Basic Information

Symbol
ETV6
RNA class
mRNA
Alias
ETS Variant Transcription Factor 6 TEL Ets Variant Gene 6 (TEL Oncogene) Transcription Factor ETV6 ETS-Related Protein Tel1 ETS Translocation Variant 6 ETV6-RUNX1 Fusion Protein ETS Variant 6 TEL1 Oncogene TEL Oncogene TEL/ABL THC5 TEL1 Tel
Location (GRCh38)
12:11649623-11895386
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001987.5
Sequence length
6144.0 nt
GC content
0.4788

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1935.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2043.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1340.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001413913.1 NCBI
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 6141 nt 0.4787
NM_001413914.1 NCBI
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 6269 nt 0.4785
NM_001413915.1 NCBI
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 6014 nt 0.4766
NM_001413916.1 NCBI
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 3127 nt 0.5283
NM_001413917.1 NCBI
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 5900 nt 0.4797
NM_001987.5 NCBI
ACGUCAGUUUCUGCACUGAAACUCUCAAGAUCAAUGAGCAAAGAGCUUU… 6144 nt 0.4788
Summary

This gene encodes an ETS family transcription factor. The product of this gene contains two functional domains: a N-terminal pointed (PNT) domain that is involved in protein-protein interactions with itself and other proteins, and a C-terminal DNA-binding domain. Gene knockout studies in mice suggest that it is required for hematopoiesis and maintenance of the developing vascular network. This gene is known to be involved in a large number of chromosomal rearrangements associated with leukemia and congenital fibrosarcoma. [provided by RefSeq, Sep 2008] CIViC Summary for ETV6 Gene

Forensic Context

A study in human traumatic brain injury (TBI) patients identified the ETV6 as a long noncoding RNA that forms a top five positively correlated lncRNA/mRNA pair with adenosine diphosphate ribosylation factor GTPase-activating proteins with Coiled-coil, Ankryin repeat and PH domains 1, exhibiting a correlation coefficient >0.9999 [Zhang et al. DOI:10.097/WNR.0000000000001756].