Basic Information

Symbol
F9
RNA class
mRNA
Alias
Coagulation Factor IX FIX Plasma Thromboplastic Component Plasma Thromboplastin Component Christmas Factor EC 3.4.21.22 PTC Christmas Disease Hemophilia B Factor IX F9 Factor IX EC 3.4.21 Factor 9 F9 P22 THPH8 HEMB P19
Location (GRCh38)
X:139530739-139563459
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000133.4
Sequence length
2800.0 nt
GC content
0.3936

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-730.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -786.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 853.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((...((((((((....)))).))))...))))).((((....(.(((((.((((((..(((((((.(((((((.(((((((((.((..(((.((((((((..((((.((((((((..(((((.((((.....(((...(((((((..(((.....)))...)))))))....))).....)))).(((((((...)))))))........)))))))))))))))))..))).....))))))))..((((((...........))))))....))))))))))))))).))).)))).)))(((..(((((.(((...((((......)))).)).).)))))..)))(((((((((..........))))))))).(((((((...((((((...((((((((...((((((..((((..((((((.(((.(((((.......((((.((((....)))).)))).......(((..(((((((((......))))..........)))))..)))((((((..((((((...((((...(.(((((....))))).)...)))))))))).)))))).(((........)))....))))).))).)))))).......(((.....)))((((..((((((((....(((((((..........((((((..((((...))))(((((((((((.((((((((((((.(((((....(((((........)))))((((((.((..((((((((((((((((.(.(((((((((((((((.....(((((....((((.(((((.(((((((.(((((((....(((((..((....))..)))))..)))).)))..........(((((((...(((((((....((....))....)))).)))......))))))).............)))))........)))))))))))..)))))(((...(((.(((((........))))).)))..(((((((.(((((.(((..(.((....(((..((((...........))))..)))....)).)..)))...))))))))))))))).)))).)))))))..)))).))))))))))....((((((((.(...(.(((((.((((.....))))((((.(((((((((.((....)).)).............(((((.(((.((((..((((...))))..)))).)))..)))))...)))))))))))))))).)...).)))))))).((((((((((((((....))))))..........(((((....(((((((.......(((.((((((((((((((((((..((....)))))))))......(((((.((((..........(((.((((((((((((((..((((((((.....)).))))))..((((((((...((........))...))))...))))))))))))))))))...))).........)))).)))))......((((((((....)))))))))))))))))))..)))(((((((..((((.(((.((((((...(((((((((.....((.(((((....(((((((....((.((((((...))))))))....)))))))...............((((.....))))..(((((((.....)))))))...))))).)).......)).))))..))).....)))))).)))..))))...))))))).........(((((....)))))....(((((((((...)))))))))..(((((((...........)))))))...))))))).....((((((....((((((((...(((((..((......................))..)))))...))))))))...))))))...................)))))..........))))))))...((((((.(((((((((.((((.....))..)).))))).)))).)))))).......((((..(((....))).))))........((((.........))))((((((((((...((...((((((((((..........)).))))))))...))(((....((((((((((....))))))))))...)))...((((((((((((((...))))))))))))))........................(((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))).))))))))))...))))))).)).)))))).....(((((....((((.(((((((..(((((((....((....((((((((....)))...........(((((((((....(((((((((((..(((((((.................(((.(((.(((.(........).)))))).))).(((((.....))))).......))))))).....)))))))))))....))))).)))).))))))).....).)))))))))))))..))))...))))))))))...)))))....)))))))...)))).)))))))..))))))....((((....((.((.....)).))....))))......))))))).....))))))))..)))).))))..))))))...))))))))..))))))............)))))))(((((.....)))))(((....)))....(((((......)))))))))))))))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((...((((((((....)))).))))...))))).{(((....{.(((((.((((((..{((((((.(((((({{(((((((((.{{..(((.(((((({{..((((.((((((((.,{((({.,,,,.({{{,,....(((((((..(((.....)))...)))))))....)))}....,|||.{((((((...))))))