Basic Information

Symbol
ETV6
RNA class
mRNA
Alias
ETS Variant Transcription Factor 6 TEL Ets Variant Gene 6 (TEL Oncogene) Transcription Factor ETV6 ETS-Related Protein Tel1 ETS Translocation Variant 6 ETV6-RUNX1 Fusion Protein ETS Variant 6 TEL1 Oncogene TEL Oncogene TEL/ABL THC5 TEL1 Tel
Location (GRCh38)
Forensic tag(s)
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MANE select

Transcript ID
NM_001987.5
Sequence length
6144.0 nt
GC content
0.4788

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1935.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2043.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1340.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
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ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 6269 nt 0.4785
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 6014 nt 0.4766
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 3127 nt 0.5283
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 5900 nt 0.4797
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 6144 nt 0.4788
Summary

This gene encodes an ETS family transcription factor. The product of this gene contains two functional domains: a N-terminal pointed (PNT) domain that is involved in protein-protein interactions with itself and other proteins, and a C-terminal DNA-binding domain. Gene knockout studies in mice suggest that it is required for hematopoiesis and maintenance of the developing vascular network. This gene is known to be involved in a large number of chromosomal rearrangements associated with leukemia and congenital fibrosarcoma. [provided by RefSeq, Sep 2008] CIViC Summary for ETV6 Gene

Forensic Context

A study in human traumatic brain injury (TBI) patients identified the ETV6 as a long noncoding RNA that forms a top five positively correlated lncRNA/mRNA pair with adenosine diphosphate ribosylation factor GTPase-activating proteins with Coiled-coil, Ankryin repeat and PH domains 1, exhibiting a correlation coefficient >0.9999 [Zhang et al. DOI:10.097/WNR.0000000000001756].