Basic Information

Symbol
EPHA7
RNA class
mRNA
Alias
EPH Receptor A7 Hek11 Ephrin Type-A Receptor 7 EPH Homology Kinase 3 EPH-Like Kinase 11 EC 2.7.10.1 EHK-3 HEK11 EHK3 EK11 Receptor Protein-Tyrosine Kinase HEK11 Tyrosine-Protein Kinase Receptor EHK-3 Eph Homology Kinase-3 EC 2.7.10 EphA7
Location (GRCh38)
6:93240020-93419687
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004440.4
Sequence length
6621.0 nt
GC content
0.3799

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1713.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1841.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1441.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001288629.2 NCBI
GGUCUGCAGUCGGAGACUUGCAGGCAGCAAACACGGUGCGAGCGAACAG… 6606 nt 0.3801
NM_001288630.2 NCBI
GGUCUGCAGUCGGAGACUUGCAGGCAGCAAACACGGUGCGAGCGAACAG… 1897 nt 0.3917
NM_001376465.1 NCBI
GGUCUGCAGUCGGAGACUUGCAGGCAGCAAACACGGUGCGAGCGAACAG… 6609 nt 0.3801
NM_001376466.1 NCBI
GGUCUGCAGUCGGAGACUUGCAGGCAGCAAACACGGUGCGAGCGAACAG… 6594 nt 0.3803
NM_001376467.1 NCBI
GGUCUGCAGUCGGAGACUUGCAGGCAGCAAACACGGUGCGAGCGAACAG… 2159 nt 0.4437
NM_001376468.1 NCBI
GGUCUGCAGUCGGAGACUUGCAGGCAGCAAACACGGUGCGAGCGAACAG… 2843 nt 0.4070
NM_001376469.1 NCBI
GGUCUGCAGUCGGAGACUUGCAGGCAGCAAACACGGUGCGAGCGAACAG… 2727 nt 0.3887
NM_001376470.1 NCBI
AUCGCUACAGGGAGCGCGUGUCAGAGUCUGACGCUUGAAGGCAAAGUGC… 6512 nt 0.3821
NM_001376471.1 NCBI
GGCUUCUAGGCGGCGACGCCUCUAGGGCGCAGCGGCGACCAAGAGCUGG… 2650 nt 0.4098
NM_004440.4 NCBI
GGUCUGCAGUCGGAGACUUGCAGGCAGCAAACACGGUGCGAGCGAACAG… 6621 nt 0.3799
Summary

This gene belongs to the ephrin receptor subfamily of the protein-tyrosine kinase family. EPH and EPH-related receptors have been implicated in mediating developmental events, particularly in the nervous system. Receptors in the EPH subfamily typically have a single kinase domain and an extracellular region containing a Cys-rich domain and 2 fibronectin type III repeats. The ephrin receptors are divided into 2 groups based on the similarity of their extracellular domain sequences and their affinities for binding ephrin-A and ephrin-B ligands. Increased expression of this gene is associated with multiple forms of carcinoma. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2013]

Forensic Context

A study in zebrafish demonstrated that the EPHA7 transcript, a receptor tyrosine kinase, increased in abundance postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].