Basic Information

Symbol
ERCC1
RNA class
mRNA
Alias
ERCC Excision Repair 1, Endonuclease Non-Catalytic Subunit RAD10 Excision Repair Cross-Complementing Rodent Repair Deficiency, Complementation Group 1 (Includes Overlapping Antisense Sequence) Excision Repair Cross-Complementation Group 1 DNA Excision Repair Protein ERCC-1 COFS4 UV20
Location (GRCh38)
19:45407333-45478867
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001983.4
Sequence length
3379.0 nt
GC content
0.5623

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1327.57 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1380.51 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((.(((....(((((...)))))..))).))))).((((.(((((((.((((((((((((.((((..((((....((((.((((((.(((((((((((((........))))))))))(((.(((((((....((.((((((((((..((((....((((((.((((...(((...((((((((.((...(((((...((((((.....((((...))))...(((.....)))((((((((...)))...)))))......))))))..)))))..)))))).).))).)))...)))).))))))........((((.....(((.((..((((((...(((((((((((((((.....))))))..(((((((((((.(((.((((.(((..(((......)))((((((..(((((((((..(((.....(((((....(((.....((((((((((((....(((((........))))).....)))))((((((((((....)).)))))))).......((((((((((((.((..((((((((.......(((...(((.((((.....((.((((...........))))..))..(((((.(((((((.........(((((.(((.((((((......((.((((.......))))))))))))))).)))))...((((((.(((....))).))))))(((((.((....((((((...((...))))))))...)).)))))....((((.((((((.((((...((..(((....((((((.((((....)))).(((.((((((((((...))).((((((.((((((..(((((((..((((...((......))...))))...)))))))................(((.((..((((.((((....((((.(((.......))).))))....(((((..(((((((((.((((((((((....))))(((((.(((...))))))))..((((((..(((...............)))..)))))).((((((((..........((((..((((((.((..(((((.(.((((((...))))))).))))))).))))))))))))))))))......)))))).)))))))))))))).....))))))))..)).))))))))).))))))(((((.((.....))))))).))))).))))))))))))))..))..))))))))))...))))))))))).)))))......)))).)))...))).........)))))))).)))))))))..)))))........))))))).....)))....)))))......))).))))))))).))))))......))).)))).)))....)))))((((((((((......))))))))))..)))))).........................((((((..((..((((((((.((((((...)))).)).))))))))..)).)))))).....(((((.(((((((((.(((((.(((.(..........................).))).))))).)).))...))))).)))))...))))))))))))))).)))))(((.((((((((...)))))..)))..)))........))))......(((......))).(((((((((((.........))))((((((((((.....................)))))))))))))))))..)))))))).)).)))).))...)))))))))).(((......))).......(((((((...(((....(((((((((....(((.............))).)))))).)))..)))....)))))))...((((.....(((((((((.(((((((((..(......((((((((((........))))))))))..........)..)))))))))))))))))))))).((((((((..(((.((.....(((((((.......))))))))).)))..)))))))).....))).)))))).))))....)))).((((((.(((((.((((.(((((((((((...........)))........((((.....))))..(((((........)))))((((((((((.((.((((((.((.((((.............)))).))))))))..((((((.(((....))).))))))(((.((..((((.....))))..)))))...)).)))))))))))))))))))))).))))).))))))......)))).))))))))))))((((((...(((((..(.(((((((.((....)).))))))).)..))))))))))).((((((.(((((....)))))..)))))).))))))).))))(((((((..(((((((((...)))))).)))..(((.((..(((((.((((((((.(((..((.(((..(((.......)))..))).)).....))).)))....)))))..)))))..)).))).(((((((.((((((.(.(((((...((((((.((...((((..(((..(((.........................(((((((..(((.((..(((((((.((((.(((((((((.((....)))).)))))))...))))...))))))).))))))))))))....((((((..(....)..))))))......(((....)))((((.(((..((((((...........((((.((((...)))))))).))))))..)))))))...)))..)))..))))...)).)))))).)))))).))))))..((((((((.((((.(((..((((((.......)))))))))(((((((.............))))))))))).))))))))...((((((.((...))))))))..((((.........((((((...............))))))))))...................((((((((((((((((.....))).........(((((((.............((((((..(((...............................)))..)))))))))))))....)))))))))))))...(((.((((((........((((.((......)).))))..(((...((((((((....)))))))).)))...((((....))))......)))))))))))))))).)))))))......(((....(((((((.....)))))))..))).............)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{({{,,(((((,{(({{,,(((({...|))))..}}},))})}{(({((((,....((((((...(((((((((...{((.((((...,,{{{.,(((.((((((((((........))))))))))...,,)}}.,)}),,...)))).))))))))))))..))))))||||,,,..)))}.,,|||||||||}||.(((((,,,({{(((.....,,(({.,||||.{{(((..,{.|{{((((,(((...))),}.,,,|||{..,.|||||}..}}}}}...))))}.....,)))})))))}))}}|||||{,,,,.,|{|||,..,{{{,..,,.{(((((({...})))))|(((((.....))))),{{(((,,,,,|||}|||,{{(({(,(({(((......)))((((((..(((((((((..(((.....(((((....(((.....((((((((((((,,..(((((........)))))..,,.))))){(((((((((....)).)))))))}.......((((((((((((.((..((((((((.......(((.,,(((,({{{.....((.((((,........,.))))..))..(((((.(((((((.........(((((.(((.((((((......((.((((.......))))))))))))))).))))).,.{(((((.(((....})).)))))){{{{{.{{.,..((((((...({...||}))))}..,)},)))))....((((.(((((,,((((...((..(((....((((({.((((....)))).(((.{{((((((((...))).((((((.((((((..(((((((..((((...((......))...))))...)))))))....,.{{{{,....,)),,|,..((((,{((,....((({.{((.......))}.})))....(((((,.{((((((((.((((((((((....))))(((((.(((...))))))))..{{((((..(({...,{{.......}})))..))))}}.((((((((..........,,,,.{(((((((((,{{(((....}}}||{{{{|,,,,}))))}},))}))))))))),))))))))......)))))).)))))))))))))).....))})}}}}..,)}))))))))).)))))){((((.((....,),))))).))))).}}))))))))))))..))..))))))))))...))))))))))).)))))......)))),))}...))).........}))))))).)))))))))..)))))........))))))).....)))....)))))......))).))))))))).)))))),,}}|.)))}||}),))}|||.))),,{(((((((((......)))))))))}.,||,{((((((.(((({{{{{{{.,,.({{{..((((((((((.((((((((.((((((...)))).)).)))))))).((.....)}.{{(({.(((((((((((...((((((((..((((((......................|({((({(((((((..((,.((({{.,,|||||,}}..|,}}}))}.,.{({(({,,,..(((((((...))))))}...}.,)))))).,...)))})).,.(((......))).(((((((((((.........)))}{(((((((((.....................)))))))))))))))))..(((({{(((((((,,.{,,,{{{((({(,{{,,(((,,..,,|,,.((((((((((((((.(((((((..,.(((((((...(((.,..((((((((((((,(((((((((((.(((........(((..(((.......)))..)))....))).))))))))))).((((((((((........))))))))))............(((.(((((((((({,((((({{.((((((((..(((,(,...,,|||{(((,.,,,,.}}})))))),)}}..)))))))).......}).)))))......................|,,.,,........||||,........}))},))))))).)))((((.....))))..(((((........))))){(((((((((.{((((((((.((.((((.............)))).)))))))).,{(((((.(((....))).)))))|(((.((..((((.....))))..)))))},.}).)))))))))))))))))))))...}.))))))))))..,..)))))))))..)))))|(((((({..,||||,.,.|{((({({((,.,,|}.}}))))),),.)))}))))))}){||{||,|||||,,..}}|||.,||||||,...,,))))).))).,))}}},|.,||{||}..,))))}.))))))))))))...))))))))))))))......,,{{..{{|,....,.}}}..,})))))))))))})))))))).)))))....))))....)))))))}}.)))))))||||((((((..((((((((,{((((({{((((,....||}}}}}}},,,..........|,((((({{,,(((.((..(((((((.((((.(((((((((.{(....)})).)))))))...))))...))))))).)))))))))))),,||||.{{|}}|||,....((((((......(((....)))......)))))).....,,,{,,....((((.((({...}))))))).{,{((((((({,((((..,....,.,||||{.|{({{.,{{{||.(({{.{,,.(((({.....}))))...})))).{((((({.......)))))))|((((((((.............)))))))).}{,{{|,.......}})))},)),)))))}}}...}}||||.,|..,,,(((({{........,......}}))}}}},,,,,................,,,}}.})))))})))}}}}.)))))))).)))))){{,,.{{(.(((...(((({.....{((((((....{{.((((..,,,...,,,..)))).}}.....)))))))))))...))).)))({{.{{,.{{,,((((((....,,..((((.((......)).))))..|||...((((((({....}))))))).,,....((((....))))......))))))))))}}..)))..))))..))}}}||,....(((((((.....))))))).,)))......,..}}},}}}}}......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001369417.1 NCBI
GGAGUCUCGCUUUCGCUCUGUGGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCGCGAU… 3368 nt 0.5591
NM_001369418.1 NCBI
GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… 3265 nt 0.5617
NM_001369419.1 NCBI
ACAGAGCCUCUAGCGCUGGGUGUUGGGGACCUGACGCUAUGGAGCUCUC… 3317 nt 0.5610
NM_001983.4 NCBI
GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… 3379 nt 0.5623
NM_202001.3 NCBI
ACAGAGCCUCUAGCGCUGGGUGUUGGGGACCUGACGCUAUGGAGCUCUC… 1963 nt 0.5349
Showing 11 to 15 of 15 entries
Summary

