Basic Information

Symbol
FBXL16
RNA class
mRNA
Alias
F-Box And Leucine Rich Repeat Protein 16 C16orf22 Fbl16 F-Box/LRR-Repeat Protein 16 MGC33974 F-Box And Leucine-Rich Repeat Protein 16 Chromosome 16 Open Reading Frame 22 C380A1.1 FBL16
Location (GRCh38)
16:692498-705843
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_153350.4
Sequence length
3519.0 nt
GC content
0.6544

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1654.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1709.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 644.93
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((.(((.(((.((((.(.((((((((((...(((((((((.(((((.((((.((((((((((((((.((((.....))))...))))))))))))))))).....(((((.((...((.(((((((((((......(((.(((((.((((.(((.((.((((((...(((.((.....)).))).)))))).))))).)))).))).)))))..))))))).)))).))..((((((......((.((...(.(((((.((.((.(((.(((((((((((.(.(..........).).))).)))))))).((((.((((......(((......)))))))))))..(((((((((((.(((((((.(((.(((....)))...))).))).)))).)))))...(((......)))....)).))))..))))))))))))).)).))......))))))......((((.((((((((((.(((.((((((.((((..((((((((....((.((((......)))).))...))))))))..))))))))))....))).))))))))))..)))))))))))((.(((((((((.....))).)))))).))((((((((.....))))))))).).)))))))))))))...))))))(((((((((((((.(((((.(((((.....))))).(((.....)))))))).))))))..(.(((((((....(.((((((...)))))).)..))))))).)((((((...)))))).)))))))...)))).))))).....))).))).)))))))))....(((((........)))))...((((((.((.((((((.((((.((((((...((((.(((((((...(((.(((........))))))))).)))).)))).(((..........)))(((((((((((.(((((.(((((((........))))........(((.((((((((((...((..(((.(((.((........((((((((((.((((..........(((((((.(((.....))))))))))....(((((.(((((......)))))))))).....((((((.(((((((((((......(((.((((((..(.....)..).))))).)))..........(((((((.(..((.((((((...)))))).)).....).)))))))))).))))))))....))))))......)))))))))))))).....(((((((..(((((((.((((((.((((((((.(((((((((((((...(((((((...))))))).)))).......(((((((....)))))))((((((((...........((((..((((...(((((.((((.(..((((....))))..))))))))))))))))))(((((.((((....))))..))))).))))))))......(((((.......)))))..((((((((.((((((((((.((((((.............(((((((((((((((.(((.((((..((((((((...((((..(((((........((((((((....))))))))))))).))))..))))))))....)))).)).).)))).)))))))))))..)))))).))))...))))))...)))))))).(((((((...((((((........).)))))((((((((((.(((((.((........)).))))).))))))))))))))))))))).))))).(((.((((((((.(((.((.((((((.((....)).)))))))).))).)))))))).)))(((.((((((((.....))))).((((...)))).(((.((((((.(((.((((......)))).))))))))).)))..))).))).)))))).))..)).....)))).))))))).))).))))...((((.......))))))))).))).))...))))))))).).)))((((.((((........(((((((.....)))))))((((...(((...(((((((((........((((((.(((.((((.....((.......))....((.(((((.((.((((((((..((((((.....)))..)))..))))))))..)).))))).))((((....))))..)))).)))..((((((...))))))..(((..........)))......))))))((((((..((((((((((((......((((((.((((......)))).....((.((..(((..(((((...((((.(((((((.((((((((((((....((((((((..............))))).)))((((((.(........).))))))......((((.........)))))))))).))....))))..))).))))))))..))))))))..))))((((((((.......(((.((((((((((((.((((((((........(((((((((((((...))))).(((.....)))...))))))))(((((((......))))))))))))))).........((((..(((.((.((((((((...)))).)))).)))))..).)))..(((((((.(((((((.(((..((((...)))).))).))))))).)).)))))..))))))))..)))))))..)))))))).......))))))......)))).))))))))..)))))).(((((.......)))))))))))))).....)))...)))).(((((((((((.(((....(((((((((....)))).(((((.(....).)))))....)))))))))))))..)))))))))).))))....((((((....))))))(((((((.(((((.....))))).)))..)))).))).))))).).))))))))))))))))..))))((((...))))...(((((((........)))))))......))))))))(((((((((..........(.((((((((((.((......((.((.(((((..((((((((.((.......)))))))))).......))))))).))(((((.((....)).)))))..(((((..((((....)))).)))))(((((((..((((..(((((((((((........)))))))))))..)))).....((((.............))))..)))))))((((.(((((..(.......)..))))).))))(((((.....((.........))......)))))....)).)))))))))).)..........))))))))).((((((((((.((((...((((((((.....))))).))))))).)))..((((((.(((.....)))..))))))))))))).......)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((.(((.(((.((((.(.{{((((((((...(((((((((.(((({.,((,{((((((((((((((.{({(,....))})..,}))))))))))))))))....,(((((.