Basic Information

Symbol
EPC1
RNA class
mRNA
Alias
Enhancer Of Polycomb 1 Enhancer Of Polycomb Homolog 1 Epl1 Enhancer Of Polycomb Homolog 1 (Drosophila)
Location (GRCh38)
10:32267751-32378798
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001272004.3
Sequence length
3997.0 nt
GC content
0.4376

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1144.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1221.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1167.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001272004.3 NCBI
ACAGUGGAGUUUUAAUGUCCGCCAUGUUGGCCAUGGCGUAUUGAAGAGA… 3997 nt 0.4376
NM_001272019.4 NCBI
ACAGUGGAGUUUUAAUGUCCGCCAUGUUGGCCAUGGCGUAUUGAAGAGA… 3773 nt 0.4286
NM_001282391.3 NCBI
GUUAACCCCAGAGUCUUCUGGCUGUGCUGCCUCCUCUGCUUUUAAUCUU… 3880 nt 0.4165
NM_001382753.1 NCBI
ACAGUGGAGUUUUAAUGUCCGCCAUGUUGGCCAUGGCGUAUUGAAGAGA… 3994 nt 0.4374
NM_001382754.1 NCBI
GUUAACCCCAGAGUCUUCUGGCUGUGCUGCCUCCUCUGCUUUUAAUCUU… 3949 nt 0.4166
NM_001382755.1 NCBI
ACAGUGGAGUUUUAAUGUCCGCCAUGUUGGCCAUGGCGUAUUGAAGAGA… 3796 nt 0.4376
NM_001382756.1 NCBI
ACAGUGGAGUUUUAAUGUCCGCCAUGUUGGCCAUGGCGUAUUGAAGAGA… 2564 nt 0.4286
NM_025209.5 NCBI
ACAGUGGAGUUUUAAUGUCCGCCAUGUUGGCCAUGGCGUAUUGAAGAGA… 4066 nt 0.4373
Summary

This gene encodes a member of the polycomb group (PcG) family. The encoded protein is a component of the NuA4 histone acetyltransferase complex and can act as both a transcriptional activator and repressor. The encoded protein has been linked to apoptosis, DNA repair, skeletal muscle differentiation, gene silencing, and adult T-cell leukemia/lymphoma. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2012]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the mRNA of the EPC1 gene, a target of miR-381-3p, was significantly downregulated in skeletal muscle at 3 and 12 hours post-mortem compared to the 0-hour control [Martínez-Rivera et al. DOI:10.7717/peerj.11102]. This downregulation, alongside the observed dysregulation of specific miRNAs, suggests its participation in early post-mortem molecular pathways related to autolysis, indicating its potential role in estimating the post-mortem interval.