Basic Information

Symbol
ETS1
RNA class
mRNA
Alias
ETS Proto-Oncogene 1, Transcription Factor ETS-1 EWSR2 Avian Erythroblastosis Virus E26 (V-Ets) Oncogene Homolog-1 V-Ets Avian Erythroblastosis Virus E26 Oncogene Homolog 1 Protein C-Ets-1 FLJ10768 P54 V-Ets Avian Erythroblastosis Virus E2 Oncogene Homolog 1 Ets Protein C-Ets-1
Location (GRCh38)
11:128458761-128587606
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Individual identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001143820.2
Sequence length
5139.0 nt
GC content
0.4256

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1525.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1627.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1210.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143820.2 NCBI
AGUUGGAAAGAGACCACAGACUUUGAGGGAAGCUCACUCAGGAUCUGCU… 5139 nt 0.4256
NM_001162422.2 NCBI
GAGAUCGAGAGCGAACGAGGCAGCCGCCGGCGGAGAGGAGGGAGCGGGC… 4590 nt 0.4277
NM_001330451.2 NCBI
GAGAUCGAGAGCGAACGAGGCAGCCGCCGGCGGAGAGGAGGGAGCGGGC… 4977 nt 0.4292
NM_005238.4 NCBI
GAGAUCGAGAGCGAACGAGGCAGCCGCCGGCGGAGAGGAGGGAGCGGGC… 5238 nt 0.4357
Summary

This gene encodes a member of the ETS family of transcription factors, which are defined by the presence of a conserved ETS DNA-binding domain that recognizes the core consensus DNA sequence GGAA/T in target genes. These proteins function either as transcriptional activators or repressors of numerous genes, and are involved in stem cell development, cell senescence and death, and tumorigenesis. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene.[provided by RefSeq, Jul 2011] CIViC Summary for ETS1 Gene

Forensic Context

A study in human monozygotic twins demonstrated that somatic mutations can disrupt transcription factor binding sites, including that of ETS1, leading to allele-specific decreases in chromatin accessibility and differential gene expression [Kim et al. DOI:10.1186/gb-2014-15-5-r72].