Basic Information

Symbol
EPDR1
RNA class
mRNA
Alias
Ependymin Related 1 MERP-1 MERP1 UCC1 EPDR Upregulated In Colorectal Cancer Gene 1 Protein Mammalian Ependymin-Related Protein 1 Ependymin Related Protein 1 (Zebrafish) Mammalian Ependymin Related Protein 1 Ependymin Related Protein 1
Location (GRCh38)
7:37920640-37951936
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017549.5
Sequence length
2515.0 nt
GC content
0.4823

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-825.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -873.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 750.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001242946.2 NCBI
AGUGAAAACCGAAGCGGCAGAAGGCAGUGGCAGCAGGCAGUGGCAGCAG… 2306 nt 0.4822
NM_001242948.2 NCBI
CCUUCUCCCAGAGAGAUCUUUCGCGAGGAGGGUCUCUUGGGGAUAGCAU… 2079 nt 0.4348
NM_017549.5 NCBI
AGUGAAAACCGAAGCGGCAGAAGGCAGUGGCAGCAGGCAGUGGCAGCAG… 2515 nt 0.4823
Summary

The protein encoded by this gene is a type II transmembrane protein that is similar to two families of cell adhesion molecules, the protocadherins and ependymins. This protein may play a role in calcium-dependent cell adhesion. This protein is glycosylated, and the orthologous mouse protein is localized to the lysosome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. A related pseudogene has been identified on chromosome 8. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the EPDR1 was downregulated in subcutaneous adipose tissue during both short-term and long-term weight loss in obese participants, and this downregulation was associated with decreased adipogenesis [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].