Basic Information

Symbol
EPS15
RNA class
mRNA
Alias
Epidermal Growth Factor Receptor Pathway Substrate 15 AF-1P MLLT5 Epidermal Growth Factor Receptor Substrate 15 Protein AF-1p AF1P ALL1 Fused Gene From Chromosome 1 Protein Eps15
Location (GRCh38)
1:51354263-51519387
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001981.3
Sequence length
5163.0 nt
GC content
0.3800

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1301.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1408.64 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1124.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..((((..((((((.((((((.((((.....)))).).))))).)).((.((((.((((((((((((......(((((...(((((.((((........)))).)))))....(((((((.((((((((.(((((((((((...(((.(((...((((((.......((((((.........))))))....))))))...))).))).)))))))))((.(((((((((...((((((.((((.(((.((((..(((((((((.(((((..(((((((...((....((.((((..((((((((......(((((((((.(((..(((((((..((((((((((.(((....((((..((((((....))))))...(((((((..((((.((((((((((......(((.......))).(((((((......)))))))........)))))...((((..(((((((((.(((..((..(((....(((((((((((((((((((.((..((..((....))..))..)).))..)))))))))))))))))..)))..))....))).)))))))))..))))((((((((((......))))).)))))...((((((.(((.((.(......).)).)))..)))))).(((((((....)).)))))........)))))..)).))..)))))))....))))..))).))))))))))..))....(((...(((((((..((((((((.((.......)).))))))))...))).)))).....)))((((.((((((.(((((...((((....((((((....((.....))...))))))((.(((((.((....))..))))).))(((((((((.(((.....))).)))))))))....)))).((((((((......(((((((((((((...((((......))))..))))...)))......)))))).....))))))))((((((((.((.((((((((.((....((((((((.....((........))..)))))..)))..))))))).......))).)).))))))))..))))))))))).))))...........)))))..))).)))))))))((((...))))..((((((.((((((....((.((((((.....((........)).....))))))..))...))))))..))))))...((.((.....)).))(((((..(((...(((((...((((...........(((((((((((.((((((((.(.(((((((((...((((.........)))).....(((..(((((...........(((..((((...((((.......))))..)))))))...((........)).........))))).)))....)))))))))).))))))))..)))))))))))(((((.....((((..(....)..)))).((.....)).(((..(((((((....((((.............))))....)))))))..)))))))).(((((((.....(((....)))....)).))))).)))).))).)).)))....)))))...))))))))..))))))....)).))))))).))))))))))))))..))))))).....(((.((.(((..((..((((.(((.((((((.....))))))..))))))).))..))).))...))).((((((.......))))))....((((((((((((((((.(((........(((((...(((.(((...))).))))))))........(((....)))..))).)))).)))).))))))))(((.....)))((((((((.(......(((...(((.(((((.((((((.(((((..((((........))))...)).))).))))))..))))).)))...)))...).)))))))))))).))))))..(((....))).)))))))))))....(((((((.....)))))))....((((....((((((.......((((((((((((((((.....(((((.....((((((.((.(((....))).)).))...((((((.(((((((..........))))).....))..))))))....))))..)))))(((((....)))))((((((.........))))))....((((((((((.(((((.....(((((..(((((((((((((.((.((((.....)))).))(((((((((((..(((....))).))))........(((((((((.((..((((((....)).......((((((((((.(((.(((((((((.((((((.........)))))).................(((((........)))))..))))))))).............((((((((((((((((((((..(((((.((.......((((((((.((.((.((..(.........(((((.....(((....))).....)))))((((.(((((((........(((......))).....)))))))))))..)..)).)).)))))))))).(((((.............((((((((((.((.((....(..(((.((((.....)))).(((((....))))))))..)...)).)))))))))))).))))).....((((((((........))))))))......((((((..((........))....)))))).((((((((.((((...))))..))))))))....)).)))))))))))))))))))))))))........................................((((((...((((((((.........(((......)))..((......))........(((((((((((((.((((..(((.((((((......((((.((..((((......))))..))..((((.....))))((((...))))...(((((..((...))..)))))))))......)))))))))..))))....))))))))))))).......)))))))).))))))).)))))))).))))((((((........))))))...))))..)).....))))...))))).........)))))))....((((..(((.((((((..................(((((((((....(((((..((((((((((..(((.