Basic Information

Symbol
ERLIN2
RNA class
mRNA
Alias
ER Lipid Raft Associated 2 Erlin-2 C8orf2 NET32 SPFH2 Stomatin-Prohibitin-Flotillin-HflC/K Domain-Containing Protein 2 Endoplasmic Reticulum Lipid Raft-Associated Protein 2 Spastic Paraplegia 18 (Autosomal Dominant) SPFH Domain Family, Member 2 SPG18 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Chromosome 8 Open Reading Frame 2 SPFH Domain-Containing Protein 2 SPG18A SPG18B
Location (GRCh38)
8:37736601-37758422
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007175.8
Sequence length
5387.0 nt
GC content
0.4262

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1626.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1724.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1450.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001003790.4 NCBI
GCUCGUGGGCUCGGACGAGUACGGAGCGCCUGCAGGGACAGCCUGGUAC… 1795 nt 0.4501
NM_001003791.3 NCBI
GCUCGUGGGCUCGGACGAGUACGGAGCGCCUGCAGGGACAGCCUGGAUA… 1466 nt 0.3956
NM_001362878.2 NCBI
GCUCGUGGGCUCGGACGAGUACGGAGCGCCUGCAGGGACAGCCUGGUAC… 5716 nt 0.4416
NM_001362880.2 NCBI
GCUCGUGGGCUCGGACGAGUACGGAGCGCCUGCAGGGACAGCCUGGUAC… 2216 nt 0.4734
NM_007175.8 NCBI
GCUCGUGGGCUCGGACGAGUACGGAGCGCCUGCAGGGACAGCCUGGAUA… 5387 nt 0.4262
Summary

This gene encodes a member of the SPFH domain-containing family of lipid raft-associated proteins. The encoded protein is localized to lipid rafts of the endoplasmic reticulum and plays a critical role in inositol 1,4,5-trisphosphate (IP3) signaling by mediating ER-associated degradation of activated IP3 receptors. Mutations in this gene are a cause of spastic paraplegia-18 (SPG18). Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic alcohol exposure significantly upregulated the ERLIN2 mRNA in hippocampal tissue, as identified through high-throughput sequencing and bioinformatic network analysis [Du et al. DOI:10.3389/Fphar.2024.1377501].