Basic Information
Symbol
ERCC1
RNA class
mRNA
Alias
ERCC Excision Repair 1, Endonuclease Non-Catalytic Subunit
RAD10
Excision Repair Cross-Complementing Rodent Repair Deficiency, Complementation Group 1 (Includes Overlapping Antisense Sequence)
Excision Repair Cross-Complementation Group 1
DNA Excision Repair Protein ERCC-1
COFS4
UV20
Location (GRCh38)
19:45407333-45478867
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
Wound age identification
MANE select
Transcript ID
NM_001983.4
Sequence length
3379.0 nt
GC content
0.5623
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1327.57 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1380.51 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
725.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 3307 nt | 0.5637 | |
| GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 1911 nt | 0.5353 | |
| GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 1953 nt | 0.5392 | |
| GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 1881 nt | 0.5407 | |
| ACAGAGCCUCUAGCGCUGGGUGUUGGGGACCUGACGCUAUGGAGCUCUC… | 1891 nt | 0.5362 | |
| GGACAGCUUCCCGGACACAGGAUGGAAGGACCACGGGCUGCCUGUCUCU… | 3314 nt | 0.5576 | |
| GGACAGCUUCCCGGACACAGGAUGGAAGGACCACGGGCUGCCUGUCUCU… | 3386 nt | 0.5567 | |
| GGAGUCUCGCUUUCGCUCUGUGGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCGCGAU… | 3440 nt | 0.5578 | |
| GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 3337 nt | 0.5604 | |
| ACAGAGCCUCUAGCGCUGGGUGUUGGGGACCUGACGCUAUGGAGCUCUC… | 3389 nt | 0.5598 |
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Summary
The product of this gene functions in the nucleotide excision repair pathway, and is required for the repair of DNA lesions such as those induced by UV light or formed by electrophilic compounds including cisplatin. The encoded protein forms a heterodimer with the XPF endonuclease (also known as ERCC4), and the heterodimeric endonuclease catalyzes the 5' incision in the process of excising the DNA lesion. The heterodimeric endonuclease is also involved in recombinational DNA repair and in the repair of inter-strand crosslinks. Mutations in this gene result in cerebrooculofacioskeletal syndrome, and polymorphisms that alter expression of this gene may play a role in carcinogenesis. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. The last exon of this gene overlaps with the CD3e molecule, epsilon associated protein gene on the opposite strand. [provided by RefSeq, Oct 2009] CIViC Summary for ERCC1 Gene
Forensic Context
A study in mice demonstrated that ionizing radiation affects the expression of a series of genes, including those involved in the P53 pathway, with a reduction in SIRT1 mRNA and protein observed in bone marrow cells [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389]. In humans, the mRNA expression level of the ERCC1 in peripheral blood mononuclear cells declines in an age-dependent manner, providing a correlation (r = -0.578) that supports its use for forensic age estimation, with a derived quadratic model for this purpose [Deng et al. DOI:10.1016/j.jflm.2017.05.005]. In rats exposed to blast wave trauma, whole-brain mRNA analysis showed that the ERCC1 was upregulated at 2 hours after a 5 psi blast exposure, with no significant early change after 10-11 psi, and a subsequent upregulation at 72 hours following a more severe 14-15 psi exposure, indicating a DNA repair response that varied with injury intensity and time [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001].