))))))..(((((.((.((((...(.(((((...))))).)...)))).)).))).)))))))))).))))))))......(((((((...((((((((......))))))))....(((((.((((.....)))).))))))))))))((.(((((.(((....((((.......))..))...))).))))).))...)))).)).))..)).))..))))))(((((((((..((..((..(((((....(((((...((.(((....))).))......(((...(((((.......)))))...))).(((((...((((...........)))).)))))........(((.((((.....)))).))).......)))))...)))))..)).......))..)))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(((((..((.((..((.((..((((((((.((((((((((((.((({....}))).))))),...,)))))).))))((.......)).,.,((((((((.((((((((((((((....((((.....,,,..(((((({..{(((((.((((((...((....))...))))))........((((({{.((,{,....))}))}.}))))...)))))))))))).....,,..}))).(((.((((((..((((((((..((((......))))((({{...,,.)))..))),}))))...))))))))).((.(((((((((((((...))))).....,...,,|.,|..{,{{(((((.((((((.......)))))),||(((((((((((......((((((((.((((((((.((((((..((((((...((((((.(((((.,...((((((.....))))))...}..))))).))))))...),}))))...))))))...(((..(((((.{.((((((.((((((..(({,....,{.{((({,(,{{((((((((((...)))))))))).,,.,.}||},|.||..})))..))|..{(((((((,{{{{..,,,,,||,,|,{(((((((((((.....{(((((({{(((.((((((,..((((((......))))))))))))(((((((((.,(((,..,,,..|||((((..,,||||.,,,,,.((((({(((((((((((((((((((,((,,{{((((((,,.{{.{{,.||}},,||,{,,,||{|||||}..||((({.,{{,((({...,,||{{(({{(((((.((((((((((.......)))).}}}))))...}))))..(((({....}))))..,...,(((...{({,,.,)},..}))}||||,},,....}|,|,..........((((.....((((((.....)))))).)))){((((.......)))))..}}}}},.(((((({{((((........((.(((((.{((.,..((((((.....}}}})},,,,},...,,.........(((.((((({..((.{{........},.}).)))))))))..))).))))))),,...)))))))))))((((({.,....,)))))),,}}))}.}}}},|,||||||||||,.||},((((({{..(((,,,.}||....||}|}}}..,},,.{{((((((.(((((..((,({{.,...},}})),,..))))).))))))}|{{{{.......,,{||{.,||...,}})))}..,,....,))))))))}}})})),))))))))))),}))))))))))))....,,}||((({{{{,,||..((((((((.((.......)).)))))))).,({{{{,.,,.{..{{,((((,((.((.((((((((((((......((.(((({.....,}))))}}.(((((((((,,{{(((((((((..((,.{{{,...{|||.{{,,,,,.....,,|.{{{....))},,))..))))).)))).}((((,,((((({{..........,}}...))))))))))..{({{({...,........,))))),...(((((((((.(((((({.,(((((({(((((.((((.((((.....,)))).)))).))))),,..,.}.....,||||.||....,,,..(((({...,{(((((.{.(((......,.((,(((((((......(((..{{{{(((,,{.,{||||((((((...((.{{.((((((,,,,}}}||}..}|,||....)))))}|{||,,,.}))),,...})))),,.))}...))))))),||,,(((((({{..,||,,}||,,....})).|.}))))|......})))).....,,}}}||})|{{{,{((({(((.(((((......).)))).))).}))),....})))))).)))}}}}))).{{{|{({,,...,{|..,,,..||{.,....}})|))),})))))))|((.((.......)).))}...((((((((.((((..(((((,.{{.(((....}}}.(((((((.(({{{{{{{{({||,........{{(((({{..,(((.({{.,,.||}.,|||||}}}}.,,,,,,},})}}),,......,,...............|||||{.,,))}}))}},......})}},||.((,....,))))})|||}.,,,....}|,.......))}..))),.})).)))))))..,,,..}}})))}..)))).)))..............)))))......))))}}))))))))}}))}}))),}}..,,(((((((((...{{{...,.|.)))))))))......}}))))}}}))),.,||,{|||{}}|||..(((((((.......)))))))..,,|,|||,||||.,,||||,{{{..(((((,......})))))..}}}..,,}....}||}},}..,.{{{...,)))....||||},.,..)}}|,,(({(((,,,,||||}}.,,((((((........))))))...(((((((((.....{(({(....})))).,..))).))))))....|,},,}}|||,....(((((....))))),.}},},.}})}}}})))))}))))..).,}}))))))||,..,,,}},)),.))))))))),,}||.,,}|||||}.}}})))},))))))).,}.)))))))))}}}...}.|,,|,,..,.....}}|}))..,..(((((,,((.(((((((......,(((((((............)))))))|(((..........))),...)))...)))).)))))))).})))))){((((((,({.(((..(((..(((((........))).))..)))..)))..)}))))))}|{.,,{,....,))}..,.......}))).))))))...}.)))))..)))..,{{.,{(.((((((((.,.{{.(((....))))),.))))).))),.},))}}.)))))).))..)))))))).((.((((....)))).))..)))))))))))}}.....,,,.,}.....,})}),.....)))))))).))..))))))..{((((.((.((((...{.(((((...})))).}...)))).)).))).)})))))))).)))))))).,..,.,{{{{{,...((((((((,....,))))))))...{(((((.((((.....)))).))))))}}}}}}{{.(((((.(((....({{(.......}}..}}...))).))))).)}...)))).)).))..)).))..)))))}(((((((((..,...{({,((({{{,,.{{(((,,.((.(((....))).}}......,((...(((((.......)))))...}||{((((.{{{.(((((({........,.,...)))}}}}.}}}.||}||||,,,.}})))}),,,,,.,}}))))),,.}}}||,,||,,,.,,})),,)))))))))..........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001040610.3 NCBI
AGCCGGCCCCGCCCCCUGGCGCGCGGGCGUGUCGGACCCGCAGAGCUCU… 3490 nt 0.4493
NM_001322844.2 NCBI
AGCCGGCCCCGCCCCCUGGCGCGCGGGCGUGUCGGACCCGCAGAGCUCU… 3558 nt 0.4497
NM_001322845.2 NCBI
GGCGGGAACAGGGGCUGGGGCCGAGCGCGGGCUGGGAGCUUCGGUCCCC… 3914 nt 0.4512
NM_024580.6 NCBI
AGCCGGCCCCGCCCCCUGGCGCGCGGGCGUGUCGGACCCGCAGAGCUCU… 3643 nt 0.4494
Summary

Enables GTPase activity and ribosome binding activity. Involved in GTP metabolic process and cytosolic ribosome assembly. Predicted to be part of ribonucleoprotein complex. Predicted to be active in cytosol. Implicated in Shwachman-Diamond syndrome. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A longitudinal mRNA expression analysis in post-mortem human blood samples demonstrated that the EFL1 (EFL1), a transcription factor activating LYN and BLK promoters, was included in a down-regulated gene cluster and exhibited a negative coefficient in a generalized linear model with elastic net restriction developed for post-mortem interval (PMI) prediction [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z]. This model, which incorporated the EFL1 among other transcripts, achieved a root mean square error of 4.75 hours in cross-validation, indicating its utility as part of a multivariate biomarker panel for estimating the time since death.