The product of this gene functions in the nucleotide excision repair pathway, and is required for the repair of DNA lesions such as those induced by UV light or formed by electrophilic compounds including cisplatin. The encoded protein forms a heterodimer with the XPF endonuclease (also known as ERCC4), and the heterodimeric endonuclease catalyzes the 5' incision in the process of excising the DNA lesion. The heterodimeric endonuclease is also involved in recombinational DNA repair and in the repair of inter-strand crosslinks. Mutations in this gene result in cerebrooculofacioskeletal syndrome, and polymorphisms that alter expression of this gene may play a role in carcinogenesis. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. The last exon of this gene overlaps with the CD3e molecule, epsilon associated protein gene on the opposite strand. [provided by RefSeq, Oct 2009] CIViC Summary for ERCC1 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that ionizing radiation affects the expression of a series of genes, including those involved in the P53 pathway, with a reduction in SIRT1 mRNA and protein observed in bone marrow cells [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389]. In humans, the mRNA expression level of the ERCC1 in peripheral blood mononuclear cells declines in an age-dependent manner, providing a correlation (r = -0.578) that supports its use for forensic age estimation, with a derived quadratic model for this purpose [Deng et al. DOI:10.1016/j.jflm.2017.05.005]. In rats exposed to blast wave trauma, whole-brain mRNA analysis showed that the ERCC1 was upregulated at 2 hours after a 5 psi blast exposure, with no significant early change after 10-11 psi, and a subsequent upregulation at 72 hours following a more severe 14-15 psi exposure, indicating a DNA repair response that varied with injury intensity and time [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001].