Basic Information

Symbol
F10
RNA class
mRNA
Alias
Coagulation Factor X Stuart-Prower Factor EC 3.4.21.6 Prothrombinase Stuart Factor Factor Xa EC 3.4.21 Factor X FXA FX
Location (GRCh38)
13:113122788-113149531
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000504.4
Sequence length
1536.0 nt
GC content
0.5931

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-608.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -635.60 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 354.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((..(((((((......)))))))..((((((((((((((.((((.(((((((((((((((.((((.((((((((((.((((((((((((((((((.(.((((((.(((...(((((((..(((....)))(((((((.........((((((((((...((.(((((...(((((((((.(.....).)))))))))((((((....))).))).......(((.....))).........))))).))..(((((...(.....)...))))).........((((.....((((.....(((...)))))))....))))))))))))))...(((((....((((.((((((...((((.......))))...)))))).(((.((((((.((.......)).)))))).)))....((....((.(((((((.(....).))).))))))))(((((((((....))..)))))))((((((.((((....)))))))))).)))))))))((((....))))..)))))))..((((((((((......)))))))))))))))))))).))..)))).).)))))..(((((....)))))...))))..)))))))))..)))...((((((.((((...)))).))))))..(((..((((.(((((((.....((((((((..(((((((........)))..))))..))).)))))..........((((((..((..(((((..(((((((.((..(((((..(((((((((.(.(((((((((.....((......)).....)))))..)))).).)))..))))))......))))).))))))...)))..))))).((((((.........))))))))..))))))))).)))).))))....)))))))))).)))))))))).))))((((..(((((((.((.((((....(((....(((((.......((((........))))......)))).).....)))...)))).)).)))))))..))))......((((......)))).))))).).)))....))))))))....)))).)).(((((((.((((((((.((((((((((.(((((((..(((((....(((((((.......)).)))))....)).)))..))))))...).)).))))...((((((..........)))))))))).))).))).)....).)))))))...(((.........)))..((.((((((((.((.((((..(((((((((......))).))))))...(((...))).)))).)).)))))))).)).)))))(((((((((((((.((....(((((((..((((((((......))))).))).)))))))..(((((((....))))))).....((.(((((........(((.....)))..))))))).)).))))..)))))))))..))))))(((......)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{(((((.,{{|{,,(((((((,.....))))))),.,,,,{,((((((((.((((.(((((((((((((((.((((.(((((((({(.((((((((((((((((((.(.((((((.(((...(((((({..(((....)))(((((((.........((((((((((,{.((.(((((...(((((((((.{.....}.))))))))){(((((....))).))|{,.({..,.,.}}}})||.........))))).}}.,(((({,,.||,,..},.,,,,,}.........((((.....{{{{.....{{{...))})))),,..))}}})))))))))...(((((,...(((,.{{{(((...((((.......))))...)))}}}.(((.{(((({.{(.......)).}))))}.))),,},||..}}|||(((((((,{....).))).)))),..,{((((((((....))..)))))))((((((.((((....)))))))))),}}}})))))((((....))))..))))))).,((((((((((......)))))))))))))))))))).))..)))).).)))))},(((((....)))))...,,,}..)))))))))..}}}...((((((.((((...)))).))))))..{{{..((((.(((((({.....((((((((..(((({((........))}..))))..))}}))))).........{((((((..((..(((((..(((((({,((..{((((,,((({(({(|.|,(((((((((,((({....,}}}.,.....})))}..)))).|.))},,)})))}......))))).))))))...)))..))))).((((((.........))))))))..))))))))).)))).))))....)})))))))).)))))))))).))))((((..(((((((.((.((((.,..(({....,((({.,.,...(({(......,.}}))......}})),}...,})))...)))).)).)))))))..))))....{.(((,...}}||}}|.))))).).)))..,.}}))))))...,)))}.,}.{||||{{.,,((((({,((({((((((.,{{((({..((({{....(((({{(,..,{,.}}.}}}},....}},))),,}})))),.,}|}).|}}}...||||||.{{{{{{...)))))))))}.})).}}|,|,...,.))))))),||}},.}}...{{.{((..((.((((((((.((.((((..(((((((((......))).))))))...(((...))).)))).)).)))))))).)).)))))((((((((({(((|(|....(((((((..((((((((......))))).))).)))))))..(((((((....))))))).....{{.(((((.,{{,,..|||...,.))},.))))))).)).)))}..)))))))))...,,}}|({{......)))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000504.4 NCBI
GACUUUGCUCCAGCAGCCUGUCCCAGUGAGGACAGGGACACAGUACUCG… 1536 nt 0.5931
NM_001312674.2 NCBI
GACUUUGCUCCAGCAGCCUGUCCCAGUGAGGACAGGGACACAGUACUCG… 1404 nt 0.5905
NM_001312675.2 NCBI
GACUUUGCUCCAGCAGCCUGUCCCAGUGAGGACAGGGACACAGUACUCG… 1526 nt 0.5931
Summary

This gene encodes the vitamin K-dependent coagulation factor X of the blood coagulation cascade. This factor undergoes multiple processing steps before its preproprotein is converted to a mature two-chain form by the excision of the tripeptide RKR. Two chains of the factor are held together by 1 or more disulfide bonds; the light chain contains 2 EGF-like domains, while the heavy chain contains the catalytic domain which is structurally homologous to those of the other hemostatic serine proteases. The mature factor is activated by the cleavage of the activation peptide by factor IXa (in the intrisic pathway), or by factor VIIa (in the extrinsic pathway). The activated factor then converts prothrombin to thrombin in the presence of factor Va, Ca+2, and phospholipid during blood clotting. Mutations of this gene result in factor X deficiency, a hemorrhagic condition of variable severity. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms that may undergo similar proteolytic processing to generate mature polypeptides. [provided by RefSeq, Aug 2015]

Forensic Context

A study in human blood plasma demonstrated that the F10 is significantly upregulated with age [Salignon et al. DOI:10.18632/aging.204787].