Basic Information

Symbol
FARP1
RNA class
mRNA
Alias
FERM, ARH/RhoGEF And Pleckstrin Domain Protein 1 PLEKHC2 CDEP PPP1R75 GLCC1 FERM, RhoGEF (ARHGEF) And Pleckstrin Domain Protein 1 (Chondrocyte-Derived) FERM, ARHGEF And Pleckstrin Domain-Containing Protein 1 FERM, RhoGEF And Pleckstrin Domain-Containing Protein 1 Pleckstrin Homology Domain-Containing Family C Member 2 Glycolysis-Associated LncRNA Of Colorectal Cancer Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 75 PH Domain-Containing Family C Member 2 Chondrocyte-Derived Ezrin-Like Protein MGC87400 FARP1-IT1
Location (GRCh38)
13:98142165-98455176
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005766.4
Sequence length
10419.0 nt
GC content
0.4955

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3326.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3509.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2860.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001715.4 NCBI
GCACUUCCCGCUCGCCGGCCUCAGAGGCGGCGGGUCCGGCGCGGGCGCA… 1407 nt 0.5338
NM_001286839.2 NCBI
GGAAGCCCGUGCCUGUGGCUCCGGGGGAGGGGAGGGCUCGGUGGGUCCC… 10302 nt 0.4875
NM_005766.4 NCBI
GCACUUCCCGCUCGCCGGCCUCAGAGGCGGCGGGUCCGGCGCGGGCGCA… 10419 nt 0.4955
Summary

This gene encodes a protein containing a FERM (4.2, exrin, radixin, moesin) domain, a Dbl homology domain, and two pleckstrin homology domains. These domains are found in guanine nucleotide exchange factors and proteins that link the cytoskeleton to the cell membrane. The encoded protein functions in neurons to promote dendritic growth. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2013]

Forensic Context

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