Basic Information
Symbol
AHNAK
RNA class
mRNA
Alias
AHNAK Nucleoprotein
Desmoyokin
AHNAK1
Neuroblast Differentiation-Associated Protein AHNAK
MGC5395
PM227
AHNAK Nucleoprotein (Desmoyokin)
AHNAK-Related
AHNAKRS
Location (GRCh38)
11:62433542-62556235
Forensic tag(s)
-
MANE select
Transcript ID
NM_001620.3
Sequence length
18761.0 nt
GC content
0.4928
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-6278.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-6612.89 kcal/mol
Frequency:
2.73809e-236
Diversity:
5159.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAGCCUGGCCCGGCGCCAGCAGCCUGAGGAAUGUGGUGGUUGGAGCCG… | 18697 nt | 0.4911 | |
| AAGCUGCGCUCGCUGGAACCCUGCGCUCCAGCGGUGCGCGCCAGGAGAG… | 18713 nt | 0.4916 | |
| GGCCACUCGGAGCUGCUCUGCCGCGGGGACUGCACCGCCCGCCCUGCCA… | 18761 nt | 0.4928 | |
| GGCCACUCGGAGCUGCUCUGCCGCGGGGACUGCACCGCCCGCCCUGCCA… | 1036 nt | 0.5927 |
Summary
The protein encoded by this gene is a large (700 kDa) structural scaffold protein consisting of a central domain with 128 aa repeats. The encoded protein may play a role in such diverse processes as blood-brain barrier formation, cell structure and migration, cardiac calcium channel regulation, and tumor metastasis. A much shorter variant encoding a 17 kDa isoform exists for this gene, and the shorter isoform initiates a feedback loop that regulates alternative splicing of this gene. [provided by RefSeq, Oct 2016]
Forensic Context
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