((((((........)))))))))..))..))))))))....((((((.(..(((((...((((((((((((((((((....))))))))((((((((((((....))))))))..))))(((((.(((((..(((((((.............((.((((((((((((...)))))))))))).))...((((((.(((((((((..........))))))))).))))))..(((((((((.(((.(((..(((((...........(((((.....))))))))))....))).))).)))...........))))))....(((((((....)))))))........)))))))....))))).)))))........))))))))))....)))))..).))))))..(((((....(((((.......)))))..)))))((((((((((((.(.(((((((((((((........))))))))))))).).....))))).))))))).......((.(((((((((((((((.........(((((..(((((.((((((((....))))))))....((((((((((((..(((.........)))..))))))..(((....)))..))))))...........))))).)))))........)))))..))).))))))).))..(((((((((.................))).))))))(((((((((.((((((((...................)))))).((((.......))))...))))))))))).........)))))....)))))))))...)))))).)))..))))....................(((((((..((..(((((((.....)))))))))..)))))))..........((..(((((...(((((.....(((((((......)))))))...((((((((((.((........(((((..........)))))((((((.(((((..(((((.....((((((((....)))...))))).......)))))(((((((......((((((..........))))))....)))))))....(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.............(((..((((((.((((((.......)))))).))))))..))))))))))))))))..((((((.((...............)).)))))).........)))))))....))))))...)).))))))))))))))..))))))....((((.((((((..(((((...((..((((((...(((((........)))))))))))..))...)))))..)))))).)))).(((((((((((((.((((....))))))))))))))))).))..)))))))))).........)))))..)))))..)).)))))))))))))...)))))...)).))).))..))))))))....((((((.(((((........).)))).))))))....))))).))))).)))))))))))).....))))..((((((....(((((.(((......)))))))).))))))))))).)).))).)))))))((((.((((((.((((((((...((((.............................))))....))).)))))...))))))))))....)))))))))))))...)))))))).))((((((.((((......))))....)))))).))))...))))..))....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,,{(((..((((((((({((((.....)))){(({{..,}}}||,.((((.((((((((((((......(((({.,.(((((.((((........)))).))))).,..{((((((.{{((((({{(((((((((((...(((.(({...((((((,,,....{{{{((.,,..,||.)))))}..,,))))))...})).)}}.))))))))),(.(((((((((..,((((((.(((({((,,((((..(((((((((.(((((.,(((((((...((....((.((((..((((((((..,...{((((((((.(((,.(((((({..((((((((((.(((..,,({((((.{((,,...})},))}...(((((((..(({(.((((((((((.,{{,.(((.......))).(((((((......)))))))....}},.))))),..((((..(((((((((.(((,.,...{{{....((((((((((((((((({(.((..((,.((....))..))..)).))..)))))))))))))))))..}}}..},...,))).)))))))))..))))((((((((((......))))).)))))...((((((.(((.((.{......}.)).)))..)))))).(((((({....)),)})))........}))))..}}.))..)))))))....))),..))).))))))))))..}}....(({...(((((((..((((((((.{{.......}).))))))))...))),}))).....)))((((.((((((.(((((...{(((....,{((({.,{,{,.,,,.,,,{{(({,((((({.........{(((((((,.{((((((((((((.(((.....))).))))))},....,)))))))))))))}}.}}}||}}||,,{{{{{...{({{.....,))))..}}))),.,||,,.....,)))).,,..,,)}},..((((((((.((.((((((((,,{....{(({((((.....{{........}}..)))))..))).,}))))},.......,)).)).))))))))..))))))))))).}}}}...........))))),.))).))))))))}{{{{,,.,,,},,((((((.((((((....{{.((((((.....{{........}}.....))))))..}}...))))))..)))))),..{{.((.....)).),((({{{((.(({{,{,......,|{...........(((((((((((.((((((((.{.(((((((((...((((.,.....,.))))...,{(({..(((((.,,......,.{{,..{(((...((((.......))))..)))}}}}.,.((........)).....,},.))))).))).},.)))))))))).))))))))..)))))))))))(((((.....,,{(,.{....}}|},}}.,|,,...,,.,{|..(((((((....((((.............))))....)))))))..,,,))))).(((((((.....(((....)))....)).))))).,....})))..)))},}}.}}}}}.,,))))))))..))))))....)).))))))),))))))))))))))..))))))).....,.{{(({((({,.,,.,,,{.,{|.((((((.....))))))..,))))))})),.|||{{{..{{{{.((((((.......))))))....{(((((((((((((((.(((........(((((..,{{{.(({...))).)))))))).,,,....|,,..,}},...))).)))).)))).)))))))|(((.....)))|((((((,{({,....(((.{{,(({(((,({(((((({((((,..,|||....}}.,))),.,})).)),}))))),,}))))).)))}}},))}},,}))))),}))))).))))))..,{{....