({...,{.(((((((((((......(((.(((((.((((.(((.((.((((((...(((.((.....)).))).)))))).))))).)))).))).))))).,)))))))})))}.||..((((((..,...((.((...{.(((((.((.({{(((.(((((((((((.{.{.{........,.).))).)))))))).((((.((({,....,{({......)))))))))))..(((({((((((.(((((((.((({(((....))).},))).)))}}))).))))),..(((......)))....,}.})))..))))))))))))}.,),))......))))))..,..,((((.((((((((((.(((,((((((.((((..(((((((({(..((.((((......)))).))..)))))))))..)))))))))).,..))).))))))))))..)))))))))))|(.(((((({((,....))).)))))).)|((((((((.....))))))))}.).)))))))))))))...)))))){((((((((((((.(((((.(((((.....))))).(((.....)))))))).))))))..{.(((((((....{.((((((...)))))).}..))))))).}((((((...)))))).)))))))|.,))}}.,}))),,,,.))).))).)))))))))....{((((.,....,,))))},..{(((((.,|.{{(((((((((.((((((...((((.(((((((...(((.(((........))))))))),}))).)))).(((.,......,.)))(((((((((((.(((((.(((((((........))))......,.(((.((((((((((...((..(((.(((.((........((((((((((.((((..........(((((((.(((.....))))))))))....(((((.(((((......)))))))))).,...((((((.(((((((((((......(((,((((({..,.....)},),)))}}.})).,,{{.....,,,||||.{,,((.((((((...)))))).}}.....,.}))))))))),})))))))....))))))......)))))))))))))).....(((((((..(((((((.((((.{.{(((((((.(((((((((((((...(((((({...})))))).))))....,,,(((((((....)))))))((((((((.,,,{{.,..{((((..((((...(((({{((((.(..((((....))))..))))))))))))))})))|{{|{.((((....)))}..))))).))))))))......(((((.......)))))..((((((((.((((((((((.((((((..,..........(((((((((((((((.(((.((((.{((((((((...((((..(((((........((((((((....))))))))))))).))))..)))))))}.,}.)))).)).).)))).)))))))))))..)))))).))))...))))}},,.)))))))).(((((((,{,(((({...,,,,,,),)})})((((((((((.(((((.((........)).))))).)))))))))))))))))))))}})))),|{,.((((((((.(((.((.((((((.((....)).)))))))).))).)))))))).|||(((.((((((((.....))))).((((...}))).(((.((((((.(((.((((......)))).))))))))).)))..))).))))))}},),))).)),....)))).))))))).))).))))...((((.......))))))))).))).))...))))))))).).))){{{(.{{{{....,,.(((((,((,....))))))))((({,{((({,.{((((((((...,|{||||||||,|||.||||.....||,......||...{((((((((.((.((((((((.,((((((.....)))..)))..))))))))..)).))))).)))|||||||}}}}.,))))||||..((((((...))))))..{({..........))}......}))),}|(((((..((((((((((((......((((((.((((......)))).....(,{((..(((..(((((...((((.(((({{,.,,,,,,,,{{(((.{(((((((((..............},,))})))||||{|}|..,,{{|,|,|,}}},...,.{((((..{{{{...)))))))))).),....))))},))).))))))))..))))))))..))))((((((((.......(((.((({(((((({(,((((((((........(((((((((((((,..||||,..||.....))),,.))))))))(((((((......))))))))))))))).........((({..(((.((.((((((((...)))).)))).)))))..).)))..(((((((.(((((((.(((..((((...)))).))).))))))).)),}))))..))))))))..})))))),.)))))))).......))))))......)))).))))))))..)))))).((((,.......}},,.)))),}}},................((((((((({(((((....(((((((({....||||.{,(((.{....,.))))),,,,)))))))))))))}.}))))))))).))))....((((((....)))))){((((((.(((((.....))))).)))..)))).))).))))).).))))))))))))))))..)))))}|.,,(((,,..{((((((({{{{.,..,,,,},,})))}},.,,))))|||||||||.,.,.....(((((((((.{,{.,,,.,...{,((((({(,({{((((((({,((.......)))))))))).......||||{{|{,|((((({{(.{{,|,.,,,)),.}}))},}|||,{{{,|{||.||||,,..,,,)))|{|{,.({(((((((((........))))))))))),,|}}}..,..||||},.,{((((((..((.......))..))))))||((.{(....}}.)}})))}}..,,.(((((.....((.........})......)))))...,)).))))))).}},|......}...))))))))).|,,,,,.(((.((((.{{(((({{{{....,))}}}})),)))).)))..,,,,,{.|||.,...,}},,||,,,,,}},,,........)))))).......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_153350.4 NCBI
GAGGAGGCGCCCGCCUGGUUCCCUGCAAAGCGGCCUUAUUUAUCUGGGC… 3519 nt 0.6544
Summary

Members of the F-box protein family, such as FBXL16, are characterized by an approximately 40-amino acid F-box motif. SCF complexes, formed by SKP1 (MIM 601434), cullin (see CUL1; MIM 603134), and F-box proteins, act as protein-ubiquitin ligases. F-box proteins interact with SKP1 through the F box, and they interact with ubiquitination targets through other protein interaction domains (Jin et al., 2004 [PubMed 15520277]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in humans established a targeted RNA sequencing protocol for predicting the time-of-day of bloodstain deposition, where the FBXL16 was quantified as one of 69 candidate mRNA markers [Gosch et al. DOI:10.1101/2025.02.03.636230].