Basic Information

Symbol
EPHB3
RNA class
mRNA
Alias
EPH Receptor B3 Tyro6 Hek2 ETK2 Tyrosine-Protein Kinase TYRO6 EPH-Like Tyrosine Kinase 2 Ephrin Type-B Receptor 3 Embryonic Kinase 2 EC 2.7.10.1 HEK2 EK2 Human Embryo Kinase 2 EPH-Like Kinase 2 EC 2.7.10 EphB3 TYRO6
Location (GRCh38)
3:184561776-184582408
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004443.4
Sequence length
4234.0 nt
GC content
0.6223

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1831.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1896.12 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 952.17
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004443.4 NCBI
AGCAGAAGUGAGUACGUGAGCGGCGCAGCAAGAUCCCAGCUCGGACCCC… 4234 nt 0.6223
Summary

Ephrin receptors and their ligands, the ephrins, mediate numerous developmental processes, particularly in the nervous system. Based on their structures and sequence relationships, ephrins are divided into the ephrin-A (EFNA) class, which are anchored to the membrane by a glycosylphosphatidylinositol linkage, and the ephrin-B (EFNB) class, which are transmembrane proteins. The Eph family of receptors are divided into two groups based on the similarity of their extracellular domain sequences and their affinities for binding ephrin-A and ephrin-B ligands. Ephrin receptors make up the largest subgroup of the receptor tyrosine kinase (RTK) family. This gene encodes a receptor for ephrin-B family members. [provided by RefSeq, Mar 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the EPHB3 transcript, an anti-apoptotic kinase, increased in relative abundance within 0.5 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].