Basic Information

Symbol
AGRN
RNA class
mRNA
Alias
Agrin Agrin Proteoglycan CMSPPD AGRIN CMS8
Location (GRCh38)
1:1020120-1056119
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_198576.4
Sequence length
7326.0 nt
GC content
0.6758

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3580.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3699.74 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2306.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001305275.2 NCBI
AGUCCCGUCCCCGGCGCGGCCCGCGCGCUCCUCCGCCGCCUCUCGCCUG… 7395 nt 0.6751
NM_001364727.2 NCBI
ACUCACCUCCCCAGCCCCGCGGGGACGAGGGGAGCUGGAGGGAGCCCGG… 7533 nt 0.6809
NM_198576.4 NCBI
AGUCCCGUCCCCGGCGCGGCCCGCGCGCUCCUCCGCCGCCUCUCGCCUG… 7326 nt 0.6758
Summary

This gene encodes one of several proteins that are critical in the development of the neuromuscular junction (NMJ), as identified in mouse knock-out studies. The encoded protein contains several laminin G, Kazal type serine protease inhibitor, and epidermal growth factor domains. Additional post-translational modifications occur to add glycosaminoglycans and disulfide bonds. In one family with congenital myasthenic syndrome affecting limb-girdle muscles, a mutation in this gene was found. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Mar 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the AGRN protein and mRNA expression increased in the hippocampus following traumatic brain injury, with a more robust increase and defined boundary formation for sprouting axons observed in a successful synaptic reorganization model (UEC) compared to a failed recovery model (TBI-BEC) [Falo et al. DOI:10.1089/neu.2008.0511].