}}}.))))))))),,....(((((((.....))))))).,,,{{,,..{|(({{{{.......(((((({(((((((((.....{{{((.....(({({{.((,{{{.,,,)}).)}.}}||,((((({.{{{{(({..{....|,.}}}))....})}..)))))).,,,)}}),.))))}(((((....)))))((((((.........))))))..,.((((((((({.(((((.,...(((((..(((((((((((({.,{,{(({,,,,,{{||,{{((((,,.((((..(((....})}.)))).......,({{{((((((({,..{{{({....}}.......((((((((((.(({.(((((((((,((((((.........)))))},....,,..........(((((........)))))..)))))))))...,,,.......(((((((((((((((((({,,{(((((.(,....,..((((((((.((.((.((.,{........,(((((.....(((....))).....)))))((((.(((((((........{,,......,},.....)))))))))))..,..}}.)).)))))))))).{((((.,.........,.{(((((((({,((.{{....,..(({.{(({..,,,|}},.(((((....)))))}))..},..}}.)))))))))))),)))},.....{(((((((........))))))))......{(((((..({{{......}}....)))))},{{((((((.(((,...})))..)))))))).}}})}.)))))))))))))))))))))))))..........,||..,,,...................}}}|(((((...((((((((.........(((......)))..{{......))........(((((((((((({.((((..(((.((((((......{{{{.((.,((((......)))).,))..{,{({{{,.||,|{,,.,,,}}}}...{{{{{,.{{...))..)))))})))......)))))))))..))))....})))))))))))).......)))))))).))))))}.))))))))},)))((((((........)))))),.,}}))))}}},...}})},..})))),.,,,,...||||||},.,.,,,{,{({{.,{||||,.,,,|}}}}......,.(((((((((....(((((..((((((((((..(((.((((((........)))))))))..))..))))))))....((((((.{..(((((...((((((((((((((((({....}))))))){(((((((((((....))))))))..)))}(((((.(((((..(((((((.............((.((((((((((((...)))))))))))).))...((((((.(((((((((..,....,..))))))))).))))))..((((((.,{.,(({(((..,,,...}}}},,,((,((((({,,,...||...})),)))}},.})},,))},.........))))))...,{((((((....))))))}|....,},)))))))....))))).)))))........})))))))))....)))))..}.)))))).,(((((....(((((.......)))))..))))){(((((((((((.{.(((((((((((((........))))))))))))).}.....)))))}})))))}.......((.(((((((((((((((.........(((((..(((((.((((((((....))))))))....((((((((((((..(((.........)))..))))))..{{{....}}}..)))))),..........))))).)))))........))))}.,))).))))))).))..(((((((((.....,{,....,.,,,))).))))))(((((((((.((((((((...................}))))}.{{,,..,,,..,}))...)}))))))))).........)))))....))))))))).,.,|||,|{||,..|})}}.}}}...............(((((((..((..(((((((.....)))))))))..)))))))..............{{{{{...(((({..,.,(((((({......)))))))...{(((((((((.((........{{({{,.,,,,,...|||||{{{{||,||{{{..{{{({,,...{|||{{{(,.,,)}},,,}}}}}.,..,.,|,||,(((((((......((((((..........))))))....)))))))...,||||{{||{||||{{|(({{{{{((((((((((((({.............{((,.((((((.((((((.......)))))).))))))..))))))))))))))))}.((((((.{{............,..}}.))))))....,,,,.,.,}}}}.,,.}}}}},...}},,,}}}}},,}}))}..}}}})}....((((.((((((..(((((...((..((((((...(((((.,....}.)))))))))))..))...)))))..)))))).)))).(((((((((((({{((({....))))))))))))))))).)),.))))))))))...,,.,,,))))).,)))))},},.}))))))))))))...)))))..,))}})).}}.,)))))))),.,.((((((.(((((........).)))).)))))),...))))}}}}))).))))))}}},)),,...)))}..,||||},,..(((((.(((.....,)}})))))..}},,,)))))}})},}).))))))|{(({.((((((.((((((((,,.{{{{...,...,.....................}}}}....))),})))).,.))))))}))},...}))))))))))))...)))))))).}}|,{,{{.((((......))))....))))))}))))...)))).,|....||,,.,,..............,.,...,,,...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001159969.2 NCBI
AAUCUAUCCUCUUUUCACCACAUUUUAGUGAGAAAGCAAUUUUUUUUUU… 4325 nt 0.3635
NM_001410796.1 NCBI
GUCUUCCUUCCCCUCCCUUGCAUGAUGGAAACACCAUGGCUGCGGCGGC… 5073 nt 0.3781
NM_001410797.1 NCBI
GUCUUCCUUCCCCUCCCUUGCAUGAUGGAAACACCAUGGCUGCGGCGGC… 5274 nt 0.3819
NM_001981.3 NCBI
GUCUUCCUUCCCCUCCCUUGCAUGAUGGAAACACCAUGGCUGCGGCGGC… 5163 nt 0.3800
Summary

This gene encodes a protein that is part of the EGFR pathway. The protein is present at clatherin-coated pits and is involved in receptor-mediated endocytosis of EGF. Notably, this gene is rearranged with the HRX/ALL/MLL gene in acute myelogeneous leukemias. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, May 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.