Basic Information

Symbol
EIF1AY
RNA class
mRNA
Alias
Eukaryotic Translation Initiation Factor 1A Y-Linked Eukaryotic Translation Initiation Factor 1A, Y-Chromosomal Eukaryotic Translation Initiation Factor 1A, Y Chromosome Eukaryotic Translation Initiation Factor 4C EIF1A Y Isoform EIF-4C EIF-1A Y Isoform
Location (GRCh38)
Y:20575694-20593154
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004681.4
Sequence length
1339.0 nt
GC content
0.3458

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-303.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -330.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 313.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......))).))........(((((.((((((((...(((((((((.((.((((((....(((((((.......(((((((((..(((.((.((((..........))))..)).)))..............(((((((.(((((((....(((......)))..(((.((((((....(((.((((....((((((.(((((((....((((((...((((((..((((((((((((...)))))).(((((((((.....)))))))))..(((.((((((...........(((((.......((((((((...((((.(((((.(((((...)))))))))).)))).....))))))))((((((((..((((((.(((((((((((...(((....)))...))))..((((.((((((((((((((............(((.......))).(((.(((((((.((((((((((((((..(((((((..((((..........))))..))))))))))))))..((((.(((.....(((....((....))....))).....))).)))))))))))..)))))))..))).(((......))).))))))))))....)))).)))).......))))))).))))))))))))))(((((..((((((.....))))))...)))))..(((((((((..(((((((.((......)).))))))).....))))))))).....)))))....((((((.((((......))))..))))))..)))))).)))((((...))))..))))))..))))))....)))))).)))))))....))))))(((((......)))))....)))))))............((((((.(((.(((.((((..((((..(((....))).))))..)))).)))))).)))))).....((((.(((...))))))))))))).)))....))))))).)))))))((.((((........)))))).....)))))))))......))))))).)))))).))...))))))))).(((..........)))..(((((..........)))))(((.((((((((....))))))))))).......)))))))).........((((((..(((((((.(((....(((.......))).....)))..))))))))))))).......((((.(((((((((..(((((((((.....)).)))).)))..))))))))).))))((((((.....))))))..............)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((......})).))......,,(({((.((((((((,..(((((((((.((.((((((....(((((((.......(((((((((..(((.((.((((..........))))..)).))).......,,,,..,{{{{{{{.((((({({{{{(,({{{{,,.,},.(((.((((((....(((.((((....((((((.(((((((.{{{(((((({.{({{({{{,((,{{{{{{((({{,||||||{(((((((((.....))))))))|,{({|{{,{,..,,.........,,|||.,,,...((((((((...((((.((((,{(((((...)))))))))}.)))).....)))))))),{||||||,,||||||,{{{{{{,((((...(((....)))...))))..((((.(((((((((((((,....,{{,,.,,{{{.,.,,,}}||.(((.(((((((.((((((((,{{,,({{.((,((((((((.(((.((((((((((..,{.,.{{......),..},))))))))))))).}.....))}))}}..)).}}}..,)},.,,))))))))..)))))))..))).|{,......))),))))))))))....)))).)))).......|}}}}}|,||}|||||||||||.,{{{..,|||||},.,,}}}}}},,,}}},,{,(((((((((..(((((((.((......)).))))))}..,..))))))))).,,...,.,,....{{,,||,|,||.,,,,,,,},..},)))))})))))|,||.||||..,)))},,},,})}}}))))))}}..,,,,,,.)))))))....))))))(((((......)))))....)))))))...,,,....,.((((((.{((.(((.((((..((((..(((....))).))))..)))).)))))}.)))))).,...((((.{{,...}}})))))))))).))).,.})))))),,))))))|{{,{{{{........)))))),....)))))))))......))))))).)))))).))...))))))))).(((..........)))..(((((..........)))))(({,((((((((....)))))))))))......,))))))))...,,....{(({(,.,{((((((.(((,,,.(({.......))}.,,..}}),.))))))})}))}},,.....((((.(((((((((..((((((({(,....)}.))))}}))..))))))))).))))((((({.....})))))..............))))}

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278612.2 NCBI
GCGCACCCACCUGCUGCAUCUUAGUUCAGUCGGCUCUUAGAGUAGUAAC… 1288 nt 0.3447
NM_004681.4 NCBI
GCGCACCCACCUGCUGCAUCUUAGUUCAGUCGGCUCUUAGAGUAGUAAC… 1339 nt 0.3458
Summary

This gene is located on the non-recombining region of the Y chromosome. It encodes a protein related to eukaryotic translation initiation factor 1A (EIF1A), which may function in stabilizing the binding of the initiator Met-tRNA to 40S ribosomal subunits. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2013]

Forensic Context

A study in humans analyzing heart tissue from patients with various structural heart diseases identified the EIF1AY as significantly up-regulated (mean fold change 3.0338, adjusted p-value 1.8035 × 10^-06) and part of a 62-gene expression signature that achieved approximately 95% classification accuracy for distinguishing diseased from control samples [Fajarda et al. DOI:10.1186/s13040-020-00217-8]. A separate analysis of platelet transcriptomes from acute myocardial infarction patients identified the EIF1AY as a hub gene in the salmon module for NSTEMI patients, noting it had been previously identified as a target gene of microRNAs in coronary heart disease [Zhang et al. DOI:PMC8129354].