Basic Information

Symbol
ETF1
RNA class
mRNA
Alias
Eukaryotic Translation Termination Factor 1 ERF1 TB3-1 RF1 SUP45L1 Sup45 (Yeast Omnipotent Suppressor 45) Homolog-Like 1 Eukaryotic Peptide Chain Release Factor Subunit 1 Polypeptide Chain Release Factor 1 Protein Cl1 ERF Eukaryotic Release Factor 1 D5S1995
Location (GRCh38)
5:138506093-138543239
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004730.4
Sequence length
3682.0 nt
GC content
0.4212

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1073.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1146.74 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1090.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001256302.2 NCBI
GUCACAGGCCCCAUGUGAGCGGAUUGCAACACAUGCAGCUGCCUGGAGA… 3881 nt 0.4357
NM_001282185.2 NCBI
AUAGUAGAAUGGCCUGCCUCAGGCCAUGUGAAAAGUUGAUUUCAGCACA… 3631 nt 0.4035
NM_001291974.2 NCBI
AUAGUAGAAUGGCCUGCCUCAGGCCAUGUGAAAAGUUGAUUUCAGCACA… 3755 nt 0.4059
NM_001291975.2 NCBI
GUCACAGGCCCCAUGUGAGCGGAUUGCAACACAUGCAGCUGCCUGGAGA… 3806 nt 0.4230
NM_001364160.2 NCBI
GUCACAGGCCCCAUGUGAGCGGAUUGCAACACAUGCAGCUGCCUGGAGA… 3810 nt 0.4304
NM_004730.4 NCBI
GUCACAGGCCCCAUGUGAGCGGAUUGCAACACAUGCAGCUGCCUGGAGA… 3682 nt 0.4212
Summary

This gene encodes a class-1 polypeptide chain release factor. The encoded protein plays an essential role in directing termination of mRNA translation from the termination codons UAA, UAG and UGA. This protein is a component of the SURF complex which promotes degradation of prematurely terminated mRNAs via the mechanism of nonsense-mediated mRNA decay (NMD). Alternate splicing results in multiple transcript variants. Pseudogenes of this gene are found on chromosomes 6, 7, and X. [provided by RefSeq, Aug 2013]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the ETF1 was downregulated in subcutaneous adipose tissue during short-term weight loss in obese participants [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].