Basic Information
Symbol
EWSR1
RNA class
mRNA
Alias
EWS RNA Binding Protein 1
EWS
Ewing Sarcoma Breakpoint Region 1
RNA-Binding Protein EWS
Ewings Sarcoma EWS-Fli1 (Type 1) Oncogene
Ewing Sarcoma Breakpoint Region 1 Protein
EWS Oncogene
EWS-FLI1
Location (GRCh38)
22:29268009-29300530
Forensic tag(s)
-
MANE select
Transcript ID
NM_005243.4
Sequence length
2400.0 nt
GC content
0.5317
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-847.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-889.70 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
682.31
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GCAGUGCGGCGCCUAGAGGGAAAGCGAGAGGGAGACGGACGUUGAGAGA… | 2397 nt | 0.5315 | |
| GCAGUGCGGCGCCUAGAGGGAAAGCGAGAGGGAGACGGACGUUGAGAGA… | 2232 nt | 0.5305 | |
| GCAGUGCGGCGCCUAGAGGGAAAGCGAGAGGGAGACGGACGUUGAGAGA… | 1315 nt | 0.5148 | |
| GCAGUGCGGCGCCUAGAGGGAAAGCGAGAGGGAGACGGACGUUGAGAGA… | 2400 nt | 0.5317 | |
| GCAGUGCGGCGCCUAGAGGGAAAGCGAGAGGGAGACGGACGUUGAGAGA… | 2415 nt | 0.5313 |
Summary
This gene encodes a multifunctional protein that is involved in various cellular processes, including gene expression, cell signaling, and RNA processing and transport. The protein includes an N-terminal transcriptional activation domain and a C-terminal RNA-binding domain. Chromosomal translocations between this gene and various genes encoding transcription factors result in the production of chimeric proteins that are involved in tumorigenesis. These chimeric proteins usually consist of the N-terminal transcriptional activation domain of this protein fused to the C-terminal DNA-binding domain of the transcription factor protein. Mutations in this gene, specifically a t(11;22)(q24;q12) translocation, are known to cause Ewing sarcoma as well as neuroectodermal and various other tumors. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. Related pseudogenes have been identified on chromosomes 1 and 14. [provided by RefSeq, Jul 2009] CIViC Summary for EWSR1 Gene Fusions between EWSR1 and multiple 3` partners are regularly identified in soft tissue sarcomas and can aid in differential diagnosis. The fusion product usually contains the N-terminal transcription-activating domain of EWSR1 and the C-terminal DNA-binding domain of the fusion partner, generating a novel transcription factor.
Forensic Context
No relevant information is available at the moment.