}.,,,.,,,}))}}}})))))}))))..}}}.....))))))))..((((((..,.....,..))))))....}}))))))))))))).))).))))}}}}{((..(((((.(((...((((......)))).)).}.))))},,|}}((((((((({{....}},.})))))))).||{{((({..((((((...((((((((.{{((((((..((((..{((({{.(((,{((({.,{{.((((,(.((,,...,},),}))),.......(((,,(((((((((......}))},....,.,,,)}}}}..}}}{(((((..((((({..,({((.{,{.(((((....))))}.}...)))))))))).)))))}.{((.,......))),}},}}))}.}||,}}}}||{{|....{{....||}},{(((..((((((((....(((((((..........((((((..((((...))))(((((((((((.((((((((((((.(((((..{{((.,(((({.....))))),})}},,.,,{(({({((,((((,,({(,,,.||||,,||||,|}||}}|((((....((((.(((({,(((((((.(((((((....(((((..{,....,}..)))))..)))))}})..........(((((((...(((((((....((....))....)))).)))......))))))).............)))))........)))))))))))..))))}.{(,,{(((..((((.,,,...|{{,||{{{...{{{{{,,.||,,,.{,...,((((({((({..,(({{{{{{{,,,..{{{((({{{{{.,|,.,.{{{{{{.||||,||||||}|||.||}|||||||,,...)))})))||||||||{|,,}}|||,},,.,,|||||,,,|||,,,|,}},|||||,.(((((((({{(..|..||{{,(((.((((((((.(((.(((((.,(,((((((,...{{{((,((|{({{{....{{{.{((((((({(((((((({{..,,((,.((({.,{((({(((.((((((....)))))),,,,{.,.(((.(((((({(,((({(,{({{{,{{{,{,.((((((((,(((({,..,|,,,.(((((......))))),,,,.{,............{{,.{(((((((((((((..((((((,(.....,).)))))).,{,...,,,...((........,}...,..,.......))))))))))))))...}},.,.,,,,.}))))))).)},))))}|||((((({...,)))))))}}}.)))})))))))).))).||,|||||.,....{{{{.{{.,{,,,||{{,.,..,|||||,{,,..{{{{{{{..,,|||((((((...)))))))}....}})))|},,.....,,}}}},}|||,}}},}))),.}|,||||}}}}}})))))||...,,..,.,.........,,,)))))),),),.,,,},,)})},},.,))}}),||||||||.......(((({....)))))....(((((((((...)))))))))..,((((((...........))))))}....,,|{{{.{{{{((((((,...((((((((.((((((.......))).))}......)))))))).,,},}}}...,}.|||||{{{,|||{{{{(({,,,...{{{{{............{{{...{{{{{..,...((((((.(((((((((.((((.....))..)).))))).)))).)))))).......((((..(({....))).)))).....{{.((((.........)))).||{{,,,||,,,}}}}}...}||,,,,,.......))))}..,,.))))),...,})))),}))))))},..,,))))))))},)}}}.....((((((((((((((...))))))))))))))..|.,{,,....|||....,}}}.(((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))).,}))))))},.,}))}),.}..))))).)))...))))))))))).,}}||,{|,,.}||,,,,|}}}}||}.,.{{{{{...,...|||..||.....}}{||||{{|{...,(((({{(({((.,(((((((.................|,,..,,,|||,|},,,,.,,,.}}}))),))),|{|{{,,,,,)}}}},,.)))}))))))).,,,.,,,))))))))}}}})))))).,}},)},,))),..,,),,},,})))})))).})))))),},,..)))))...)))))....)))))))...)))),}))))))..)))))),|..((((....((.{{.....}},))....))))..,,..))))))).....)))))))).,)))}.))))..)))))),}}))))))))..)))))).,,},.,,....}},}))}|{{{|,....)))))|||.,..}}}....{{{{{......))}},))))))))))).})))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000133.4 NCBI
ACUUUCACAAUCUGCUAGCAAAGGUUAUGCAGCGCGUGAACAUGAUCAU… 2800 nt 0.3936
NM_001313913.2 NCBI
ACUUUCACAAUCUGCUAGCAAAGGUUAUGCAGCGCGUGAACAUGAUCAU… 2686 nt 0.3931
Summary

This gene encodes vitamin K-dependent coagulation factor IX that circulates in the blood as an inactive zymogen. This factor is converted to an active form by factor XIa, which excises the activation peptide and thus generates a heavy chain and a light chain held together by one or more disulfide bonds. The role of this activated factor IX in the blood coagulation cascade is to activate factor X to its active form through interactions with Ca+2 ions, membrane phospholipids, and factor VIII. Alterations of this gene, including point mutations, insertions and deletions, cause factor IX deficiency, which is a recessive X-linked disorder, also called hemophilia B or Christmas disease. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms that may undergo similar proteolytic processing. [provided by RefSeq, Sep 2015]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.